lundi 11 octobre 2021

Evolution du virus de l'hépatite B

Le virus de l'hépatite B a affecté en 2015, 257 millions de personnes dans le monde d'après l'OMS dont environ un million sont décédés. Il se transmet au contact des fluides du corps principalement lors de relations sexuelles ou dans des contextes périnataux. Il n'y a pas de réservoir environnemental ou chez des animaux. Par conséquent, ce virus se diffuse avec la dispersion des êtres humains. Les dernières études de paléogénétique ont permis de retrouver le virus de l'hépatite B dans des squelettes appartenant à différentes époques, notamment dans le Néolithique d'Europe.

Arthur Kocher et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Ils ont retrouvé le génome du virus de l'hépatite B dans 137 squelettes d'Eurasie et des Amériques datés entre 10.500 et 400 ans. La figure ci-dessous montre en A et B la position des différents échantillons anciens et en C la répartition actuelle des différents génotypes du virus:

2021_Kocher_Figure1.jpg, oct. 2021

Les auteurs ont construit la phylogénie des différents virus de l'hépatite B retrouvés. La figure ci-dessous montre que tous les anciens génomes Amérindiens (en bas) dont le plus ancien est daté de 9000 ans, sont localisés dans une branche sœur des génomes Eurasiens. La date de divergence entre les branches Eurasienne et Amérindienne est estimée entre 20 et 17.000 ans, en accord avec ce que l'on sait du peuplement des Amériques:

2021_Kocher_Figure2A.jpg, oct. 2021

La découverte de virus de l'hépatite B en Europe et en Anatolie dès 10.000 ans montre que ce virus était largement répandu à cette époque en Eurasie occidentale. En effet, les plus anciens virus forment deux branches Européennes différentes dénommées Mesolithic 1 (Russie et Belgique) et Mésolithic 2 (Carélie, Suède, Luxembourg et Sicile) et une branche Anatolienne située entre les deux précédentes. Ainsi ce virus était présent dans les différents groupes de chasseurs-cueilleurs de la région.

Les données de cette étude montrent également que ce virus était largement répandu durant le Néolithique. Tous les échantillons de cette époque appartiennent à la même branche (en vert ci-dessus), séparées des branches contenant les échantillons issus d'individus du Mésolithique. Cette branche est appelée WENBA pour Western-Eurasian Neolithic–to–Bronze Age. Elle inclut les génomes du virus de l'hépatite B issus des individus du Néolithique et de l'Âge du Bronze d'Eurasie de l'ouest. Cela suggère que cette souche s'est diffusée avec l'arrivée des fermiers en Europe. De plus les données montrent qu'après une phase de développement initiale, la transmission du virus a atteint un équilibre entre 7500 et 3500 ans. D'autre part l'arrivée des pasteurs des steppes en Europe au 3ème millénaire av. JC. ne montre pas de changement significatif dans la diffusion du virus.

2021_Kocher_Figure3.jpg, oct. 2021

La dernière occurrence du lignage WENBA date de 3300 ans. Après cela il disparaît complètement pour être remplacé par le génotype A (disques rouge ci-dessus) qui apparaît dans l'est de l'Europe entre 5000 et 3500 ans. Vers 2500 ans le génotype D (disques bleu) apparaît dans les Alpes et dans les steppes. Ces changements suggèrent un remplacement important dans la dynamique épidémiologique de l'ouest de l'Eurasie à cette époque.

Cependant la branche WENBA n'a pas complètement disparue aujourd'hui puisque on la retrouve actuellement, bien que rarement, sous le terme génotype G (voir figure ci-dessus).

lundi 27 septembre 2021

L'origine génomique des Étrusques

2021_Posth_Figure1.jpg, sept. 2021

La civilisation Étrusque a occupé une large région d'Italie Centrale durant l'Âge du Fer incluant les régions actuelles de Toscane, Latium et Ombrie. Cette culture est renommée pour ses compétences en métallurgie, ses représentations sophistiquées et sa langue disparue non Indo-européenne. L'origine  […]

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lundi 20 septembre 2021

Histoire génomique du Japon

2021_Cooke_Figure1.jpg, sept. 2021

L'archipel du Japon est occupé depuis au moins 38.000 ans, bien que les transformations culturelles les plus radicales datent seulement des 3000 dernières années. Les chasseurs-cueilleurs de l'archipel appartenaient à la culture Jomon caractérisée par l'utilisation de la poterie. Elle va durer  […]

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mardi 14 septembre 2021

Génome d'un individu du Moyen-Âge issu d'une nécropole musulmane près de Valence en Espagne

2021_Silva_FigureS2.jpg, sept. 2021

Durant le califat omeyyade entre 711 et 1031, les arabes sont restés une minorité dans la péninsule Ibérique. Les berbères d'Afrique du nord formaient la grosse majorité des troupes musulmanes qui sont entrées en Europe. Ils ont été convertis à l'Islam par les Arabes dans les siècles précédents.  […]

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vendredi 3 septembre 2021

Le cosmopolitisme à la frontière Romaine danubienne

2021_Olalde_FigureS1.jpg, sept. 2021

Pendant le second siècle ap. JC. l'empire Romain s'étend de la Mésopotamie jusqu'à la péninsule Ibérique, contrôlant ainsi toute la côte nord Méditerranéenne. Il est bordé au nord par le Danube et le Rhin. Le réseau routier et les voix maritimes ont connecté les populations sur une vaste aire  […]

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lundi 30 août 2021

Le génome d'un ancien chasseur-cueilleur des Célèbes de l'Holocène Moyen

2021_Carlhoff_Figure1.jpg, août 2021

Les hommes modernes ont traversé la Walacée pour entrer dans le Sahul il y a au moins 50.000 ans. Leurs plus anciennes traces en Walacée datent de 45.500 ans et sont des peintures rupestres dans les Célèbes et des changements culturels sur l'île de Flores sur le site de Liang Bua. Les plus vieux  […]

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vendredi 27 août 2021

Changements des structure génomiques et sociales en Europe Centrale au 3ème millénaire av. JC.

2021_Papac_Figure1A.jpg, août 2021

Les études de paléo-génétiques précédentes en Europe ont révélé deux changements importants dans les 10.000 dernières années. Le premier est associé à la diffusion du Néolithique à partir de l'Anatolie. Le second est associé à l'émergence de la culture Cordée durant le troisième millénaire av. JC.  […]

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vendredi 20 août 2021

Génomes anciens en Croatie

2021_Freilich_Figure1.jpg, août 2021

L'est de la Croatie correspond au sud du bassin des Carpates. L'émergence du Néolithique dans cette région est associé à la culture de Starčevo. A l'inverse les côtes méditerranéennes de la Croatie voient l'apparition de la culture de la céramique imprimée autour de 6000 av. JC. Dans les terres la  […]

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mercredi 11 août 2021

Origine génomique des Dauniens

2021_Aneli_Figure1A.jpg, août 2021

Les populations Méditerranéennes de l'Âge du Fer entre 1100 et 600 av. JC. vivaient à une époque où le monde était très connecté. C'est à cette période que le concept de Mare Nostrum cosmopolite s'est développé en favorisant la diffusion des cultures, des marchandises, des langues et des progrès  […]

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mercredi 4 août 2021

Un guerrier intersexe du Moyen-Âge en Finlande

2021_Moilanen_Figure1.jpg, août 2021

Une tombe du Moyen-Âge datée entre 1050 et 1300 a été découverte en 1968 en Finlande sur la commune de Hattula, sur le site de Suontaka. Elle a été interprétée comme la tombe d'une femme accompagnée par deux épées, basée sur la présence de mobilier constitué par des accessoires de vêtement et des  […]

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lundi 2 août 2021

ADN mitochondrial à la fin du Néolithique en Pologne du sud-est

2021_Juras_Figure1.jpg, août 2021

La transition archéologique en Europe Centrale de l'est entre 3500 et 2800 av. JC. voit l'apparition d'une importante migration en provenance des steppes Pontiques associée à la culture Yamnaya qui se concrétise par l'apparition de la culture cordée dans la région. Dans le sud-est de la Pologne  […]

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mardi 13 juillet 2021

Génomes d'une femme, de loups et de bisons vieux de 25.000 ans extraits des sédiments d'une grotte du Caucase

2021_Gelabert_Figure1A.jpg, juil. 2021

L'ADN ancien issu des os, des dents ou des cheveux a révolutionné notre compréhension de l'histoire de l'homme. Lorsque des restes humains ne sont pas disponibles, des études précédentes ont montré qu'il était possible d'extraire de l'ADN ancien à partir des sédiments, notamment dans les grottes.  […]

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dimanche 4 juillet 2021

Les maisons campaniformes de la façade Atlantique de la France

2021_MaisonsCampaniformes_Figure8.jpg, juil. 2021

En France occidentale plus de 100 sites domestiques et près de 300 tombes campaniformes sont connus. Environ 20 bâtiments campaniformes sont identifiés, et la majorité d'entre eux sont en forme d'amande (triangles jaunes ci-dessous). Leur superficie s'étend entre 36 et 95 m2. La plus grande a 20 m  […]

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mercredi 30 juin 2021

La bactérie de la peste détectée chez un chasseur-cueilleur pêcheur de Lettonie vieux de plus de 5000 ans

2021_Susat_Figure1.jpg, juin 2021

L'amas coquillier de Rinnukalns est situé en Lettonie proche de la rivière Salaca qui se jette dans la mer Baltique. Cet amas est constitué de couches consécutives composées de coquilles de moules non brûlées, de coquilles de moules brûlées et d'os de poissons, qui ont été déposées par les hommes  […]

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lundi 28 juin 2021

Histoire génomique d'une région du sud de la Chine située au carrefour de l'Asie de l'est et de l'Asie du sud-est

2021_Wang_Figure1A.jpg, juin 2021

L'homme moderne a une longue histoire dans l'est et le sud est de l'Asie. Les études récentes de paléo-génomique ont montré que les chasseurs-cueilleurs Hoabinhiens vieux de 8000 à 4000 ans ont divergé il y a longtemps des populations Asiatiques actuelles, alors que les populations Néolithiques du  […]

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mardi 22 juin 2021

Lignages maternels de la population Néolithique de la culture Yangshao

2021_Miao_Figure1A.jpg, juin 2021

La culture Yangshao est une des cultures préhistoriques qui a eu le plus d'influence en Asie de l'est. Elle est située géographiquement le long du fleuve jaune. Son influence se ressent dans les cultures voisines Majiayao dans la région du Ganqing, Laohushan dans la plaine Hetao et Dawenkou dans la  […]

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lundi 21 juin 2021

ADN ancien dans la culture des Catacombes

2021_Ochir_Figure1.jpg, juin 2021

Les steppes Ponto-Caspiennes s'étendent entre les Carpates à l'ouest et les monts Oural à l'est. Dans cette région la culture Yamnaya a prospéré entre 3300 et 2600 av. JC. Elle est associée à l'origine des langues Indo-européennes, notamment depuis les récentes études d'ADN ancien. L'haplogroupe du  […]

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vendredi 28 mai 2021

L'histoire génomique de l'Asie du nord est entre la fin du Pléistocène et l'Holocène

2021_Mao_Figure1A.jpg, mai 2021

Les hommes modernes sont présents en Asie du nord est depuis au moins 40.000 ans. Les oscillations climatiques entre la fin du Pléistocène et l'Holocène ont du avoir des conséquences importantes sur les populations humaines de cette région comme en Europe. Seuls deux génomes datant d'avant le  […]

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mercredi 19 mai 2021

Le génome d'une femme du Paléolithique de Roumanie

2021_Svensson_Figure1.jpg, mai 2021

Le Paléolithique Supérieur commence il y a environ 45.000 ans en Europe avec l'apparition de l'homme moderne. Les restes humains découverts dans les grottes de Roumanie telles que Peştera cu Oase, Peştera Muierii,ou Peştera Cioclovina Uscata représentent une partie des rares vestiges humains vieux  […]

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jeudi 13 mai 2021

Relations familiales et héritage du statut social dans un cimetière du début de l'Âge du Bronze de Serbie

2021_Zegarac_Figure1.jpg, mai 2021

La compréhension de l'organisation sociale des sociétés du passé est un point crucial de l'archéologie. En l'absence de trace écrite, la structure sociale préhistorique est reconstruite principalement à partir des sépultures. L'étude des relations entre défunts permettent de comprendre le rôle  […]

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