mardi 13 juillet 2021

Génomes d'une femme, de loups et de bisons vieux de 25.000 ans extraits des sédiments d'une grotte du Caucase

L'ADN ancien issu des os, des dents ou des cheveux a révolutionné notre compréhension de l'histoire de l'homme. Lorsque des restes humains ne sont pas disponibles, des études précédentes ont montré qu'il était possible d'extraire de l'ADN ancien à partir des sédiments, notamment dans les grottes.

Pere Gelabert et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Genome-scale sequencing and analysis of human, wolf, and bison DNA from 25,000-year-old sediment. Ils ont extrait de l'ADN ancien à partir de sédiments issus de la grotte Satsurblia située au sud du Caucase, et datés d'environ 25.000 ans. Ils ont ainsi récupéré de l'ADN humain, de loups et de bisons à partir de ces sédiments:

2021_Gelabert_Figure1A.jpg, juil. 2021

Les auteurs ont commencé par extraire le génome mitochondrial. Ils ont ainsi obtenu une séquence mitochondriale pour l'homme avec une couverture x10, pour le loup avec une couverture x13 et pour le bison avec une couverture x8. L'étude de la diversité permet de voir si ces séquences appartiennent à un ou plusieurs individus pour chacune des espèces. Pour l'homme la probabilité d'avoir plusieurs individus est faible, mais non négligeable (environ 4% des séquences appartiendraient à un autre individu) . Elle est certaine pour le loup. Pour le bison la moindre qualité des résultats obtenus ne permet pas de conclure.

Toutes les séquences humaines appartiennent à l'haplogroupe mitochondrial: N. Dans la figure ci-dessous, l'échantillon humain principal obtenu dans cette étude est nommé SAT29:

2021_Gelabert_Figure3C.jpg, juil. 2021

La comparaison du chromosome X avec les autres chromosomes permet de dire que l'individu SAT29 est une femme. Pour le loup et le bison le résultat n'est pas tranché indiquant ainsi que les auteurs ont obtenu pour chacune de ces deux espèces, le génome de plusieurs individus des deux sexes.

L'analyse des séquences mitochondriales obtenues permet d'estimer la date de ces génomes. Ainsi la femme est datée d'environ 28.500 ans, les loups sont datés d'environ 28.250 ans, et le bison de 21.900 ans. Ces résultats sont en accord avec la datation radiocarbone de la couche contenant les sédiments analysés. Cette datation est comprise entre 25.500 et 24.200 ans.

Les auteurs ont ensuite réalisé une Analyse en Composantes Principales pour comparer l'ancien génome de l'échantillon SAT29 avec d'autres anciens génomes d'Eurasie. Dans la figure ci-dessous SAT29 est représenté par un triangle rouge avec la pointe vers le haut. Il se trouve a proximité du génome de l'ancien individu de la grotte Dzuzuana (carré rouge) située également dans le Caucase et daté de la même époque, mais un peu plus loin des autres ancien individus du Caucase plus récents des grottes Satsurblia (13.300 ans) et Kotias (9700 ans) (cercle et carré rose):

2021_Gelabert_Figure3A.jpg, juil. 2021

Ces résultats sont confirmés par le logiciel ADMIXTURE:

2021_Gelabert_Figure3B.jpg, juil. 2021

La statistique f3 montre que SAT29 partage plus d'allèles avec les individus de Dzuzuana2 et Villabruna. Ces résultats suggèrent que les individus du Caucase d'avant le maximum glaciaire ont contribué à différentes populations d'Eurasie post glaciaires. Enfin l'analyse montre que SAT29 contient environ 1% d'ADN de Néandertal, ce qui est peu par rapport à d'autres anciens individus Eurasiens. Ce résultat est du à la forte proportion d'ascendance Basal Eurasienne contenue chez SAT29.

L'analyse des génomes des anciens loups de cette étude, montre que ces derniers ont divergé de la branche des canidés anciennement, avant la séparation des chiens et loups actuels. Ces résultats sont en accord avec le résultat précédent qui a montré que la diversité génomique actuelle des loups date d'après le dernier maximum glaciaire:

2021_Gelabert_Figure4B.jpg, juil. 2021

L'analyse des génomes des anciens bisons de cette étude montre qu'ils sont plus proches des bisons d'Eurasie que des bisons d'Amérique:

2021_Gelabert_Figure5B.jpg, juil. 2021

dimanche 4 juillet 2021

Les maisons campaniformes de la façade Atlantique de la France

2021_MaisonsCampaniformes_Figure8.jpg, juil. 2021

En France occidentale plus de 100 sites domestiques et près de 300 tombes campaniformes sont connus. Environ 20 bâtiments campaniformes sont identifiés, et la majorité d'entre eux sont en forme d'amande (triangles jaunes ci-dessous). Leur superficie s'étend entre 36 et 95 m2. La plus grande a 20 m  […]

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mercredi 30 juin 2021

La bactérie de la peste détectée chez un chasseur-cueilleur pêcheur de Lettonie vieux de plus de 5000 ans

2021_Susat_Figure1.jpg, juin 2021

L'amas coquillier de Rinnukalns est situé en Lettonie proche de la rivière Salaca qui se jette dans la mer Baltique. Cet amas est constitué de couches consécutives composées de coquilles de moules non brûlées, de coquilles de moules brûlées et d'os de poissons, qui ont été déposées par les hommes  […]

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lundi 28 juin 2021

Histoire génomique d'une région du sud de la Chine située au carrefour de l'Asie de l'est et de l'Asie du sud-est

2021_Wang_Figure1A.jpg, juin 2021

L'homme moderne a une longue histoire dans l'est et le sud est de l'Asie. Les études récentes de paléo-génomique ont montré que les chasseurs-cueilleurs Hoabinhiens vieux de 8000 à 4000 ans ont divergé il y a longtemps des populations Asiatiques actuelles, alors que les populations Néolithiques du  […]

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mardi 22 juin 2021

Lignages maternels de la population Néolithique de la culture Yangshao

2021_Miao_Figure1A.jpg, juin 2021

La culture Yangshao est une des cultures préhistoriques qui a eu le plus d'influence en Asie de l'est. Elle est située géographiquement le long du fleuve jaune. Son influence se ressent dans les cultures voisines Majiayao dans la région du Ganqing, Laohushan dans la plaine Hetao et Dawenkou dans la  […]

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lundi 21 juin 2021

ADN ancien dans la culture des Catacombes

2021_Ochir_Figure1.jpg, juin 2021

Les steppes Ponto-Caspiennes s'étendent entre les Carpates à l'ouest et les monts Oural à l'est. Dans cette région la culture Yamnaya a prospéré entre 3300 et 2600 av. JC. Elle est associée à l'origine des langues Indo-européennes, notamment depuis les récentes études d'ADN ancien. L'haplogroupe du  […]

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vendredi 28 mai 2021

L'histoire génomique de l'Asie du nord est entre la fin du Pléistocène et l'Holocène

2021_Mao_Figure1A.jpg, mai 2021

Les hommes modernes sont présents en Asie du nord est depuis au moins 40.000 ans. Les oscillations climatiques entre la fin du Pléistocène et l'Holocène ont du avoir des conséquences importantes sur les populations humaines de cette région comme en Europe. Seuls deux génomes datant d'avant le  […]

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mercredi 19 mai 2021

Le génome d'une femme du Paléolithique de Roumanie

2021_Svensson_Figure1.jpg, mai 2021

Le Paléolithique Supérieur commence il y a environ 45.000 ans en Europe avec l'apparition de l'homme moderne. Les restes humains découverts dans les grottes de Roumanie telles que Peştera cu Oase, Peştera Muierii,ou Peştera Cioclovina Uscata représentent une partie des rares vestiges humains vieux  […]

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jeudi 13 mai 2021

Relations familiales et héritage du statut social dans un cimetière du début de l'Âge du Bronze de Serbie

2021_Zegarac_Figure1.jpg, mai 2021

La compréhension de l'organisation sociale des sociétés du passé est un point crucial de l'archéologie. En l'absence de trace écrite, la structure sociale préhistorique est reconstruite principalement à partir des sépultures. L'étude des relations entre défunts permettent de comprendre le rôle  […]

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mercredi 12 mai 2021

Transition entre le Chalcolithique et l'Âge du Bronze en Italie

2021_Saupe_Figure1.jpg, mai 2021

Le Chalcolithique en Italie s'étale de 3600 à 2200 av. JC., entre le Néolithique Final et l'Âge du Bronze. Il est caractérisé par l'apparition d'outils en métaux et est suivi de multiples transformations culturelles comme le passage à la sépulture individuelle incluant du mobilier de prestige. Les  […]

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lundi 3 mai 2021

L'histoire génomique des civilisations de la mer Égée

20218_Clemente_Figure1.jpg, mai 2021

L'Âge du Bronze en Eurasie est caractérisé par des changements importants aux niveaux social, politique et économique, visibles notamment dans l'apparition des premiers centres urbains et des palaces monumentaux. La mer Égée a joué un rôle crucial dans la formation de ces innovations grâce à la  […]

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jeudi 29 avril 2021

Ancien génome d'un individu de la culture Jomon de l'île de Kyushu au Japon

2021_Adachi_Figure1.jpg, avr. 2021

La structure génétique de la population Japonaise actuelle est le résultat de plusieurs migrations et de mélanges génétiques. La période Jomon a duré entre 16.000 et 2800 ans avant maintenant. Durant cette période le peuple Jomon correspondait à la population préhistorique du Japon. Noboru Adachi et  […]

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vendredi 23 avril 2021

Extraction du génome de Néandertal à partir des sédiments des grottes

2021_Vernot_Figure1A.jpg, avr. 2021

L'analyse d'ADN ancien d'hommes archaïques a nettement amélioré notre compréhension de leur évolution et de leurs interactions avec les hommes modernes. Aujourd'hui le génome complet ou partiel de 23 hommes archaïques a été déterminé: 18 Néandertals d'Eurasie, quatre Dénisoviens et un enfant d'un  […]

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samedi 17 avril 2021

Génomes anciens d'individus du Néolithique d'Anatolie

2021_Larsen_Figure1A.jpg, avr. 2021

En Anatolie centrale le Néolithique acéramique est représenté par les sites archéologiques d'Aşıklı Höyük et Boncuklu datés autour de 8000 av. JC. Ce sont des vestiges parmi les plus anciennes communautés sédentaires d'Anatolie centrale dont les moyens de subsistance étaient principalement  […]

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vendredi 9 avril 2021

Le génome d'une femme moderne vieille de plus de 45.000 ans de Tchéquie

2021_Prüfer_Figure1.jpg, avr. 2021

Aujourd'hui, seuls trois génomes d'homme moderne d'Eurasie vieux de plus de 40.000 ans sont disponibles: l'individu d'Ust’-Ishim en Sibérie, celui de Tianyuan en Chine et celui d'Oase en Roumanie. Kay Prüfer et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: A genome sequence from a modern  […]

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jeudi 8 avril 2021

Génomes anciens des premiers hommes modernes d'Europe

2021_Hajdinjak_Figure1.jpg, avr. 2021

La transition en Europe du Paléolithique Moyen au Paléolithique Supérieur débute il y a environ 47.000 ans avec l'arrivée des premiers hommes modernes qui vont cohabiter avec Néandertal jusqu'à sa disparition il y a environ 40.000 ans. En Eurasie, on connaît le génome de seulement trois individus  […]

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vendredi 2 avril 2021

Mitogénomes anciens au Xinjiang

2021_Wang_Figure1.jpg, avr. 2021

Le Xinjiang situé dans le nord ouest de la Chine a longtemps été un carrefour important pour les migrations venues de l'ouest ou de l'est. Dès l'Âge du Bronze, cette région a hébergé différentes cultures venues des steppes, de Sibérie, d'Asie centrale ou du nord est de l'Asie. Wenjun Wang et ses  […]

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dimanche 28 mars 2021

Des génomes anciens des steppes d'Asie Centrale éclaircissent l'histoire des Scythes

2021_Gnecchi_Figure1.jpg, mar. 2021

La transition entre l'Âge du Bronze et l'Âge du Fer est un des événements les plus importants d'Eurasie. A l'aube du premier millénaire av. JC., des preuves archéologiques attestent de l'émergence de plusieurs cultures nomades dans les steppes entre la région Ponto-Caspienne et l'Altaï. Ces cultures  […]

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jeudi 11 mars 2021

Massacre dans une communauté Énéolithique de Croatie

2021_Novak_Figure1.jpg, mar. 2021

La violence est présente dans les sociétés humaines depuis au moins 13.000 ans comme le montrent les différents sites archéologiques dont les squelettes présentent de nombreuses traces de blessures. Le cimetière de Jebel Sahaba au Soudan en est le plus ancien exemple connu aujourd'hui. Un autre  […]

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lundi 22 février 2021

L'enrichissement de la capture du chromosome Y appliqué à l'haplogroupe H2

2021_Rohrlach_Figure1.jpg, fév. 2021

Les méthodes classiques de séquençage de nouvelle génération ne permettent pas d'obtenir de bons résultats sur le chromosome Y soit à cause de la faible couverture du chromosome Y dans les méthodes de séquençage soit pour le faible nombre de variants du chromosome Y inclus dans les matrices de  […]

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