vendredi 6 avril 2012

Révolution dans le monde de l'ADN mitochondrial

Le nouveau papier de Behar et al.: A “Copernican” Reassessment of the Human Mitochondrial DNA Tree from its Root propose de changer la référence actuelle rCRS qui est une séquence contemporaine choisie en 1981, par une nouvelle référence: Reconstructed Sapiens Reference Sequence (RSRS) située à la racine de l'arbre phylogénétique des homo sapiens. Ce changement est justifié par le fait que l'utilisation de la rCRS conduit à un certain nombre de problèmes pratiques.
Ce travail est accompagné par la publication dans GenBank de 4265 nouvelles séquences complètes d'ADN mitochondrial d'homo sapiens (JQ701803 à JQ706067) principalement issues de la base de données de Family Tree DNA. L'étude est basée notramment sur l'étude des séquences d'ADN ancien disponibles sur des squelettes d'hommes de Néanderthal afin de déterminer la RSRS. Cette publication est également suivie par de nombreuses modifications phylogénétiques publiées par le site phylotree de Mannis van Oven.

Behar a également estimé l'âge des principaux haplogroupes de l'arbre mitochondrial en utilisant le taux de mutations défini par Soares (Correcting for purifying selection: An improved human mitochondrial molecular clock). Ainsi la RSRS est estimée à 177000 ans, les anciens haplogroupes africains L0 à 136000 ans et L1 à 129000 ans.

Concernant les groupes européens: U5 est estimé à 30.200 ans, H est estimé à 12.800 ans, H1 à 9.900 ans, H2 à 11.900 ans, H3 à 8.900 ans, V à 9.700 ans. S'il n'y a aucun doute sur l'origine paléolithique de l'haplogroupe U en Europe, il se pourrait bien que les groupes H et V se soient propagés en Europe seulement au néolithique. Cela confirme notamment le papier de François-Xavier Ricaut sur la synthèse des tests d'ADN mitochondrial ancien en Europe qui voyait uniquement les haplogroupes U présents en Europe au mésolithique. Voir ici

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