Eva Ramos-Luis a publié en 2009 un papier intitulé: Phylogeography of French male lineages.

Les auteurs ont analysé 555 échantillons appartenant à des hommes issus de sept régions françaises: le Nord-Pas de Calais, la Bretagne, l'Alsace, l'Île de France, l'Auvergne, la Provence-Alpes Côte d'Azur et le Midi-Pyrénées.

27 SNPs du chromosome Y ont été testés, ainsi que 17 marqueurs STR. 22 haplogroupes ont ainsi été détectés dans la population française. Les auteurs n'ont pas publié les résultats par région. Cependant Richard Rocca a pu récupérer cette information directement auprès des auteurs:
2009 Ramos-Luis Table 1

R1b-M269(xR1b-U106,R1b-U152,R1b-M222,R1b-SRY2627) est l'haplogroupe le plus fréquent dans toutes les régions sauf l'Alsace où R1b-U106 est le plus fréquent. Les haplogroupes BD et P(xR1) sont détectés seulement en Provence-Côte d'Azur. L'haplogroupe N1c est détecté seulement en Île de France, et R1b-M222 est détecté uniquement en Midi-Pyrénées.

Globalement l'haplogroupe R1b représente 56% en Île de France, 56% en Provence-Alpes Côte d'Azur, 62% dans le Nord-Pas de Calais, 81% en Bretagne, 60% dans le Midi-Pyrénées, 59% en Alsace et 53% en Auvergne. L'haplogroupe E représente 22% en Île de France, 13% en Provence-Côte d'Azur, 13% dans le Nord-Pas de Calais, 0% en Bretagne, 9% en Midi-Pyrénées, 10% en Alsace et 12% en Auvergne. L'haplogroupe I représente 8% en Île de France, 9% en Provence-Côte d'Azur, 9% dans le Nord-Pas de Calais, 13% en Bretagne, 10% dans le Midi-Pyrénées, 9% en Alsace et 4% en Auvergne. L'haplogroupe J représente 7% en Île de France, 7% en Provence-Alpes Côte d'Azur, 6% dans le Nord-Pas de Calais, 3% en Bretagne, 12% dans le Midi-Pyrénées, 10% en Alsace et 11% en Auvergne. Enfin l'haplogroupe G représente 4% en Île de France, 7% en Provence-Alpes Côte d'Azur, 7% dans le Nord-Pas de Calais, 2% en Bretagne, 4% dans le Midi-Pyrénées, 2,5% en Alsace et 9% en Auvergne.

Les distances génétiques ont également été calculées. Cette distance est significative entre la Bretagne et toutes les autres régions, mais elle n'est pas significative entre les autres régions. L'analyse multidimensionnelle met bien en évidence que la Bretagne se situe à part:
2009 Ramos-Luis Figure 1

Un effet fondateur consécutif à un mouvement démographique, suivi d'une isolation de la population bretonne pourrait être à l'origine de la faible diversité génétique de cette région.

Mise à jour

En 2013, Eva Ramos-Luis a publié un nouveau papier sur l'analyse de l'ADN du chromosome Y en France, mais en utilisant les mêmes données qu'en 2009. Donc il n'y a rien de nouveau. Ce papier est intitulé: Y-chromosomal DNA analysis in French male lineages.

Voici la figure la plus intéressante de ce papier qui reprend les données de la table 1 ci-dessus:
2013 Ramos-Luis Figure 1