Maanasa Raghavan vient de publier un papier intéressant concernant des tests ADN sur un squelette de Sibérie vieux de 24.000 ans: Upper Palaeolithic Siberian genome reveals dual ancestry of Native Americans.

Le site de Mal'ta est situé le long de la rivière Belaya près du lac Baïkal. Les fouilles archéologiques menées entre 1928 et 1958 ont permis de découvrir une trentaine de figurines anthropomorphiques ainsi que la sépulture d'un jeune garçon accompagné d'un collier de perles, d'un pendentif en forme d'oiseau, d'un diadème en ivoire, d'une plaque décorée, d'un bracelet en ivoire et d'outils en pierre. Le corps était recouvert d'une dalle de pierre.
2013 Raghavan Figure 1a

Les datations radiocarbone 14 sur les ossements ont donné une date d'environ 24.000 ans. Des tests d'ADN mitochondrial, du chromosome Y et autosomal ont été effectués sur cet échantillon nommé MA-1.

Les résultats des tests d'ADN mitochondrial placent l'échantillon dans l'haplogroupe U*: une lignée très rare ou éteinte aujourd'hui. La figure ci-dessous situe le squelette de Mal'ta (MA-1) dans l'arbre phylogénétique U, ainsi qu'un squelette trouvé à Dolni Vestonice (DV-14) vieux de 31.500 ans.
2013 Raghavan Figure S4a

La distribution actuelle de l'haplogroupe U englobe une vaste zone géographique incluant l'Afrique du Nord, le Moyen-Orient, l'Asie du sud et centrale, la Sibérie de l'ouest et l'Europe. L'haplogroupe U a également été trouvé à haute fréquence chez les chasseurs-cueilleurs du paléolithique supérieur et du mésolithique d'Europe.

L'ADN du chromosome Y a été séquencé sur 5,8 millions de paires de base. Les résultats ont montré que le squelette de Mal'ta se situe à la base de l'haplogroupe R:
2013 Raghavan Figure S5a

L'haplogroupe R s'étend actuellement en Eurasie de l'ouest, Asie du sud et dans la région de l'Altaï en Sibérie du sud. L'haplogroupe frère de R: l'haplogroupe Q est le plus commun chez les natifs américains. De plus les individus de l'haplogroupe Q les plus proches des natifs américains situés en Eurasie sont situés actuellement dans le sud de l'Altaï.

Pour caractériser l'ADN autosomal du squelette de Mal'ta, une analyse en composantes principales englobant une large population mondiale a été effectuée.
2013 Raghavan Figure 1b

L'échantillon de Mal'ta se situe dans une zone vierge entre les européens et les natifs américains, et loin des asiatiques de l'est.

La mesure de l'affinité du squelette de Mal'ta avec 147 populations mondiales non africaines a été réalisée à l'aide d'un outil appelé statistique f3. La valeur obtenue est proportionnelle à la quantité de génome partagé entre les individus:
2013 Raghavan Figure 1c

L'affinité génétique du squelette MA-1 est donc plus grande d'abord pour les populations natives américaines (points rouges) et ensuite pour les populations d'Europe du nord-est et de Sibérie du nord-ouest (points jaunes).

Un arbre à maximum de vraisemblance a été construit à partir de 11 génomes modernes issus de la population mondiale, de 4 génomes d'Eurasie: Mari (population finno-ougrienne des bords de la Volga), Avar (population caucasienne), Indien et Tajik (population d'Asie Centrale) et du génome de l'homme de Denisova:
2013 Raghavan Figure 2

L'homme de Mal'ta est situé sur une branche à la base des échantillons d'Eurasie. Cependant un résidu significatif a été trouvé dans la covariance de MA-1 et Karitiana: une population native américaine. En conséquence un flux de gène est déduit entre ces lignages, probablement de MA-1 vers Karitiana, et non l'inverse.

Ce flux de gène de la population du paléolithique supérieur de la région de Mal'ta vers les ancêtres des amérindiens s'est produit avant la dispersion des amérindiens comme le montre les tests D(Yoruba,MA-1,Han,X). D'autre part les amérindiens sont plus proche des asiatiques de l'est que des papous de Nouvelle Guinée. Cependant ce n'est pas le cas de MA-1 qui n'est pas plus proche des est asiatiques que des papous. L'explication la plus probable est que les amérindiens ont une double ascendance et sont le résultat d'un mélange génétique entre des asiatiques de l'est et des eurasiens de l'ouest.

Les dispersions humaines en Asie du nord-est juste avant et après le dernier maximum glaciaire ont probablement conduit aux migrations en Béringie et ensuite aux Amériques. Comme MA-1 est antérieur au dernier maximum glaciaire, les auteurs ont testé un autre squelette situé à Afontova-Gora situé sur les rives de l'Enisei dans le sud de la Sibérie centrale. Ce squelette est daté de 17.000 ans. Les tests autosomaux de cet échantillon (AG-2) sont similaires à ceux obtenus pour MA-1. Il est ainsi plus proche des amérindiens que des asiatiques de l'est.

Enfin les gènes des traits physiques du garçon de Mal'ta âgé de 3 ou 4 ans indiquent qu'il avait la peau noire, les yeux marrons et les cheveux bruns.

Cette étude à quatre implications importantes:

  • les natifs américains et les ouest-eurasiens actuels partagent une ascendance commune à travers un flux de gènes d'une populations sibérienne du paléolithique supérieur vers les premiers américains.
  • ce lien explique la présence de l'haplogroupe mitochondrial X chez les natif américains. Cet haplogroupe est présent chez les ouest-eurasiens mais absent chez les asiatiques de l'est.
  • la transmission de caractères spécifiques des ouest-eurasiens vers les natifs américains s'est faite via une migration à travers la Béringie, plutôt qu'à travers l'Atlantique (l'hypothèse solutréenne n'est donc pas viable).
  • la présence d'une signature génomique ouest-eurasienne dans la région Baïkale avant et après le dernier maximum glaciaire suggère que le sud de la Sibérie centrale a été occupé par des hommes pendant les époques les plus froides de la dernière glaciation.