Amélioration de la phylogénie de l'haplogroupe du chromosome Y: K-M526 et sa rapide expansion en Asie du sud-est

Voici un papier intéressant publié par Tatiana Karafet: Improved phylogenetic resolution and rapid diversification of Y-chromosome haplogroup K-M526 in Southeast Asia. La mutation M168 du chromosome Y définit un lignage conduisant au groupe majeur CT qui contient presque tous les individus non africains, et a donc été proposé pour représenter une première expansion des hommes modernes hors d'Afrique. La diversification de cette clade a produit de nombreuses branches dont une est définie par la mutation M9 (haplogroupe K). Cette dernière se ramifie ensuite en de nombreuses sous-clades que l'on retrouve un peu partout en Eurasie, Océanie et Amérique. Il a été proposé que cette mutation M9 a émergé au Moyen-Orient peu après la sortie d'Afrique. Jusqu'ici la structure de l'haplogroupe K n'était pas bien connue. La découverte des mutations M526 et P326 sépare cette clade en deux groupes, l'un contenant les haplogroupes L et T, l'autre plusieurs lignages K, ainsi que les haplogroupes M, NO, P et S:
2014 Karafet Figure 1a

Les auteurs de ce papier ont découvert 13 nouveaux SNPs qui améliorent beaucoup la phylogénie de l'haplogroupe K, et jettent de la lumière sur l'origine géographique de l'haplogroupe P. Un ensemble de 4413 échantillons appartenant à l'haplogroupe K-M526 ont été testés. Ces nouvelles mutations sont: P315, P336, P378, P401, P402, P403, P304, P307, P308, P331, P397, P399 et P405:
2014 Karafet Figure 1b

La mutation P331 contient presque tous les échantillons qui ne sont pas de l'haplogroupe NO, à l'exception de la mutation P261 observée à Bali, P402/P403 observées à Java, et quelques M526* observés à Sumatra et Sulawesi. Le rare haplogroupe M147 détecté chez 2 individus d'Asie du sud, n'a pas été observé dans cette étude. Le groupe P331 se divise en 2 sous-clades: P397/P399 (haplogroupe K2b1) et P295 (haplogroup P ou K2b2). Ces deux sous-clades ont des distributions géographiques très différentes. L'haplogroupe P (avec ses clades sœurs Q et R) est le plus fréquent en Europe, en Amérique et en Asie du Centre et de l'Est. L'haplogroupe K2b1 est lui restreint à l'est de l'Indonésie, l'Océanie, l'Australie et les Philippines:
2014 Karafet Figure 2

A l'intérieur de K2b1, les auteurs ont découvert une nouvelle sous-clade P405 qui regroupe les lignages: K-P60, K-P79, S-M230, K-P315 et K-P401. Il y a également dans K2b1 l'haplogroupe M-P256, et les lignages K-P336 et K-P378. Ceux-ci sont principalement distribués dans les îles de l'Asie du sud-est et en Océanie. A l'intérieur de l'haplogroupe P, le groupe P* est observé dans les îles de l'Asie du sud-est (Timor, Sumba, Sulawesi) et chez les Negrito des Philippines.

Les auteurs ont également estimé le temps entre l'émergence des mutations M9 et P331 à une valeur inférieure à 3000 ans, le temps entre les mutations M9 et P295 à une valeur inférieure à 5000 ans, et le temps entre les mutations P295 et P27 à environ 12.300 ans.

Discussion

La rapide diversification de l'haplogroupe K-M526 représente une reprise de la croissance démographique après un effet de goulot durant lequel la population a stagné. En général, si tous les lignages descendants d'un unique individu se retrouvent dans la même région géographique, il est probable que l'ancêtre commun vivait dans cette même région. Ainsi, à l'exception de P-P27, tous les lignages de K-M526 se regroupent en Asie du sud-est et en Océanie. Ceci implique une origine probable pour l'haplogroupe P-P295 en Asie du sud-est, suivie d'une expansion des ancêtres des haplogroupes Q et R en Asie. De manière intéressante, les tests d'ADN ancien suggèrent que l'haplogroupe R1b le plus fréquent en Europe occidentale, n' a pas atteint ces hautes fréquences avant la fin du néolithique.

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