Le génome d'un des premiers Européens de Roumanie contient une ascendance Néandertalienne récente

Les premiers hommes modernes se sont diffusés en Europe entre 45.000 et 35.000 ans, au moment où disparaissaient les hommes de Néandertal présents dans la région depuis au moins 300.000 ans. La comparaison des génomes de l'homme de Néandertal et de l'homme moderne a montré que Néandertal a contribué à envrion 1 à 3% du génome des hommes modernes situés en dehors de la région sub-Saharienne de l'Afrique.

Qiaomei Fu vient de publier un papier: An early modern human from Romania with a recent Neanderthal ancestor qui donne l'analyse du génome d'un individu trouvé en 2002 dans la grotte Peștera cu Oase située dans un système karstique près de la ville de Anina dans le sud-ouest de la Roumanie. La mandibule humaine découverte (nommée Oase1) est datée entre 42.000 et 37.000 ans. Il s'agit donc d'un des plus anciens restes humains d'homme moderne en Europe. Cependant certains aspects de cette mandibule sont archaïques et consistant avec Néandertal.

La séquence mitochondriale obtenue est située à la racine de l'haplogroupe N avec quelques mutations privées:
2015_Fu_FigureS1.jpeg

Dans la figure ci-dessus Oase1_all_fragments correspond à la séquence trouvée avec l'ADN contaminé et Oase1_damaged_fragments correspond à la séquence trouvée sans l'ADN contaminé. L'âge de cette séquence peut être estimée à environ 36.330 ans en accord avec les mesures radiocarbones.

L'analyse des chromosomes X et Y a montré que cet individu était un homme. Son haplogroupe du chromosome Y est F* car il possède les SNPs: P187 et P158.

La statistique D utilisée sur l'ADN autosomal montre que Oase1 partage plus d'allèles avec les hommes contemporains d'Asie de l'est et les Amérindiens, qu'avec les Européens contemporains. Par contre il partage autant d'allèles avec les Est-Asiatiques et les Amérindiens qu'avec les individus paléolithiques ou mésolithiques d'Eurasie (Loschbour, Kostenki ou Ust-Ishim):
2015_Fu_Figure1.jpeg

Cela signifie que Oase1 appartenait à une population qui n'a pas contribué génétiquement (ou très peu) aux Européens actuels. Ces résultats contrastent avec l'individu de Kostenki de Russie (vieux de 39.000 à 36.000 ans) qui partagaient plus d'allèles avec les Européens actuels qu'avec les Est-Asiatiques.

Le génome de Oase1 a ensuite été comparé avec le génome de Néandertal. Il a été ainsi montré que Oase1 partage beaucoup plus d'allèles avec Néandertal que tous les hommes contemporains, ou que d'autres individus anciens âgés de 24.000 à 45.000 ans. Les mesures ont montré que Oase1 possédaient entre 6 et 9,4% d'ADN de Néandertal.

La position des allèles partagés avec Néandertal a été indiquée dans la figure ci-dessous:
2015_Fu_Figure2.jpeg

Les 7 barres grises correspondent aux segments partagés avec Néandertal. 3 d'entre eux sont supérieurs à 50 centimorgans (cM) suggérant que la contribution de Néandertal au génome de Oase1 était récente: Oase1 devait avoir un ancêtre Néandertal seulement 4 ou 6 générations avant lui (moins de 200 ans avant).

Ainsi cet individu de Roumanie montre que le mélange génétique entre les hommes modernes et les hommes de Néandertal n'a pas eu lieu seulement au Proche-Orient à la sortie d'Afrique de l'homme moderne. Cela arriva plus tard et notamment en Europe.

Commentaires

1. Le dimanche 5 juillet 2015, 11:52 par Antonin

Davidsky/Eurogenes a analysé Oase1 avec son calculateur K15 et les résultats sont les suivants :

South_Asian 26.1
Sub-Saharan 16.6
Atlantic 13.45
Baltic 9.65
Oceanian 9.36
North_Sea 8.12
Southeast_Asian 7.65
West_Med 4.51
Northeast_African 4.16
West_Asian 0.4
Eastern_Euro 0
East_Med 0
Red_Sea 0
Siberian 0
Amerindian 0

A noter l'assez forte proportion des composants africains (16.6+4.16) qui semble confirmer une origine africaine encore récente des premiers Européens arrivés il y a plus ou moins 40 000 ans.

2. Le dimanche 5 juillet 2015, 18:08 par Bernard

Je suis très sceptique sur la pertinence de cette analyse. En effet décomposer un génome vieux de 40.000 ans en des composantes issues de la population actuelle ne veut rien dire pour la simple raison que ces composantes contemporaines n'existaient pas il y a 40.000 ans.

3. Le lundi 6 juillet 2015, 04:07 par liganol

Ce que je trouve intéressant dans cet article, c'est qu'il prouve qu'il y a bien eu mélange entre Néanderthal et Homo sapiens en Europe; J'ai toujours cru, et c'est ce que démontraient tous les dernières études sur le sujet jusqu'à présent, que ce mélange n'avait eu lieu qu'au Moyen-Orient à la sortie récent de Sapiens d'Afrique. Mais cette étude démontre que ce mélange a aussi eu lieu en Europe, comme l'affirmaient d'ailleurs certains depuis longtemps.

4. Le dimanche 12 juillet 2015, 10:46 par Antonin

Une analyse plus approfondie a été effectuée par Genetiker

https://genetiker.wordpress.com/201...

Le MLDP k23b est intéressant car il aussi montre la proportion d'Humain archaique

•24.49% Ancestral-South-Indian
•8.41% South-East-Asian
•7.68% Austroloid
•7.16% European_Hunters_Gatherers
•6.79% Ancestral-North-Indian
•5.98% Archaic-African
•5.35% Austronesian
•5.04% Archaic-Human
•4.69% Subsaharian
•4.64% Caucasian
•3.60% Altaiс
•3.40% East-African
•2.63% Melano-Polinesian
•1.75% Amerindian
•1.70% North-African
•1.58% East-Siberian
•1.38% Khoisan
•1.19% Paleo-Siberian
•0.89% Near-East
•0.81% European_Early_Farmers
•0.56% Ancestral-North-Eurasian
•0.19% African-Pygmy
•0.08% Arctic

D'autre pat, je ne suis pas d'accord sur le fait que l'analyse ne veut rien dire dire "pour la simple raison que ces composantes contemporaines n'existaient pas il y a 40.000 ans.";

En effet, comme cela été écrit par les scientifiques pour un autre génome ancien, celui de Kostenki14 de Russie, "Le génome Kostenki 14 a déjà les trois principales composantes européennes que nous détectons chez les Européens modernes. " (http://news.sciencemag.org/archaeol...)

Donc, l'analyse du génome d'Oase1 est au contraire très intéressante et démontre également, que le génome de ce premier européen de l'ouest est partagée en grande partie avec certaines populations d'aujourd'hui notamment asiatique et africaine

5. Le dimanche 12 juillet 2015, 21:07 par Bernard

Non, c'est faux. Le génome de Kostenki n'a pas les 3 composantes principales que nous détectons chez les Européens modernes. Je vous invite à consulter la figure 2 du papier de Seguin-Orlando qui a donné les résultats du génome de l'homme de Kostenki. Vous pouvez la voir ici: http://secher.bernard.free.fr/DNA/2... . Les européens modernes sont issus de 3 composantes principales: MHG (issus des chasseurs-cueilleurs européens), NEOL (issus des fermiers néolithiques européens) et Ancient North Eurasian (issus des migrations Yamnaya de l'âge du bronze). L'homme de Kostenki est issu de de 2 composantes beaucoup plus anciennes qui sont Basal Eurasian et West Eurasian Upper Paleolithic.

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