Deux papiers viennent d'être publiés simultanément dans les revue Science et Nature concernant une affinité génétique Australo-Mélanésienne chez certains Amérindiens, notamment en Amazonie.
Le papier de Maanasa Raghavan
Il est communément admis que les ancêtres des Amérindiens sont les descendants de peuples Sibériens qui ont traversé le détroit de Bering à la fin du Pléistocène. De plus la culture Clovis datée d'environ 13.000 ans ne correspond pas aux premiers habitants de la région. En effet, des traces archéologiques indiquent que les hommes étaient présents en Amérique il y au moins 14.600 ans. Cependant les interprétations différent sur la date d'arrivée des premiers hommes, et sur le nombre de vagues migratrices.
Maanasa Raghavan vient de publier un papier intitulé: Genomic evidence for the Pleistocene and recent population history of Native Americans. Il a séquencé 31 génomes d'individus contemporains d'Amérique, de Sibérie et d'Océanie, ainsi que 23 génomes d'anciens individus datés entre 200 et 6000 ans d'Amérique du Nord et du Sud dont des Pericúes du Mexique et des Patagoniens de la terre de Feu de la pointe sud de l'Amérique. Des génomes préalabalement publiés ont été rajoutés dans cette étude:
Une analyse avec le logiciel Admixture a été réalisée:
Une composante spécifique Amérindienne apparait pour K=4. Pour K=15, il y a une structure qui apparait chez les Amérindiens qui sépare les Athabaskans et les Amérindiens du Nord (notamment du Canada) du reste des Amérindiens. Comme cela a été dit précédemment, l'ancien individu d'Anzick se situe avec les Amérindiens du Sud, alors que l'ancien individu Saqqaq se rapproche des populations Sibériennes.
Ce résultat est confirmé par une analyse avec le logiciel Treemix qui montre que tous les Amérindiens forment un groupe monophylétique qui se sépare ensuite en deux entre les Athabaskans du Nord et les autres Amérindiens. Les Paléo-Eskimos et les Inuits se situent sur une branche séparée des Amérindiens. Les Sibériens Yupik et Koryak sont les Eurasiens les plus proche génétiquement:
Pour estimer la date de divergence des Amérindiens et des Eurasiens, les auteurs ont utilisé la méthode diCal2.0 qui définit des modèles démographiques, et une méthode par IBS (Identity By State). La valeur estimée de divergence entre les Amérindiens et les Koryak de Sibérie est d'environ 20.000 ans avec les deux méthodes utilisées. En rajoutant une hypothèse de flux de gènes postérieur à la première arrivée des hommes en Amérique, les auteurs ont affiné cette valeur de divergence autour de 23.000 ans pour tous les Amérindiens du Nord et du Sud des Amériques. Ce résultat induit une unique migration pour les Athabaskans du Nord et les autres Amérindiens, suivi par des flux de gènes en provenance de Sibérie. Ces résultats suggèrent de plus que l'homme de Mal'ta est issu d'une population à l'origine des Athabaskans et des autres Amérindiens.
De plus, la méthode diCal2.0 suggère que les Athabaskans et les Karitiana du Brésil ont divergé il y a environ 13.000 ans. Cette divergence a probablement eu lieu dans le sud de l'Amérique du Nord.
D'autre part, en comparant les Amérindiens avec d'autres populations avec la statistique D, les auteurs ont mis en évidence que certaines populations Amérindiennes (les Aléoutes, les Surui du Brésil et les Athabaskans notamment) sont plus proches des Australo-Mélanésiens. En fait les Surui sont les Amérindiens les plus proches des Australo-Mélanésiens et des Asiatiques orientaux. Les auteurs supposent que cet influx génétique est postérieur à l'arrivée initiale des hommes modernes en Amérique. Cependant les circonstances de son arrivée en Amérique du Sud restent pas claires. Une route via les îles Aléoutiennes est envisagée.
Ce signal Australo-Mélanésien redonne du support au modèle Paléo-Américain qui, sur la base de paramètres craniométriques, propose l'arrivée de deux vagues distinctes en Amérique. Une première vague originaire d'Asie serait à l'origine des Australo-Mélanésiens et des premiers Paléo-Américains. Ces derniers auraient ensuite été largement remplacés par l'arrivée d'une seconde vague à l'origine de la grande majorité des Amérindiens d'aujourd'hui. La présence de ces Paléo-Américains est induit d'abord par des anciens squelettes d'Amérique du Nord et du Sud et également par certaines populations plus récentes commes les Pericúes du Mexique ou les Patagoniens de la terre de Feu.
Cependant des études précédentes basées sur les marqueurs uni-parentaux (ADN mitochondrial et du chromosome Y) ont montré que les données obtenues sur les Pericúes du Mexique et les Patagoniens de la terre de Feu, indiquent que leurs haplogroupes sont similaires aux populations Amérindiennes contemporaines. Les auteurs ont cependant élargi cette recherche à l'ADN autosomal. Ainsi 17 anciens individus de ces populations, ont été séquencés, ainsi que 2 momies pré-colombiennes du Nord du Mexique. Les résultats montrent que tous ces anciens individus se regroupent avec les populations Amérindiennes contemporaines et sont en dehors des variations génétiques des Océaniens:
Ces résultats infirment donc le modèle Paléo-Américain et suggèrent donc une seule migration pour l'ensemble des populations Amérindiennes, suivie de plusieurs influx génétiques dont un d'affinité Australo-Mélanésienne.
Le papier de Pontus Skoglund
Tous les Amérindiens ont leur ascendance issue d'une population ancestrale qui a migré à travers le détroit de Bering en provenance d'Asie il y a plus de 15.000 ans. Certains groupes Arctiques ou d'Amérique du Nord ont de plus, une part de leur ascendance issue de migrations plus récentes. L'étude génétique d'un ancien individu de la culture Clovis daté de 12.600 ans a montré qu'il avait déjà cette ascendance ancestrale. Cependant, des caractères morphologiques de certains squelettes d'Amérique suggèrent qu'ils ont des traits distincts des Amérindiens d'aujourd"hui, mais plus ressemblant à des individus actuels d'Australie ou de Mélanésie. Ces caractères ont suggéré l'existence d'une population ancestrale Paléo-Américaine qui fut remplacée par une seconde population d'affinité génétique Sibérienne. Cependant des caractères physiques du squelette peuvent être dû non seulement à un héritage génétique, mais également à une évolution indépendante convergente suite à une similarité de l'environnement (climat, diète, ...).
Pontus Skoglund vient de publier un papier intitulé: Genetic evidence for two founding populations of the Americas. Il a analysé 63 individus Amérindiens sans ascendance européenne ou africaine appartenant à 21 populations:
Les auteurs ont ensuite utilisé la statistique f4 pour comparer les groupes Amérindiens avec des populations non Américaines. Le résultat a montré que tous les groupes Amérindiens ne descendent pas tous d'une population ancestrale unique. Ainsi les Surui et les Karitiana: deux groupes Amazoniens se distinguent des Meso-Américains, par leur affinité génétique avec les Australo-Mélanésiens (les Onge des îles Andaman, les papous de Nouvelle-Guinée, les Negrito Mamanwa des Philipines et les aborigène d'Australie). Ces résultats ont été confirmés par la statistique D.
Les auteurs ont ensuite conçu une nouvelle statistique h4 analogue à la statistique f4, mais qui remplace les fréquences des allèles par le déséquilibre de liaison. Cette nouvelle méthode a confirmé l'affinité génétique entre les Surui d'Amazonie et les Australo-Mélanésiens.
Enfin les auteurs ont utilisé la méthode du chromosome painting qui a une fois de plus confirmé l'affinité génétique des populations Amazoniennes avec les Australo-Mélanésiens, contrairement aux populations d'Amériques situées au nord de Panama ou à l'ouest des Andes.
Les auteurs ont ensuite testé des modèles démographiques pour relier l'ascendance des Amérindiens avec des chinois Han et des Onges des îles Andaman, en incorporant une ascendance issue d'une population proche de l'homme de Mal'ta vieux de 24.000 ans. Le modèle le plus probable qui permet d'expliquer ces données est un modèle qui suppose l'existence d'une population initiale Y dont l'ascendance est proche de celle des Australo-Mélanésiens et qui a contribué à l'ascendance des Amazoniens.
Cette information permet notamment d'expliquer les paramètres craniomètriques de certains squelettes Américains proches de ceux des populations Australo-Mélanésiennes. Ces squelettes sont notamment nombreux au Brésil.
Ces résultats suggèrent que la population de l'Amérique s'est faite à partir de deux vagues migratrices distinctes car l'arrivée de la population Y en Amérique ne peut pas être récente.
