Une grande majorité (environ 70%) des aborigènes d'Australie portent un haplogroupe du chromosome Y d'origine Eurasienne dû aux mélanges génétiques liés à la colonisation Européenne de ces 200 dernières années. Parmi les individus d'haplogroupe indigène, 44% appartiennent à l'haplogroupe C dont 42% de C-M347 et 2% de C*, et 56% appartiennent à l'haplogroupe K dont 27% de S-P308, 2% de M-M186 et 27% de K*.

Anders Bergström vient de publier un papier intitulé: Deep Roots for Aboriginal Australian Y Chromosomes. Il a séquencé le chromosome Y de 13 aborigènes d'Australie de lignée paternelle d'origine indigène, dont 5 d'haplogroupe C, 6 d'haplogroupe K* et 2 d'haplogroupe M. Ces données ont été comparées à 1244 échantillons du projet des 1000 génomes ainsi qu'à 12 papous de Nouvelle Guinée dont les haplogroupes sont également C, M et K*. La correspondance des haplogroupes des papous de Nouvelle Guinée et des aborigènes d'Australie est consistante avec l'origine commune de ces populations.

Les résultats montrent qu'il y a une divergence profonde entre les chromosomes Y des individus de Nouvelle Guinée et d'Australie et des individus des autres populations:
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Ci-dessus, la figure B donne la phylogénie des haplogroupes K* et M, et la figure C la phylogénie de l'haplogroupe C. Les aborigènes sont en rouge foncé, les papous en rouge clair et les autres populations en vert.

Les auteurs ont utilisé un taux de mutation de 0,76x10-9 par site et par an calibré par un individu ancien d'Eurasie daté au radiocarbone d'environ 45.000 ans. Les résultats montrent une divergence de 54.300 ans entre les aborigènes, les papous et les autres populations au sein de l'haplgroupe K (entre K* et M d'une part et Q et R d'autre part), et une divergence de 54.100 ans entre ces mêmes populations au sein de l'haplogroupe C.

Ces résultats sont en accord avec les données archéologiques qui indiquent l'apparition des premiers hommes en Australie aux environ de 47.000 ans. Il n'y a par contre aucune preuve d'un influx génétique plus récent en Australie jusqu'à l'arrivée des Européens.

La séparations entre les aborigènes d'Australie et les papous de Nouvelle Guinée semble moins claire. En effet si cette séparation est ancienne (autour de 50.000 ans) au sein des haplgroupes C et K*, elle est beaucoup plus récente au sein de l'haplogroupe M (10.400 ans). Si l'haplogroupe M est très fréquent chez les populations de Nouvelle Guinée et de Mélanésie, il l'est beaucoup moins chez les aborigènes d'Australie (moins de 1%). Bien que cette date de 10.400 corresponde plus ou moins à la séparation entre l'Australie et la Nouvelle Guinée suite à la montée des eaux liée au réchauffement climatique après le dernier Maximum Glaciaire, les deux aborigènes d'haplogroupe M sont originaire des Îles du Détroit de Torrès entre l'Australie et la Nouvelle Guinée. Il est donc probable que la présence de l'haplgroupe M en Australie soit très récent. Une nouvelle étude comprenant plus d'échantillons devrait permettre d'éclaircir ce point.