Les Malgaches sont les descendants d'un mélange entre des Africains et des Asiatiques. Aujourd'hui, la population de Madagascar situé à l'ouest de l'océan Indien, montre des connections biologiques et linguistiques avec la côte Est de l'Afrique et les îles du Sud-Est Asiatique. Cependant l'origine géographique précise de ces populations reste très débattue. Les différentes études précédentes linguistiques et génétiques suggèrent une origine Asiatique vers les régions centrales et ouest de l'Indonésie (Java, Bornéo et Sulawesi).

Nicolas Brucato et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Malagasy genetic ancestry comes from an historical Malay trading post in Southeast Borneo. Ils ont étudié le génome de différentes populations de l'île de Bornéo: les Banjar et les Ngaju:
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Ces données ont été comparées à différentes populations de l'océan Indien, notamment trois populations Malgaches: les Vezo, les Mikea et les Temoro, issues d'études génétiques précédentes. Les auteurs ont fait une analyse à l'aide du logiciel ADMIXTURE:
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Les trois populations Malgaches sont numérotées 18, 19 et 20 dans la figure ci-dessus. Pour K=2, ces populations Malgaches montrent un mélange génétique d'environ 68% d'ascendance Aficaine et 32% d'ascendance Asiatique. Pour K=16, l'ascendance Africaine des Malgaches correspond principalement à une origine Sud-Africaine Bantoue. Par contre, l'ascendance Asiatique semble plus complexe. Cette complexité est apparue dans les études précédentes qui ont montré que la langue Malgache est plus proche de la langue de la population Ma’anyan située sur l'île de Bornéo, mais dont la génétique est éloignée de celle des différentes populations Malgaches. Les plus fortes affinités génétiques avec les populations Malgaches se retrouvent dans différents groupes des îles Sud-Asiatiques, notamment les Malais de Sumatra et différents groupes de Bornéo: Banjar, Ngaju, Dayak, Lebbo, Murut, Dusun et Bidayuh. Cette connection est notamment supportée par la statistique f3 et les analyses avec le logiciel TreeMix:
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ainsi que par une analyse des segments IBD (Identity-By-Descent) partagés entre les différentes populations:
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Les auteurs ont ensuite estimé les meilleurs mélanges génétiques avec le logiciel GLOBETROTTER. La meilleure correspondance obtenue est avec la population Banjar de Bornéo (37%) et la population Bantoue d'Afrique du Sud (63%). La date de ce mélange est estimée à 675 ans. Cette date est en accord avec les études précédentes, et reflète la fin de l'épisode de mélange génétique entre les deux populations dont le début est situé à la fin du premier millénaire ap. JC. Cet événement doit donc marquer l'époque de la dernière grande migration Bantoue à Madagascar.

Le proto-Malgache est apparenté aux langues parlées actuellement par la population Ma’anyan de Bornéo. Au contraire la population Banjar parle une langue Malaise. Le logiciel GLOBETROTTER permet d'estimer la population Banjar comme un mélange génétique de Malais (77%) et de Ma’anyan (23%) dont la date du dernier mélange est estimée à environ 425 ans chez les Banjars. Cependant la date des premiers mélanges génétiques doit être antérieure à la migration sur l'île de Madagascar estimée autour de 1000 ans.
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Les routes maritimes entre Madagascar et Bornéo furent particulièrement exploitées durant l'expansion rapide des réseaux commerciaux conduits par les royaumes Hindou-Malais comme celui de Srivijaya entre les 6ème et 13ème siècles. Leur influence s'est accrue dans toutes les îles du Sud-Est Asiatique, notamment à Bornéo au comptoir commercial de Banjarmasin qui a probablement favorisé les contact entre les Malais et la population Ma’anyan locale.