Le Danemark a joué un rôle essentiel dans l'histoire de l'Europe du Nord. Comme les Norvégiens et les Suédois, les Danois sont liés aux excursions Vikings entre les années 793 et 1066. Ensuite entre les années 1397 et 1523 le Danemark, avec la Suède et la Norvège, a formé l'Union de Kalmar. Cette complexité historique du Danemark contraste avec la petite taille du pays: 43.000 km2 et une population de 5,6 millions d'habitants.
Georgios Athanasiadis et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Nationwide Genomic Study in Denmark Reveals Remarkable Population Homogeneity. Ils ont invité les étudiants Danois a participé à un projet de génétique de population. Environ 800 étudiants Danois issus de 36 écoles différentes réparties sur tout le territoire Danois ont participé au projet:
Pour pouvoir comparer la population Danoise à d'autres populations, les auteurs ont intégré dans leur étude 4008 échantillons Européens issus de différents projets.
Les auteurs ont réalisé une Analyse en Composantes Principales:
Les échantillons Danois se regroupent avec les échantillons Suédois et Norvégiens et montrent une proximité génétique avec les échantillons de Grande-Bretagne, des Pays-Bas, d'Allemagne et de Pologne.
Les auteurs se sont ensuite focalisés sur les échantillons Danois repartis sur six régions: la Capitale, la Zélande, Funen, le Jutland Sud, le Jutland Central et le Jutland du Nord qu'ils ont comparé uniquement avec les populations de Norvège (en bleu foncé ci-dessous), de Suède (en jaune) et d'Allemagne (en marron):
De manière intéressante, les échantillons Danois ne se regroupent pas suivant leur région d'origine indiquant ainsi un manque de structure génétique à l'intérieur du pays.
Afin d'étudier d'éventuelles interactions génétiques historiques entre le Danemark et ses voisins, les auteurs ont utilisé les logiciels CHROMOPAINTER, fineSTRUCTURE et GLOBETROTTER. Ils ont ainsi mis en évidence 8 groupes principaux chacun rattaché de manière prédominante à un des pays suivants: Norvège, Suède, Finlande, Grande-Bretagne, France, Allemagne, Pologne et Ibérie (voir la figure A ci-dessous).
La figure B ci-dessus indique la contribution de ces différents groupes à l'ascendance génétique des Danois. Elle est ainsi prépondérante pour les groupes de la Norvège, de la Suède et surtout de la Grande-Bretagne, ce qui est surprenant. Il est aussi frappant que le groupe de l'Allemagne montre peu de contribution malgré sa proximité géographique. De manière intéressante également, les groupe de la France et de la Pologne montre une faible contribution non négligeable. Les dates de mélange génétique ont été estimées entre 943 et 434 ans.
Homogénéité génétique des Danois
vendredi 26 août 2016. Lien permanent Génétique des populations
10 réactions
1 De rainetto - 27/08/2016, 11:58
Voilà le genre d'étude qu'on ose pas faire en France, les Français de souche "n'existe pas", c'est taboo politico-religieux...
Pour la dernière figure (B), je ne pense pas du tout qu'il s’agisse formellement de "contribution" de ces divers pays à la population du Danemark. Il s'agit plutôt d'"affinités" génétiques, et ces affinités ont probablement en grande partie des explications toutes autres:
- les Danois et les Anglais (par exemple) peuvent avoir conservé une forte part d'ascendance d'ancêtres communs en Europe remontant aux ages des métaux et datant d'avant même le peuplement du Danemark et de la l'Angleterre par ces peuples ancêtres.
- Pour les temps plus récents, il s'agit probablement pour une bonne part de contributions dans l'autre sens, du Danemark vers les autres pays européens: les Angles et les Saxons (entre autres) durant les invasions germaniques de l'Antiquité, sont sensés venir du Danemark (!) c'est même pour ça que l'anglais est une langue germanique, plus tardivement il y a eu les Vikings qui sont allés dans toute l'Europe et ils sont principalement venus du Danemark eux aussi, et il y en a peut d'être eux d'autres dans l'Antiquité plus ancienne, tout cela se cumul en Angleterre plus qu'ailleurs.
A mon avis les Pays-Bas et la Flandre ont une affinité avec le Danemark toute aussi élevée que l’Angleterre, sinon plus. D'ailleurs sur les APC les Anglais semblent être essentiellement un mélange entre des irlandais (qui sont plus proches des anciennes populations autochtones des iles britanniques) et des néerlandais (invasions celtiques puis germaniques, qui semblent être passées par la région des Pays-Bas).
2 De Bernard - 27/08/2016, 18:12
Pour la France, voir http://secher.bernard.free.fr/blog/... et http://secher.bernard.free.fr/blog/...
Deux études sur la France, c'est finalement pas si mal...
3 De Bernard - 27/08/2016, 18:15
Je suis d'accord qu'il s'agit plus d'affinité génétique que de contribution génétique comme présenté dans le papier. La forte affinité entre les Danois et la Grande-Bretagne vient effectivement probablement des migrations Anglo-saxonnes des côtes Danoises vers la Grande-Bretagne.
4 De rainetto - 27/08/2016, 21:17
Oui en effet, il existe bien quelques études, mais celle sur la "Structure génétique à petite échelle de la population Française" reste une étude préliminaire bien superficielle, elle n'aborde pas un tas de sujets qui seraient beaucoup plus intéressants à partir des mêmes données étudiées, on sent quand même qu'il y a un certain blocage. L'autre étude est très régionale et fait tellement dans la petite dentelle à fine échelle que ça ne dit finalement pas grands chose à l’échelle plus globale et française dans le cadre européen (même si on peut interpréter soit même certaines donnés). Les études sur les autres pays européens en revanche abordent souvent de plein pied les sujets intéressants (les identités des peuples entiers, leur degré d'unité, leur structure interne, ainsi que leurs affinités, différences et origines vis à vis des autres peuples européens), c'est même leur objectif premier. Il y aurait pourtant vraiment des choses surprenantes et importantes à dire pour la France en la matière (comme l'unité génétique assez ancienne et bien réelle du peuple français autochtone, à travers les régions de langue d'oil notamment, à l'intérieur des frontières ethnolinguistiques plus que politiques, et la différenciation relative des français vis à vis des peuples voisins qui sont génétiquement très proches mais distincts). En France on a ainsi des études qui tournent autour du pot mais évitent à tout prix de l'aborder. :-)
5 De liganol - 27/08/2016, 23:54
Bonjour Bernard.
''Je suis d'accord qu'il s'agit plus d'affinité génétique que de contribution génétique comme présenté dans le papier. La forte affinité entre les Danois et la Grande-Bretagne vient effectivement probablement des migrations Anglo-saxonnes des côtes Danoises vers la Grande-Bretagne.''
Mais alors pourquoi parlent-ils de dates de mélanges génétiques estimées entre 943 et 434 ans, ce serait n'importe quoi ?
6 De Bernard - 28/08/2016, 07:44
La génétique des populations a toujours eu des difficultés avec les estimations de date. Ce problème n'est pas nouveau.
7 De liganol - 28/08/2016, 08:47
Ah! ok, je comprend.
8 De philippe - 19/10/2016, 15:33
Bonjour Bernard,
Comme vous dites, deux études sur la France, c'est déjà pas si mal...surtout dans le climat actuel...
L'étude dirigée par Aude Siant-Pierre est encore en preprint, ainsi qu'une deuxième toujours issue de la 3city study.
Je me demande pourquoi elle met autant de temps à les publier.?!
L'équipe qui a réalisé celle sur l'Ouest de la France en présente une deuxième pendant l'ASHG 2016:
Fine-scale population structure in France: Loire River as genetic barrier
http://www.ashg.org/2016meeting/pdf...
page 453 poster 1095F
9 De Bernard - 20/10/2016, 15:36
Merci Philippe pour le lien vers cette nouvelle étude. Je remet directement ici le titre et le résumé de l'étude:
Fine-scale population structure in France: Loire River as genetic barrier:
Background
The genetic structure of human populations varies throughout the world, being influenced by migration, admixture, natural selection and genetic drift. Human population structure has first been investigated at broad scales, between and within continents. Currently researchers focus on finer scales, examining genetic structure within countries. Characterising such genetic variation is of interest as it provides insight into demographical history and informs research on disease association studies, especially on rare variants. We here explored the genetic structure of a population living on the French territory (hereafter called French population) both on the whole territory and then on Western part where interesting stratification was identified.
Methods and Results
We genotyped genome-wide 2276 individuals with known department of origin from French Population (SU.VI.MAX study) using Illumina Chip; 456 individuals (PREGO study) from Western France Atlantic Coast, from Finistère to Vendée, with at least three of their grandparents born within a 15 kilometres distance using Axiom CEU Chip. With EEMS software we visualised areas with low effective migration rates - the migration barriers, which match with geographical features, with particularly strong barrier on the lower course of Loire in Western France. We then focused on the PREGO study and Principal Components analysis revealed that individuals from the same departments form clusters. In both datasets we observed a high correlation between geographical position and components (p-value < 2e-16). Many in dependent methods support the hypothesis that Loire River is a genetic barrier. The two groups of individuals, from north or south of Loire, are well differentiated along PC1 axis. ADMIXTURE estimated different ancestry proportions for the two groups. The first split of hierarchical clustering returned by fineSTRUCTURE, and the one based on normalized counts of identity-by-descent segments is between north and south of Loire.
Conclusion
We here report genetic stratification at the level of continental French territory. The migration pattern is following the geographical structure. A specific pattern is noticed around the Loire River. We confirm both evidence for isolation by distance and existence of a genetic barrier, the Loire River. The discovered fine-scale population structure may have consequences in association analyses, especially for rare variants which tend to be geographically clustered.
10 De philippe - 22/10/2016, 20:07
Encore une étude qui, à ma connaissance,n'a jamais été publiée.
https://www.eshg.org/fileadmin/www....
P10.89 page 281
The genetic position of Western Brittany (Finistère, France) in the celtic Y chromosome landscape
K. Rouault1,2, C. Branco3,4, V. Scotet1, L. Mota-Vieira3,4
, C. Ferec1,2; 1 INSERM U 613, Brest, France, 2 CHU Brest, Hop Morvan, Laboratoire de génétique moléculaire, Brest, France, 3 Molecular Genetics and Pathology Unit, Hospital of Divino Espirito Santo of Ponta Delgada, EPE, São Miguel Island,
Brittany, a large peninsula located at the western part of France, is of particular interest because of its historical settlement and its relative geographic and cultural isolation. Brittany was invaded by waves of migration from Britain and Ireland between the 4th and 7th centuries and, therefore, belongs to the Brythonic branch of the Insular Celtic language. We have focused our study on the department of Finistère, the most western territorial unit of Brittany, and its administrative and historical areas. To explore the diversity of the Y-chromosome, we analyzed a total of 348 unrelated males using a combination of 23 biallelic markers and 12 microsatellite loci. The molecular analysis revealed that 82.2% of the Y chromosomes fell into haplogroup R1b, placing Finistère within the Western European landscape. Interestingly, at a microgeographical level, differences were detected by the haplogroup R1a* being confined to the south of the department, while haplogroups E3b, F, G, J2, K and R1a1 were found in the north. Nevertheless, geographical distribution of haplogroups and haplotypes suggested territorial homogeneity inside Finistère. Most of the Y-chromosomal gene pool in Finistère is shared with European, especially British, populations, thus corroborating the historical reports of ancient migrations to Brittany. Finally, the results are consistent with those obtained from classic genetic markers and support the Celtic paternal heritage of the Finistère population.