Généalogie génétique

L'Inde est formée d'une très grande diversité ethnique, culturelle et linguistique. Elle a connu un grand nombre de vagues d'immigration de différentes parties du monde aux temps préhistoriques et historiques. Les Siddis sont un groupe ethnique unique d'origine Africaine que l'on trouve principalement dans les états Indiens de Gujarat, Karnataka, Andhra Pradesh et Telengana. Les premières traces de leur migration remontent vers l'an 1100 sur la côte ouest de l'Inde. Au 13ème siècle leur nombre a augmenté lorsqu'ils furent importés par les rois et princes Indiens pour servir comme esclaves ou soldats. Ensuite d'autres furent importés en Inde comme esclaves par les Portugais entre les 16ème et 19ème siècles.

Les premières études génétiques ont montré que le génome des Siddis était composé d'ascendances Africaine, Sud Asiatique et Européenne.

Ranajit Das et Priyanka Upadhyai viennent de publier un papier intitulé: Unraveling the population history of Indian Siddis. Ils ont analysé le génome de 14 individus Siddis du Gujarat et du Karnataka. Ces génomes ont été comparés à celui de nombreux individus Africains issus du projet des 1000 génomes et du projet Human Genome Diversity. Il s'agit de Yorubas du Nigéria, de Luhyas du Kenya, de Gambiens, de Mendes de Sierra Leone, d'Esans du Nigeria et de sept populations Bantoues.

L'analyse Multi-Dimensionnelle révèle cinq groupes différents. Dans la figure ci-dessous YRI représente les Yorubas, MSL les Mendes, LWK les Luhyas, GWD les Gambiens et ESN les Esans:


Les Siddis se regroupent en haut à droite, mais s'étirent vers le groupe formé par les Luhyas (population Bantoue du Kenya) et les Bantous du Nord-Est (du Kenya également).

Les auteurs ont ensuite utilisé le logiciel ADMIXTURE. La figure ci-dessous donne le résultat pour une valeur du paramètre K=5:


Les cinq ascendances se retrouvent majoritairement chez les Esans (k1), les Mendes (k2), les Gambiens (k3), les Luhyas (k4) et les Siddis (k5). On retrouve cependant un peu de la cinquième composante dans la population Bantoue (HGDP et Luhyas).

Les auteurs ont ensuite utilisé le logiciel TreeMix pour estimer les regroupements des différentes populations:


La figure ci-dessus confirme la proximité entre les Siddis et les populations Bantoues, notamment les Luhyas. Elle indique notamment que les Siddis ont divergé des Luhyas il y a environ 2700 ans.

Les auteurs ont ensuite estimé la zone géographique en Afrique correspondant à la zone d'origine des Siddis à l'aide du logiciel Geographical Population Structure (GPS). Ainsi 10 des 14 Siddis ont été assignés à l'ouest de la Zambie et les 4 autres entre le Zimbabwe et le Nord-Est du Bostwana:


Il est intéressant de noter que GPS affecte l'origine des Siddis le long de la route secondaire postulée de l'expansion Bantoue entre l'Afrique de l'Est et la région inter-lacustre autour des grands lacs Africains, datée d'il y a environ 1700 ans.

Le logiciel ADLER a estimé à environ 300 ans l'âge du mélange génétique entre les ascendances Africaine et Sud Asiatique chez les Siddis. Cette estimation est en accord avec la période de traite des esclaves entre l'Afrique et l'Inde, par les Portugais.