Généalogie génétique

Les anciens génomes d'individus du Moyen Orient ont révélé une continuité génétique entre les chasseurs-cueilleurs et les premiers fermiers entre 12.000 et 8000 ans. Au contraire les études génétiques en Europe ont montré un fort remplacement de populations entre les chasseurs-cueilleurs du Mésolithique et les premiers fermiers originaires du Proche-Orient. Cette discontinuité génétique a été suivie par une résurgence progressive des gènes chasseurs-cueilleurs dans les populations du Néolithique Moyen et Récent. Enfin l'Âge du Bronze a été le témoin d'un important flux de gènes en Europe en provenance des Steppes Pontiques.

Peu de choses sont connus sur le génome des anciens Est Asiatiques. Ces populations ont utilisé la céramique et la vannerie bien avant le passage à une économie Néolithique d'agriculture et d'élevage. Veronika Siska et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Genome-wide data from two early Neolithic East Asian individuals dating to 7700 years ago. Ils ont séquencé le génome de cinq chasseurs-cueilleurs dont le squelette a été retrouvé dans la grotte de Devil's Gate dans la région Primorye à l'extrême Est de la Russie près des frontières Chinoise et Nord Coréenne. Les restes humains sont datés d'environ 7700 ans. Le mobilier archéologique a montré que ces individus vivaient de chasse, de pêche et de cueillette. Seuls deux individus ont montré un taux de couverture du génome suffisamment élevé. Ces deux individus sont des femmes. Les analyses mitochondriales ont montré que ces deux individus appartenaient aux haplogroupes D4 et M courants aujourd'hui dans la région.

Les auteurs ont ensuite comparé ces deux individus à un large éventail de populations contemporaines:


Ils ont effectué une Analyse en Composantes Principales:


et une analyse avec le logiciel ADMIXTURE:


Ces résultats montrent que les anciens génomes sont proches de ceux des populations actuelles du bassin de l'Amour, région où se trouve la grotte de Devil's Gate. Cette région est aujourd'hui habitée par des populations parlant des langues toungouses. Il y a donc une forte continuité génétique dans cette région depuis au moins 7700 ans.

Ces résultats sont confirmés par la statistique f3 qui montre que l'affinité génétique décroit avec la distance géographique depuis le bassin de l'Amour:


Les Oultches sont la population la plus proche génétiquement des anciens génomes de la grotte de Devil's Gate. Ce sont des pêcheurs traditionnels. Les populations actuelles du Japon et de Corée leur sont également proche génétiquement. Aucun autre ancien individu préalablement séquencé n'est proche génétiquement de ces anciens génomes.

Il a été montré précédemment que la population actuelle du Japon est issue d'un mélange génétique entre une population de chasseurs-cueilleurs de la culture Jomon et des migrants de la culture Yayoi qui ont apporté l'agriculture du riz depuis le sud de la Chine. Les auteurs ont utilisé la statistique f3 pour modéliser les populations Japonaise et Coréenne comme un mélange génétique entre un individu ancien de la grotte de Devil's Gate (composante chasseur-cueilleur) et une population actuelle (composante Néolithique). Le signal obtenu est maximal pour les populations actuelles de Taïwan, du sud de la Chine et du Viet-Nam.

Enfin les auteurs ont étudié les traits phénotypiques des anciens individus de la grotte de Devil's Gate. Ils avaient les yeux marrons, la peau d'une pigmentation proche des Est Asiatiques actuels, des cheveux droits et épais. Ils étaient intolérants au lactose et ne souffraient pas d'érythème (lésion dermatologique) suite à l’ingérence d'alcool.