En Europe, la transition Néolithique est caractérisée par une période d'innovations qui fait passer les différentes communautés d'un mode de vie nomade basé sur la chasse et la cueillette en un mode de vie plus sédentaire basé sur la production alimentaire. Ce processus est initié au Proche-Orient il y a environ 11.500 ans et arrive en Europe du Sud-Est il y a environ 8500 ans, avant de se diffuser rapidement dans le continent. Il y a de nombreux débats pour savoir si cette transition s'est effectuée par l'arrivée de nouvelles populations ou si elle s'est diffusée culturellement. Les dernières études génétiques ont montré que cette transition s'est accompagné par l'arrivée d'une nouvelle population en Europe Centrale en provenance d'Anatolie. A l'inverse la transition Néolithique en Europe du Nord et de l'Est a été plus lente et progressive qu'en Europe Centrale. Il n'est pas clair dans ces régions si le Néolithique s'est accompagné par l'arrivée de nouvelles populations.

Eppie R. Jones et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: The Neolithic Transition in the Baltic Was Not Driven by Admixture with Early European Farmers. Ils ont séquencé le génome de trois individus Mésolithiques et trois individus Néolithiques du site archéologique de Zvejnieki en Lettonie. Ils ont également séquencé le génome d'un individu Mésolithique et d'un individu Néolithique des sites archéologiques respectifs de Vasilyevka et Vovnigi le long de la rivière Dniepr en Ukraine dans les Steppes Pontiques:
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Les échantillon Mésolithiques de Lettonie sont datés entre 6400 et 6200 av. JC. (culture Kunda), entre 5800 et 5600 av. JC (culture Narva) et entre 5250 et 4800 av. JC. Les échantillons Néolithiques de Lettonie sont datés entre 4200 et 3750 av. JC. (Néolithique Moyen) et entre 3000 et 2600 av. JC (Néolithique Récent: culture Cordée). L'échantillon Mésolithique d'Ukraine est daté entre 9150 et 8600 av. JC et l'échantillon Néolithique d'Ukraine est daté entre 4500 et 4300 av. JC.

Les auteurs ont réalisé une Analyse en Composantes Principales pour pouvoir comparer ces génomes avec celui des autres génomes anciens d'Europe et du Proche-Orient et de populations contemporaines:
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ainsi qu'une analyse avec le logiciel ADMIXTURE:
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Les trois individus Mésolithiques de Lettonie se regroupent ensemble entre les chasseurs-cueilleurs d'Europe de l'Ouest et les chasseurs-cueilleurs de Russie. Ils sont composés de la même ascendance bleue caractéristiques des chasseurs-cueilleurs Européens.

Les trois individus Néolithiques de Lettonie se positionnent différemment sur la figure de la PCA. Latvia_MN1 se regroupe avec les trois individus Mésolithiques de Lettonie suggérant une continuité génétique dans cette région durant la transition Néolithique. De plus il est constitué de l'unique composante bleue dans l'analyse ADMIXTURE. Latvia_MN2 se regroupe avec les chasseurs-cueilleurs de Russie et son analyse ADMIXTURE présente en plus de la composante chasseur-cueilleur Européen, des composantes que l'on retrouve chez les Sibériens actuels, les Amérindiens actuels et les anciens chasseurs-cueilleurs du Caucase. De plus les résultats de la statistique D indiquent une influence Nord Eurasienne dans cet échantillon. Cet influence se retrouve également dans le mobilier archéologique. Latvia_LN1 se regroupe avec les Européens et les pasteurs des Steppes du Néolithique Final et de l'Âge du Bronze. Il est constitué de la composante bleue des chasseurs-cueilleurs Européens et de la composante verte des chasseurs-cueilleurs du Caucase. Cette dernière composante est supposée être arrivée en Europe avec les migrations des populations des Steppes. De manière intéressante cet échantillon est daté de la période correspondant à la transition linguistique vers les langues Indo-Européennes dans la région Baltique. Il est frappant que l'on ne retrouve pas d'ascendance issue des fermiers Anatoliens dans les échantillons de la Baltique. Ce résultat est supporté par l'ADN mitochondrial qui montre que les six anciens individus de Lettonie sont de l'haplogroupe U caractéristiques des anciens chasseurs-cueilleurs Européens.

Les deux individus Mésolithique et Néolithique d'Ukraine se regroupent ensemble entre les chasseurs-cueilleurs d'Europe de l'Ouest et de Russie. Leur ADN mitochondrial est également de l'haplogroupe U. Là aussi, ces résultats indiquent une continuité génétique durant la transition Néolithique. Les deux échantillons sont composés principalement de l'ascendance bleue caractéristique des chasseurs-cueilleurs Européens, mais aussi d'une petite proportion d'ascendance verte caractéristique des chasseurs-cueilleurs du Caucase. Cette dernière est légèrement plus importante chez l'individu Néolithique, ce qui suggère là aussi une influence Nord Eurasienne dans la région des rapides de la rivière Dniepr.

De manière générale, ces anciens individus de Lettonie et d'Ukraine montrent une plus grande affinité génétique avec les populations actuelles d'Europe du Nord et de l'Est. De plus, deux chasseurs-cueilleurs de Lettonie sont de l'haplogroupe du chromosome Y: R1b. Cet haplogroupe est très fréquent aujourd'hui en Europe Occidentale. S'il est présent à très faible fréquence avant la fin du Néolithique, il est supposé s'être diffusé en Europe au Chalcolithique (après 3000 av. JC) à partir des Steppes Pontiques. Sa présence dans le Mésolithique de Lettonie indique une distribution géographique plus importante que préalablement supposée (entre la Mer Noire et la Mer Baltique).

Enfin l'analyse des traits phénotypiques montrent que les trois Mésolithiques de Lettonie avaient les yeux bleus et que la couleur de la peau (SLC24A5 et SLC45A2) s'est progressivement éclaircie entre le Mésolithique et le Néolithique:
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Tous ces individus étaient intolérant au lactose et avaient les cheveux sombres (sauf un Néolithique de Lettonie).

En conclusion la transition Néolithique dans les régions de la Baltique et des Steppes Pontiques montre une forte continuité génétique avec cependant une influence Nord Eurasienne et une influence des Steppes dans la région Baltique à la fin du Néolithique. Ces dernières sont distinctes de l'influence Anatolienne que l'on retrouve en Europe Centrale à cette période.