Plusieurs cultures archéologiques se sont formées autour de l'Altaï: Afanasevo entre 3300 et 2400 av. JC., Karakol au 2d millénaire av. JC. et Pazyryk au 1er millénaire av. JC. A la fin du 1er millénaire av. JC. une formation Xiongnu émerge en Asie Centrale avant d'influencer la région de l'Altaï. Ces régions de l'Ouest et du Sud de la Sibérie sont souvent considérées comme une zone de contact entre des populations de l'Ouest et de l'Est de l'Eurasie.

Marina Gubina et ses collègues ont publié en 2016 un papier intitulé: The Dynamics of the Composition of mtDNA Haplotypes of the Ancient Population of the Altai Mountains from the Early Bronze Age (3rd Millennium BC) to the Iron Age (2nd–1st Centuries BC). Ils ont analysé l'ADN mitochondrial de 34 squelettes issus des différentes cultures de la région de l'Altaï entre l'Âge du Bronze Ancien et l'Âge du Fer:
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Ils ont analysé la région HVR1 ainsi que quelques SNPs de la région codante pour discriminer les différents haplogroupes. Les résultats sont les suivants:
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Les haplotypes les plus fréquents appartiennent à des haplogroupes Ouest Eurasiens. Pendant 2000 ans (cultures Afanasevo et Karakol) la composition mitochondriale de la population est relativement stable avec 83% d'haplogroupes occidentaux: H, K, U5a, T2 et W, et 17% d'haplogroupes orientaux: D, F et Y. La proportion d'haplogroupes orientaux (44%: C, D, Z, A) augmente au premier millénaire av. JC.

Les auteurs ont ensuite effectué une Analyse en Composantes Principales pour comparer les anciens individus de la région de l'Altaï avec d'autres anciennes populations et des populations contemporaines. Dans la figure ci-dessous l'ancienne population de l'Altaï est représentée par Ancients 5. Ancients 1 est une ancienne population de la région de Krasnoyarsk Krai, Ancients 2 une ancienne population de la région Cisbaïkale, Ancient 3 une ancienne population d'Asie Centrale et Ancients 4 une ancienne population du Nord-Ouest de la Russie:
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La partie supérieure de la figure ci-dessus regroupe les populations dont les haplogroupes occidentaux sont les plus fréquents, alors que la partie inférieure regroupe les populations dont les haplogroupes orientaux sont les plus fréquents.

En conclusion cette étude montre une stabilité de la population durant les 3ème et 2d millénaire av. JC., suivi par un accroissement du mélange génétique entre des populations occidentales et orientales au 1er millénaire av. JC durant la culture Pazyryk. Un constat identique a été fait dans la région de Krasnoyarsk Krai.