Généalogie génétique

Commentaires

1. Le jeudi 1 juin 2017, 21:09 par rainetto

Et on voit que la population moderne la plus proche de ces Égyptiens anciens, autour de la Méditerranée... ce sont... les Sardes ! (Le point le plus orange est situé sur la Sardaigne). Cela rejoint bien mes tout premiers propos à ce sujet il y a un an ou deux sur ce blog. Tout était évident, il suffisait de savoir regarder les choses telles qu'elles sont, et de comparer le type physique des Sardes, le type "méditerranéen ibéro-insulaire" (issu des Anatoliens néolithique dans le cas des Sardes), avec les représentations et les momies égyptiennes. Même les Basques et les Italiens du Nord modernes sont ici génétiquement autant apparentés aux Égyptiens anciens que ne le sont les Levantins modernes, ce qui s'explique essentiellement par la forte ascendance EEF des Basques et des Italiens couplée à leur ascendance africaine nulle. Les Anatoliens Néolithiques étaient assez apparentés aux Levantins néolithiques et étaient d'un type physique assez semblable, même s'ils nétait pas identiques, tous deux étaient très europoïdes méditerranéens et essentiellement leucodermes.

Et encore, ces échantillons égyptiens anciens ne datent que de la Basse Époque à la période romaine, ils sont donc très tardifs, de la période déclinante de la civilisation égyptienne. Pour les Égyptiens plus anciens (de l'Ancien Empire au Nouvel Empire), je pense qu'il ne peuvent avoir que encore moins d'ADN subsaharien, mais certainement pas plus, étant donné l'histoire des interactions entre l’Égypte et de la Nubie qui n'a fait que s'amplifier dans le temps.

2. Le vendredi 2 juin 2017, 08:59 par Bernard

@liganol

Le génome complet a été testé sur 40 échantillons, j'imagine les mieux préservés. Mais seulement trois résultats étaient satisfaisant à l'arrivée. Il est en effet beaucoup plus facile d'obtenir la séquence mitochondriale que la séquence nucléaire.

3. Le vendredi 2 juin 2017, 17:03 par Méridien

Dans l'ACP en haut de page on voit que les populations modernes les plus proches des anciens égyptiens sont: saoudiens, bédouin, et jordaniens.
Les populations européenne y compris du Sud sont loin en haut à gauche.
J'ai du mal à comprendre la statistique f3, plus les ronds sont colorés plus la valeur (0,243) Est importante donc la proximite est grande, seulement avec cette logique les égyptiens modernes sont en blanc et les baltes en jaune, ces derniers seraient donc plus proches des anciens égyptiens que les égyptiens modernes ? Ça me paraît contradictoire avec l'ACP plus haut qui éloigne les européens des anciens égyptiens.

4. Le dimanche 4 juin 2017, 07:20 par ceutron

restent à préciser les causes historiques de ces
" changements " il y aurait 700 ans ?

--
événements historiques
lien avec la conquête arabo-mahométane

- importation par l'esclavage massif ?

ou autre

5. Le dimanche 4 juin 2017, 15:48 par rainetto

Les statistiques f3 ( https://www.nature.com/articles/nco... graphique à droite des cartes) sont stupéfiantes. Et ces statistiques, qui sont faites au cas par cas, sont évidement infiniment plus précises et moins subjectives que les APC (dont la représentation en 2D écrase d'autres axes de différenciation) et que les analyses d'admixtures (qui dépendent entièrement du choix subjectif des composantes, limitées par ce qui est disponible).

Voici donc le 10 têtes de classement des affinités génétiques de ces Égyptiens anciens avec les populations modernes d'Eurasie de l'Ouest, des plus apparentées aux moins apparentées :

- Sardinian
- Basque
- Bergamo (nord de l'Italie)
- Tuscan
- Spanish North
- Greek
- Albanian
- French South
- Cypriot
- Bulgarian

Les Égyptiens modernes se retrouvent donc en tout dernier dans leur classement ! Les populations modernes qui se rapprochent génétiquement le plus des Égyptiens anciens sont donc, sans ambiguïté, les Européens du sud-ouest, et en premier lieu les Sardes. Les Proche-Orientaux modernes ne figurent pas dans leur classement, car ils allongeraient la liste en s'insérant en bas entre "Turkish" et "Modern Egyptian", ils ont donc juste mis les Égyptiens modernes pour qu'on voit qu'ils se situent bien loin.

Sur ce point, j'étais donc en plein dans le mille avec mes théories sur les Égyptiens anciens dont j'avais discuté il y a deux ans dans les commentaires ici ( http://secher.bernard.free.fr/blog/... ), c'était à une époque où on avait encore aucun ADN ancien du Proche-Orient et encore moins d’Égypte. Je me contentait simplement de spéculer sur l'ADN des EEF d'Europe dont on disposait (dont on sait aujourd'hui qu'il est issu des Anatoliens néolithiques, et avec peu de mélange WHG contrairement à l'idée dominante chez les généticiens à l'époque), et en me basant sur le type physique des Sardes et des Européens du Sud-Ouest actuels comparé aux représentations des Égyptiens anciens.

Le fait que les Égyptiens modernes (et les Proche-Orientaux) se retrouvent tout en bas de cette liste n'a rien d'étonnant, c'est simplement causé par la part d'ascendance subsaharienne qui les a fortement décalé génétiquement par rapport aux Égyptiens anciens, même si le fond reste en grande partie le même. Ce qui signifie que avant d'être mélangés aux Subsahariens, les populations d'Afrique du Nord étaient très apparentées aux Européens du Sud, idem pour le Proche-Orient. On peut dire maintenant que c'est le mélange africain subsaharien qui est le facteur le plus impactant en Méditerranée, celui qui a causé la plus forte différenciation entre les rives nord et sud, c'est vraie autant sur la différenciation génétique que sur le phénotype évidement (et ça explique bien d'autres choses dont je ne parlerai pas ici).

Ci après le début du classement des populations anciennes dont on a le génome, en fonction de leur parenté génétique avec les Égyptiens anciens (toujours classées des plus apparentées aux moins apparentées):

- LBK
- Anatolian N
- Europe EN
- Iceman
- Europe MNChL
- Anatolian ChL
- Levant BA

CHG et Iran_N sont les plus éloignés vis à vis des Égyptiens anciens dans ce classement, cela est compréhensible. Même si les Égyptiens anciens en on une petite signature en admixture, celle ci est assez faible, et ces populations irano-caucasiennes sont bien différenciées des populations occidentales (Levantins et Anatoliens du Néolithique) qui constituent l'ascendance principale des Égyptiens anciens.

Mais avec les connaissances plus récentes (échantillons Levant_N et Levant_BA) comment expliquer que LBK (c'est à dire un EEF d'Allemagne en Europe) se retrouve devant Anatolian_N dans le classement des stats f3, et lui même devant Levant_BA ? Là j’avoue mon étonnement. Même si ça rejoint complètement mes vieilles théories, ça rejoint mal les donnés plus récentes. Ce qui m'étonne le plus c'est la contradiction frontale avec les analyses d'admixtures de cette même étude où les Égyptiens anciens semblent avoir une composition génétique surtout très proche de Levant_BA. Cependant pour modérer l’étonnement, il faut rappeler que Levant_BA, Levant_N, Anatolian_N et LBK sont des populations assez étroitement apparentées entre elles (toutes ont les mêmes origines principales, dans la façade occidentale du Proche-Orient du Néolithique).

Je formule des hypothèses (à prendre avec beaucoup de pincettes) pour tenter d'expliquer cela. Au Proche-Orient à la fin du Néolithique il aurait existé une autre population génétiquement quelque peu intermédiaire entre les Anatoliens néolithiques et les Levantins néolithiques (avec en plus cette signature du Chalcolithique dont on a parlé ailleurs), qui pourraient être comme des Levantins néolithiques avec une pincée de WHG supplémentaire, ou des Anatoliens néolithiques avec une part d'ascendance issue des Natoufiens plus élevée. Cette population, qui aurait pu habiter le nord du Levant, constituerait l'origine principale des Égyptiens anciens. Ou alors, quelque chose de ressemblant à WHG pourrait avoir été présent en Afrique du Nord avant les migrations du Néolithique en provenance du Levant, et avoir légèrement contribué au génome des Égyptiens anciens...

6. Le lundi 5 juin 2017, 19:56 par rainetto

Oups ! J'ai fait une erreur sur le classement des populations anciennes vis à vis des Égyptiens anciens (seconde liste dans mon précédent com). En fait ils ont fait ce classement là, contrairement à l'autre, en fonction des Égyptiens modernes (ce qui est très bizarre comme choix, mais bon).

Donc voilà le bon classement (les huit premiers) pour les populations anciennes dont on a le génome, des plus apparentées aux moins apparentées vis à vis des Égyptiens anciens:

- Levant N (les plus apparentés donc)
- Anatolia N
- Anatolia ChL
- Europe EN
- Iceman
- Levant BA
- Europe MNChL
- LBK

Là ça devient beaucoup plus logique : Levant_N est bel est bien premier, et juste devant Anatolia_N (qui est deuxième tout de même).
Donc mes interrogations et hypothèses à la fin de mon précédent com passent à la trappe. Tout rentre dans l'ordre et rejoint bien ce que j'avais spéculé à la suite de la dernière étude de Lazaridis ( http://secher.bernard.free.fr/blog/... )

En revanche, le classement de l’affinité des populations modernes avec les Égyptiens anciens reste bien sûr le bon, comme on le voit bien sur la carte élaborée avec ces résultats. Il s'explique simplement par l'absence de mélange africain dans les populations européennes modernes. Les Européens modernes, qui sont issues en grande partie des Anatoliens du Néolithique (surtout les Européens du sud-ouest), sont les populations actuelles les plus apparentées génétiquement aux populations anciennes de l'ouest du Proche-Orient, y compris l’Égypte ancienne, ce qui n'est plus vraiment le cas des populations modernes de ces régions, même si elles en conservent toujours le fond.

7. Le lundi 5 juin 2017, 21:08 par Méridien

En temps normale n'est ce pas plus la valeur est faible plus la proximité génétique est forte ( 0,2 plus proche que 0,3) ?
On sait que les égyptiens anciens sont levant néolithique et levant BA tout comme les moyens orientaux modernes, on peut aussi s'interroger sur l'echantillon égyptien moderne, n'est-il pas trop décalé vers les sub-saharien par rapport à la moyenne égyptienne.
Je sais que les références pour les maghrébins sont totalement biaisés sur Gedmatch, les échantillons ne sont absolument pas représentatif, le monde "arabe" connaît une récente importante migration sub-saharienne, le métissage n'est pas uniforme.
Beaucoup ont peu d'influence SSA, d'autres beaucoup plus.
L'immense majorité des libanais, syriens, palestiniens, arabes tribaux saoudiens ont très peu d'influence sub-saharienne, la statistique f3 les a t'elle pris en compte ?

J'imagine que le graphique de l'ACP prend en compte le fait d'être en 2D, les sardes se regroupent logiquement vers les anatoliens néolithique, les levantins avec levant_BA, tout semble normal.
Je saurais gré à celui qui me file un lien sur la statistique f3 !

8. Le lundi 5 juin 2017, 23:52 par liganol

@rainetto

-...celui qui a causé la plus forte différenciation entre les rives nord et sud, c'est vraie autant sur la différenciation génétique que sur le phénotype évidement (et ça explique bien d'autres choses dont je ne parlerai pas ici)....

Certains de vos commentaires sur ce site, éclairant un peu plus sur votre idéologie, je devine qu'elles sont ces choses dont vous ne voulez pas parler ici.

9. Le mardi 6 juin 2017, 13:37 par rainetto

@liganol

Les faits, juste les faits, et le bon sens, sans être bloqué par la bienpensance ambiante (qui elle est une idéologie, une vraie). Vous avez toujours eu quelques difficultés avec ça.

@Méridien
"L'immense majorité des libanais, syriens, palestiniens, arabes tribaux saoudiens ont très peu d'influence sub-saharienne"
Ils ont entre 4 et 15 % d'ADN subsaharien, c'est déjà beaucoup, du moins assez impactant pour les statistiques.
http://journals.plos.org/plosgeneti...
Cependant, ces échantillons égyptiens anciens tardifs en ont aussi entre 6 et 15 % selon les auteurs ici. Mais peut être que leur point 0% de référence n'est pas le même que les pour l'autre étude si dessus, car les méthodes pour le déterminer n'ont pas été exactement les mêmes.

En fait seulement quelques points de % d'ascendance subsaharienne de plus ou de moins suffit à tout changer dans le classement des affinités génétiques, étant donné que les Européens modernes, de part leur leur très fortes d'ascendance Anatolia_N, sont génétiquement très apparentés aux anciennes populations du Proche-Orient, sans l'ADN africain supplémentaire des populations actuelles du Proche-Orient.

Autre chose à prendre en compte: les populations modernes du Levant, y compris les Juifs d'Orient, ont une plus forte part d'affinité avec les Iraniens chalcolithiques et les CHG, comparé aux Levantins_N et aux Égyptiens anciens qui en avaient moins. Ce qui signifie que les flux en provenance de l'actuel Kurdistan ou de Mésopotamie ont continué dans le Levant après les migrations principales des Levantins de la fin du Néolithique vers l'Égypte. Or, parmi les Eurasien de l'Ouest, les Iraniens et les Turcs modernes, qui ont une très forte part d’ascendance de type Iranian_ChL ou proche, et qui ont très peu d'ascendance subsaharienne (même presque pas), sont fort éloignées des Égyptiens anciens. Certes cette distance génétique est incomparablement moins forte qu'avec les Subsahariens, car ce sont des Eurasiens de l'Ouest, donc moins influente sur les stats, mais elle est tout de même nettement plus forte que la distance entre Levant_N, Anatolian_N, EEF et les Européens du sud-ouest qui sont tous assez apparentés.
Chose intéressante, c'est la même raison qui explique que les Italiens du sud, les Grecs et les Siciliens modernes sont un peu moins apparentés aux Égyptiens anciens que ne le sont les Italiens du Nord, les Espagnols, les Basques. En effet les premiers ont reçu un très fort flux tardif de type CHG/Iranian_ChL qui les a un peu éloignés des Égyptiens anciens, alors que les second sont restés plus proches des EEF, et par conséquent plus proche de Levant_N et des Égyptiens anciens. (et ce petit détail je l'avais prédit depuis longtemps...).

10. Le mardi 6 juin 2017, 19:56 par Antonin

@rainetto : " Les Européens modernes sont les populations actuelles les plus apparentées génétiquement aux populations de l’Égypte ancienne, ce qui n'est plus vraiment le cas des populations modernes de ces régions, même si elles en conservent toujours le fond."

Ceci est bien évidemment, excusez-moi, une grosse, une énorme bêtise.

En effet, la proximité génétique des Egyptiens Anciens avec les populations modernes est facilement calculée par l'analyse autosomale des 3 génomes des Egyptiens uploadés sur Gedmatch.

Par exemple avec le calculateur le plus récent MDLP K16 :

1 ) JK2911 (35892 SNPs ) - Pre-Ptolemaic 769–560 BC

# Population Percent
1 Caucasian 39.68
2 NearEast 21.59
3 Neolithic 21.42
4 NorthAfrican 9.86
5 EastAfrican 5.89
6 Australian 1.39

Using 1 population approximation:
1 Samaritan @ 11.057861
2 Egyptian @ 11.517163
3 BedouinA @ 12.100566
4 Palestinian @ 12.254479
5 Jew @ 13.244813
6 Jew @ 13.314376
7 Egyptian @ 13.654241
8 Arab_Israel @ 13.724795
9 Arab_Israel @ 13.817936
10 Jordanian @ 14.036433
11 Lebanese_Christian @ 14.982975
12 Jew @ 15.184116
13 Jew @ 15.268122
14 Egyptian @ 15.538897
15 Jew @ 15.542897
16 Jew @ 15.811071
17 Lebanese_Muslim @ 16.161701
18 Jew @ 16.214634
19 Jew @ 16.618105
20 Syrian @ 16.684389

2) JK2888 (14557 SNP) - Ptolemaic 97–2 BC

# Population Percent
1 Caucasian 35.24
2 Neolithic 21.26
3 NearEast 20.02
4 NorthAfrican 12.34
5 EastAfrican 8.02
6 Steppe 2.40

Using 1 population approximation:
1 Egyptian @ 9.864129
2 Egyptian @ 12.399471
3 BedouinA @ 13.128893
4 Jew @ 13.275660
5 Egyptian @ 13.476773
6 Jew @ 13.619711
7 Samaritan @ 14.101415
8 Arab_Israel @ 14.498573
9 Jew @ 14.534452
10 Jew @ 14.817059
11 Palestinian @ 15.167742
12 Jew @ 15.614116
13 Jew @ 15.656707
14 Jordanian @ 15.938255
15 Jew @ 16.188066
16 Jew @ 16.194752
17 Arab_Israel @ 16.383938
18 Jew @ 16.579517
19 Libyan @ 16.884016
20 Jew @ 17.248041

Même si le nombre de SNPs est moindre il varie néamoins de quelques milliers à plusieurs de dizaines de milliers ce qui permet une bonne analyse.

Comme on le constate, les Européens sont très, très loin même pas dans les 50 premières populations... et les Egyptiens modernes (et pas seulement les Coptes) restent donc généralement les plus proches, ou parmi les plus proches, génétiquement des Egyptiens anciens, et cela quel que soit le calculateur.

11. Le mardi 6 juin 2017, 21:25 par Velitas

Les plus proches des anciens Egyptiens sur le graphique sur clairement certains bedouins , les coptes ( qui ne sont pas inclus dans l'étude) et certains jordaniens.

12. Le mercredi 7 juin 2017, 05:09 par liganol

@rainetto
La bien pensance ! tiens je l'attendais celle-là, maintenant à chaque fois que certaines personnes vous sortent une théorie plus ou moins crédible et que cette théorie est combattue elles vous disent que c'est à cause du politically correct qu'on n'accepte pas leur théorie. Elle est bonne, croyez moi, si vous me connaissiez vous sauriez à quel point je me fous de la bien pensance, tous ce que je vous ai dit ici je vous l'ai dit pourquoi je pensais ainsi et où je prenais mes idées, je ne les aient pas sortis d'un sac magique. Souvenez-vous, vous me parliez au commencement d'un Orient peuplé d'un seul peuple pur, soit les EEF, ce que de par mes études sur l'Orient et les textes antiques, je trouvais impossible; pour moi il ne faisait aucun doute que l'Orient n'était pas uniforme ni peuplé d'un seul peuple d'un bout à l'autre dans la préhistoire, et encore moins dans l'Antiquité, et les tests génétiques ultérieurs ont démontré que j'avais raison:En plus des EEF, on a découvert les anciens chasseurs-cueilleurs du Caucase, les Natoufiens et les chasseurs-cueilleurs iraniens, et cela ne m'étonnerait même pas qu'on découvre un autre ou d'autres groupes encore dans des études ultérieures. À la lumière de ces résultats vous m'avez sortit quelque chose du genre que ces peuples étaient quand même apparentés à une époque plus lointaine, je vous ai répondu que bien-sûr qu'ils étaient apparentés, et si vous reculiez plus loin encore ils seraient aussi apparentés aux Asiatiques, et plus loin encore aux Sub-sahariens, si on procède ainsi, toute l'humanité sera apparenté, il suffit de reculer assez loin dans le temps.

Concernant l'Égypte, vous prétendiez que les Égyptiens antiques étaient soi-disant un peuple pur,formé que de EEF, encore là je vous ai dit que cela n'avait pas de sens, de par mes études et lectures sur l'Égypte préhistoriques où l'examen des squelettes trouvés dans les tombes d'Égyptiens pré-dynastiques et l'analyse des cultures matérielles de l'Égypte pré-dynastique démontrait clairement qu'à cette époque plusieurs cultures cohabitaient en Égypte, et que certaines de ces cultures venaient du Moyen-Orient, et une de l'Afrique sub-saharien, et que c'est le métissage de tous ces peuples qui aurait créé le peuple égyptien.Hors justement, l'article sur ce site du test sur les anciens Égyptiens démontre que j'avais raison en partie et que ces derniers étaient bien issus d'un métissage entre des EEF, Natoufiens et Iraniens préhistoriques, il n'y a que sur l'apport sub-saharien que vous aviez raison, et qui d'après cet article semble avoir été négligeable avant l'invasion nubienne au 7ème siècle avant notre ère, et vous aviez aussi raison sur la couleur de peau des anciens Égyptiens qui semble avoir été très pâle d'après l'article en question, donc je m'incline devant les faits, mais je persiste à me demander si les résultats seraient différents si on faisaient des analyses sur des momies et squelettes d'autres régions de l'Égypte, surtout dans le sud.

Ensuite, il a suffit de la découverte de tests génétiques qui démontraient qu'il y a eu un apport de gènes eurasiens en Afrique sub-saharien dans l'Antiquité pour que vous fassiez toute l'Histoire de ce continent, allant jusqu'à blanchir les Bantous (ça c'était fort) et à en faire une émanation des EEF, hors le tableau démontrait que la plupart des peuples bantous n'avaient pas reçu de gènes eurasiens,et les tests ultérieurs ont démontrés que ceux qui en avait, ne l'avaient pas reçu d'un mélange direct avec des Eurasiens, mais plutôt de par leur métissage avec des peuples sub-sahariens d'Afrique de l'Est, comme je l'avais prédit, et qui eux avaient été métissés avec des Eurasiens directement.

Plus-tard vous avez aussi blanchit les Dravidiens; pourtant le Rig-Veda, qui fut mise par écrit il y a près de 3000 ans selon la plupart des spécialistes,et fut composé il y a 4000 ans et transmis oralement pendant des générations avant d'être mise par écrit selon plusieurs, parle de la guerre que les Aryens livrèrent à des peuples à la peau noire et au nez épaté qui avaient bâtis de puissants palais, mais vous ça ne vous arrêtera pas, je le sais.

Dans un commentaire récent, je vous ai parlé de l'esclavage blanche vers l'Orient, Méridien m'a dit que les auteurs anciens exagéraient, d'accord, en effet c'est du domaine du possible, mais la question c'est jusqu'à quel point ils exagéraient : Jusqu'à quel point les Grecs antiques exagéraient quand ils disaient que les Phéniciens venaient enlevés des gens sur les côtes de l'Europe pour les vendre comme esclaves en Orient. Jusqu'à quel point on exagérait en parlant des Vikings qui allaient vendre des esclaves irlandais en Orient, surtout quand on sait que les Vikings étaient un peuple esclavagiste et que justement quand un chroniqueur arabe du Moyen-âge les rencontra ils étaient justement en train de vendre des esclaves en Orient. Oui sûrement qu'ils exagéraient, mais jusqu'à quel point.

Ensuite vous voilà maintenant qui dites qu'à l'Antiquité le teint sombre anciens des Orientaux avaient disparu. Ah oui! et où aviez vous pris cela, vous y étiez, vous savez mieux que les gens de cette époque ce qu'ils voyaient ? Quand Hérodote parle d'un peuple dont le teint était aussi foncé que celui des Éthiopiens d'Afrique, c'est-à-dire des noirs africains, au point qu'il supposait que ce peuple descendait de ces derniers, il exagérait peut-être, mais ce que démontre ses observations et ceux de Xénophon, entre autres, c'est que l'Orient n'était pas peuplé que de blancs même dans l'Antiquité, et que le teint sombre préhistorique subsistait encore en Orient à certains endroits, c'est tout.

Vous dites que j'ai une idéologie, mais remarquez, je sais m'inclinez devant les faits : Par exemple, autre-fois je pensais que les EEF avait un teint basané, hors vous m'avez démontré sur ce site que d'après les tests génétiques ils étaient blancs, et j'ai accepté les faits, je n'ai pas commencé à accusé les généticiens de quoi que ce soit ou prétendre que ces derniers suivraient une certaine idéologie, non j'ai accepté les faits c'est tout, hors vous, vous y tenez à votre Orient prétendument intégralement blanche, peu importe ce qu'on vous dit ou les preuves qu'on vous montre : par exemple maintenant que vous savez qu'à la préhistoire certains peuples de l'Orient avaient la peau sombre vous prétendez maintenant que cette peau sombre avait disparue pendant l'Antiquité, même si des observateurs antiques témoignaient du contraire, mais cela ne vous arrête pas, vous semblez même mieux savoir que les anciens observateurs ce qu'ils voyaient, comme je l'ai dit ,vous y tenez vraiment à votre Orient blanche peu importe ce qu'on vous dirait, et je ne parle même pas de cet autre commentaire où vous sembliez vouloir dire que des blancs auraient peut-être dérivés par l'Atlantique en Amérique dans l'Antiquité et sous-entendre qu'ils auraient pu être à l'origine des civilisations précolombiennes, et c'est moi qui aurait une idéologie...

13. Le mercredi 7 juin 2017, 11:36 par rainetto

@Velitas

Selon les statistiques f3 faites par les auteurs de la présente étude, qui est le test le plus précis qu'ils ont fait pour comparer au cas par cas les proximités génétiques globales entre les populations, les populations les plus proches des Égyptiens anciens sont donc:

Sardinian, Basque, Bergamo, Spanish_North
https://www.nature.com/articles/nco...

Et c'est très logique: ces populations sont celles qui ont aujourd'hui les plus fortes ressemblance avec EEF, et peu d'ascendance de type iranienne, et pas de mélange africain, et EEF est issu de Anatolian_N qui est très apparenté à Levantin_N. C'est donc parfaitement cohérent avec l’origine principalement Levant_N des Égyptiens anciens avec une part Irananian_N faible, et surtout, avec moins d'ascendance subsaharienne que les modernes.

@Antonin

Votre test MDLP K16 ne mesure absolument pas la même chose !
Il ne mesure pas la proximité génétique globale réelle, c'est juste un test d'admixture, un peu du même type que le test d'admixture que les auteurs ont fait dans cette présente étude qui est bien meilleur, mais qui donne des résultats similaires aux vôtres, avec des composantes mieux choisies, et présentés de façon moins trompeuse. On ne peut pas faire de liste de "proximité génétique" globale à partir de tels résultats, car il ne s'agit pas de cela. Pour la proximité génétique globale, seuls les stats du style f3, f4 et D conviennent, car elles comparent les distances génétiques globales des populations.

Par exemple, comme n'importe quel test d'admixture, votre test ne prend pas du tout en compte le fait que la part de Levant_N des Proche-Orientaux est génétiquement très apparentée celle Anatolian_N des Européens du Sud et que les deux sont extrêmement distant des Subsahariens. Les tests d'admixture ne font pas la différence si on en fait ensuite un classement à partir des pourcentages des divers composantes mises au même rang. Le seul moyen de présenter honnêtement un test d'admixture c'est un diagramme, comme l'on fait les auteurs de l'étude, ou des pourcentages de composantes, certainement pas une liste ou un classement quelconque de "proximité génétique" qui ne peut être que du grand n'importe quoi.

Simplement, l’ascendance subsaharienne n'est pas prise en compte a sa juste valeur et fausse les résultats de vos classements. Du moins on ne peut pas présenter ça comme un classement de proximité génétique globale. En revanche ce genre de test montre que le fond est toujours en grande partie le même, et c'est ce que j'ai dit plus haut.

Comme je l'ai bien spécifié, les populations modernes du Proche-Orient et d’Égypte conservent toujours actuellement le fond des populations anciennes, mais avec plus d'ascendance subsaharienne (c'est d'ailleurs le titre de l'étude ici), donc forcement, dans tout type d'analyse admixture on verra que le fond de ces populations est proche de Levant_N et Levant_BA, comme c'est encore le cas des Proche-Orientaux modernes. Mais avec des stats f3, f4 et D, qui mesurent vraiment les proximités génétiques globales entre populations, en prenant en compte les distances génétiques des composantes (car ces stats ne séparent pas des composantes), les Égyptiens anciens seront plus proches des Européens du sud.

Aucuns de vos résultats ne contredits ce que je dit, il suffit juste de savoir interpréter correctement les différents types de tests à partir de quoi ils sont conçus, ce qu'ils signifient les uns par rapport aux autres.

14. Le mercredi 7 juin 2017, 12:59 par rainetto

@liganol
"Souvenez-vous, vous me parliez au commencement d'un Orient peuplé d'un seul peuple pur, soit les EEF"
------------------------
J’arrête de lire votre tirade à partir de là car vous déformez le fond de mes propos, ou vous m'avez très mal lu.

J'ai clairement spécifié à l'époque, et à plusieurs reprises, que les EEF d'Europe (seul ADN ancien dont ont disposait pour en discuter à l'époque, je rappel, on avait pas d'autre référence) était une approximation que j’utilisais pour parler des anciennes populations du Proche-Orient. Je vous ai clairement dit que les populations du sud de Croissant fertile (Levant) qui sont à l'origine des Égyptiens anciens, seraient très apparentées aux EEF mais forcément un peu différenciées, pour deux raisons dont j'avais parfaitement conscience et que je vous avais bien détaillées:
- les langues chamito-sémitiques répandues en Afrique ne sont pas de la même famille que le basque et le paléo-sarde qui sont le vestiges supposés des langues des EEF en Europe.
- les haplogroupes Y répandus en Afrique par les migrations chamito-sémitiques ne sont pas du tout les mêmes que ceux répandues en Europe par les EEF.

Il y avait donc forcément au moins deux groupes distincts, depuis longtemps, mais apparentés, dans le Croissant fertile, à l'origine de ces deux branches.

Depuis Lazaridis 2016 on connait Levant_N, et il s'agit de cette branche méridionale apparentée aux EEF dont je parlais. Et cette parenté ressort totalement dans cette étude ici sur les Égyptiens anciens, et ça a de grandes conséquences sur les stats f3 comme on peut le voir.

Enfin, j'avais parfaitement prévu la présence de la nébuleuse CHG/Iranien_N en parlant de quelque chose qui ressemblait génétiquement à une composante qu'on trouve dans les Arméniens, Turcs et Iraniens modernes, et qui a aussi contribué aux Indo-Européens de Yamnaya en mélange avec EHG (parce que je m'informais depuis longtemps sur les forums de génétique, et que ces populations y étaient suspectées par tous, le faisceau d'indices ne laissait aucun doute sur leur existence). Et je vous avez même dit que les Dravidiens d'Inde en avait reçu un flux important lors de la néolithisation de l'Inde bien avant les invasions indo-européennes originaires de la steppe. Et que cela devrait expliquer les points communs dont vous me parliez entre Dravidiens et Elamites entre autres. Les découvertes de CHG puis surtout Iranian_N sont venu confirmer mes dires à ce sujet.

15. Le mercredi 7 juin 2017, 15:58 par Méridien

@Liganol, je lis très souvent ici ou là, cette thèse des européens mis en esclavage massivement par les orientaux et leur influence génétique qu'Ils leur auraient léguée.
Mes commentaires voulaient simplement nuancer ces affirmations. L'haplogroupe R1b M269, I, l'influence WHG ou EHG en orient est très faible,
Les récits des chroniqueurs sont à prendre avec des pincettes, ils sont souvent acteurs des événements et propagandistes.
Les auteurs grecs par exemple, denombrent 2 millions de perses lors des guerres mediques, les historiens sérieux savent qu'ils ne dépassaient pas les 100000 soldats ce qui est déjà beaucoup pour cette époque, et représente un énorme défi logistique.
Il suffit de quelques raids et rapts répétés de centaines de personnes pour que la mémoire collective se souvienne d'énormes vagues d'envahisseurs.
Les chroniqueurs musulmans n'étaient pas en reste en matière d'exagérations et de propagandes.
Pour le reste, je pense qu'il pourrait exister un lien très fort entre le levant néolithique et les EEF, les natoufiens ont de hauts scores d'anatolie néolithique se qui pourrait suggérer que les EEF en sont issues.
L'haplogroupe e1b1b qui ceinture la méditerranée pourrait témoigner de cette proximité, ce qui confirmerait l'origine de l'agriculture au levant dans la zone eurasienne de l'Ouest et l'influence levantine chez les EEF.
Autre indice qui va dans ce sens, les maghrébins ont de haut niveau de EEF (15 a 30%) de natoufien mais presque pas de WHG.
@Antonin, pourrais tu me donner le numéro de kit de ces échantillons, stp ?

16. Le mercredi 7 juin 2017, 17:31 par Le Kabyle

Les maghrebins (berbères) ont bien du WHG. 15% même et c'est plus haut que les calabres d'Italie du sud (12%) et on le doit à nos ancêtres mechta-afalou.

17. Le mercredi 7 juin 2017, 17:59 par Le Kabyle

Pour la présence de ENF chez les berbères , on peut l'attribuer à la fois à la culture a céramique cardiale au néolithique ancien sur les côtés en provenance peut être d'Anatolie , et au complexe du pastoralisme nilo-saharien du grand Sahara vert un peu plus tardif (Chalcholitique) et au capsien neolithise du centre de la Tunisie qui est de même periode , sauf dans le cas où les deux derniers sont la face d'une même pièce décalé dans le temps . La préhistoire du Maghreb semble assez compliqué , plus complexe que celle de l'Egypte.

18. Le mercredi 7 juin 2017, 18:06 par Le-Kabyle

Pour l'Egypte on peut facilement découpe :
Mesolithique : culture de Qadan
Néolithique : culture de Badari
Chalcholitique : cultures des phases finales du Naqada
Chalcholitique finale et Âge du bronze : Egypte dynastique.

19. Le mercredi 7 juin 2017, 18:27 par Méridien

Je me suis permis de fouiner un peu sur Gedmatch et la plupart des maghrébins n'ont pratiquement pas de WHG, beaucoup ont 0%, d'autre 1%, 2%, 4%.
Les quelques kabyles que j'ai vu n'en ont pas beaucoup non plus 3,4,5%.
Les résultats que j'ai vu sont représentatif des maghrébins du Nord.
Les algériens de l'est et tunisiens sont dans la fourchette haute (3-5%) ceux de l'Ouest basse (1-3%) .

20. Le mercredi 7 juin 2017, 19:12 par Antonin

@Méridien

Les Gedmatch Ids sont :

JK2911 : Z161337
JK2888 : Z555418
JK2134: Z396876

JK2911 possède le plus grand nombre de SNPs et JK2134 le plus faible.

Il faut ajouter que, contrairement à ce qu'affirme Rainetto, les distances génétiques exprimées par l'outil 4-Ancestors Oracle tiennent compte des pourcentages respecttifs dans chaque composant ET des FST entre les différents composants ("The GEDmatch version uses FST weighting in its calculation"). Ainsi un pourcentage même faible de Sub-Saharien augmente considérablement la distance.

L'outil 4-Ancestors Oracle est donc à ce jour de loin le meilleur outil pour calculer les distances génétiques entre les différentes populations.

Ajoutons que l'APC de l'étude, même si elle est limitée à 2 dimensions, montre en gros la même chose que Gedmatch. Les Bedouins et autres populations Arabes du Levant sont les plus proches des Egyptiens anciens et les Européens du sud sont bcp plus éloignées.

Les Egyptiens modernes (mélange de beaucoup d'Egyptiens anciens avec un peu d'Africains de l'est) apparaissent un peu plus éloignés dans l'APC des Egyptiens anciens ques les Arabes du Levant (mais toujours bcp plus proches ques les Europénns du Sud) que dans GedMatch à cause du choix des exemples.

21. Le mercredi 7 juin 2017, 19:47 par Antonin

Ajoutons un exemple flagrant qui contredit quasiment tout ce qui a été afirmé par Rainetto.

Voici les résultat Gedmatch MDLP K11 de 2 Egyptiens anciens, de 2 Egyptiens modernes, d'un Italien du Sud et d'un Portuguais.

1) Egyptiens Anciens

JK2888/Z555418:

Population
African 8.38
Amerindian -
ASI -
Basal 44.02
Iran-Mesolithic 0.36
Neolithic 30.95
Oceanic -
EHG 16.30
SEA -
Siberian -
WHG -
-------------------------------------
JK2911/ Z161337:

Population
African 4.35
Amerindian -
ASI -
Basal 48.10
Iran-Mesolithic -
Neolithic 29.55
Oceanic 1.28
EHG 16.40
SEA 0.31
Siberian -
WHG -

2) Egyptiens modernes

Population
African 8.31
Amerindian -
ASI -
Basal 48.23
Iran-Mesolithic 1.23
Neolithic 24.85
Oceanic -
EHG 17.26
SEA 0.11
Siberian -
WHG -
-------------------------------------
Population
African 8.67
Amerindian 0.18
ASI -
Basal 46.51
Iran-Mesolithic 1.90
Neolithic 26.17
Oceanic -
EHG 16.57
SEA -
Siberian -
WHG

3) Italien su Sud

Population
African 1.52
Amerindian -
ASI -
Basal 22.87
Iran-Mesolithic 3.65
Neolithic 38.25
Oceanic 0.65
EHG 22.96
SEA -
Siberian -
WHG 10.09

4) Portuguais

Population
African 2.07
Amerindian 0.24
ASI -
Basal 12.42
Iran-Mesolithic 1.17
Neolithic 41.17
Oceanic -
EHG 18.84
SEA -
Siberian -
WHG 24.09

-------------------------------------
Comme on le constate les résultats de l'Egyptien ancien (JK2888) et des Egyptiens moderne sont quasiment identiques (JK2911 possède un peu moins d'Africain) alors que l'Italien du Sud et le Portuguais se distinguent par leur faible niveau d'Africain mais surtout par leur niveau de WHG absent des Egyptiens modernes et anciens.

22. Le jeudi 8 juin 2017, 03:05 par liganol

@Méridien
Je suis complètement en accord avec vous Méridien, d'ailleurs pour moi la question n'est même plus de savoir s'ils exagéraient, ce qui me semble être le cas pour moi, mais plutôt jusqu'à quel point ils exagéraient.

Pour les passages de textes grecs (3 ou 4 si ma mémoire est bonne) parlant des enlèvements d'habitants des côtes de l'Europe par les Phéniciens pour aller les vendre en Orient que notre professeur nous avait lu en classe, et qu'on avaient aussi étudiés, ce qui m'avait frappé, n'est pas tellement que les Phéniciens enlevaient des gens pour les vendre en esclavage mais plutôt la peur qui transparaissait dans ces textes de se promener seul sur les côtes ou à certains endroits, ou de laisser un membre de sa famille se promener seul à tel endroit au risque d'être enlevé ; la même peur que ressentira des siècles plus-tard plusieurs habitants en Afrique sub-saharienne de ne pas trop s'approcher des côtes à l'époque de la traite des noirs. D'ailleurs dans certains textes, les Grecs traitaient les Phéniciens de marchands de chairs humaines, ce qui est pas mal hypocrite puisque certains textes grecs laissent entendre qu'à certaines époques eux-mêmes avaient effectués des raids sur les côtes d'Anatolie pour aller se procurer des esclaves. D'ailleurs la traduction d'une tablette de l'époque mycénienne écrite en linéaire b, parle d'esclaves que les Grecs se seraient procuré grâce à des raids sur des villages des côtes d'Anatolie ; comme dit l'adage, voir la paille dans les yeux du voisin, mais ne pas voir la poutre qui est dans la nôtre.

23. Le jeudi 8 juin 2017, 09:51 par rainetto

@Antonin

Je remet ici une dernière fois les résultats f3 des auteurs de l'étude, résultats infiniment plus sérieux et qui sont passés par un comité de lecture (celui de la revue de publications scientifiques Nature, qui est considérée comme l'une des plus sérieuses au monde), beaucoup plus officiels que vos petits tests à partir d'un logiciel utilisé en bidouillage, et que vous ne cherchez même pas à interpréter et à comparer aux autres résultats pour comprendre les différences:

Et ils ont même fait une carte avec ces résultats, bien mise en avant dans la publication :
https://www.nature.com/articles/nco...

En tête des affinités génétiques avec les Égyptiens anciens, on trouve :

- Sardinian
- Basque
- Bergamo
- Tuscan
- Spanich_North

Ces résultats sont parfaitement rationnels et explicables, et sans aucune contradiction avec l'analyse admixture (séparant des composantes) de la même étude, je l'ai expliqué plus haut.

Et encore une fois, vos tests ne sont que des tests d'admixtures qui séparent des composantes très mal choisies, l’ascendance africaine subsaharienne ayant été séparée des autres comme toutes les composantes, elle n'est presque pas prise en compte malgré sa très forte distance génétique vis à vis des autres composantes (qui sont toutes eurasiennes de l'ouest).

Vos tests ne reflètent absolument pas des distances génétiques, contrairement aux stats f3.

Comment expliquez vous que dans vos tests les Égyptiens modernes se retrouve quasiment à la même place que les Égyptiens anciens alors qu'ils ont notablement plus d’ascendance africaine ? Si cela reflétait les distances génétiques ce serait foncièrement impossible...

24. Le jeudi 8 juin 2017, 09:53 par rainetto

Décidément, comme c'était prévisible, les résultats de cette étude sont difficiles à accepter ou à comprendre pour beaucoup de monde...

25. Le jeudi 8 juin 2017, 10:46 par rainetto

@Antonin

Les composantes choisies dans vos tests sont vraiment du grand n'importe quoi !

parlons même pas des 16 à 22 % de EHG pour boucher le trou de Levant_N qui n'y est pas et remplacé par un "basal" dont il n'existe aucun échantillon réel...

De plus, vos tests trouvent 8.38 et 4.35 % d'ascendance africaine dans les Égyptiens anciens et seulement 8.31 et 8.37 % dans les Égyptiens modernes !!
Alors que l'étude, utilisant évidement des méthodes bien plus appropriées et sérieuses, en trouve ici 4 à 15 % dans les anciens et 14 à 21 % dans les modernes, en affirmant clairement qu'il y en a toujours notablement plus dans les modernes que dans les anciens ...

Vos résultats sont donc juste du grand n'importe quoi. Les tests disponibles sur le net que vous utilisez sont complétement mal foutus et mal utilisés. Rien à voir avec les très simples stats f3 qui mesurent les distances génétiques le plus simplement du monde.

26. Le jeudi 8 juin 2017, 17:45 par Le Kabyle

@Meridien :
Tes résultats gedmatch sont mauvais.

Parcqu'elles incluent des components (Neolithic Anatolian , Atlantic/West Med pour les Dodecad) qui absorbent les % WHG chez les Berbères et aussi la plus part des gens .

Barcin (sample utiliser pour Anatolian Neolithic /EEF) à 15-20% de WHG et absorbent donc les 15% de WHG chez les berberes.

Le meilleur calculateur pour ça c'est Eurogenes de Davidski qui inclut un component ENF mieux centre. D'ailleurs c'est Davidski lui même qui la centre pour calculer les taux d'extra WHG en dehors d'EEF.

Nos ancêtres mechta-afalou ne se sont pas envolés dans le vent.

27. Le jeudi 8 juin 2017, 17:50 par Le Kabyle

@Meridien : Non moi je suis kabyke de grande Kabylie et je score 15% à 16% WHG chez Eurogenes le meilleur calculateur . Mon ami qui est rifain berbère du Maroc entre 17 et 18%. Je ne suis pas surpris que vers le Maroc , le taux de WHG est plus élevé .

28. Le vendredi 9 juin 2017, 05:10 par Méridien

Oups j'ai oublié de préciser que je parlais de la calculatrice MDLP K23.
Après je suis loin de connaître les références respectives des différentes calculatrices.
Sur k23 en tout cas WHG chez les maghrébins est très marginal, il règne une confusion monstre avec les différentes calculatrices. Sur k16 modern "south central asia" est soudainement devenu "EHG".
Difficile de s'y retrouver dans tout ce bazar.
@Antonin merci !

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