Les détails du peuplement des Amériques et notamment l'histoire du peuplement de la Béringie restent inconnus. Les hommes sont présents au sud des glaciers Nord Américains il y a environ 14.600 ans. Durant le dernier maximum glaciaire, le climat de la Béringie est très rigoureux avec la présence de barrières glaciaires. Cela a conduit à l'isolation et au blocage de la population.

Víctor Moreno-Mayar et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Terminal Pleistocene Alaskan genome reveals first founding population of Native Americans. Ils ont séquencé le génome des deux enfants (USR1 et USR2) dont les restes ont été découverts sur le site archéologique de Upward Sun River en Alaska, dans l'est de la Béringie. Ces squelettes sont datés d'environ 11.500 ans:
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Sur la carte ci-dessus, les différents points correspondent à des sites archéologiques. Les points rouges sont les sites antérieurs à 11.000 ans, les point jaunes aux sites de tradition paléo-arctique et les points noirs aux sites comprenant des cœurs de micro-lames en forme de coin.

Ces deux enfants sont des filles. Une étude précédente avait publié les haplogroupes mitochondriaux de ces deux individus: C1b et B2. Seul le génome de l'individu USR1 a été séquencé avec une qualité suffisante. Cependant les résultats montrent que ces deux individus sont proches génétiquement. Le génome de USR1 a été ensuite comparé à celui de plusieurs anciens individus Amérindiens et 167 populations contemporaines. Ainsi la statistique f3 montre que USR1 est plus proche des Amérindiens actuels que de toute autre population mondiale, suivis par les populations Sibériennes et Est Asiatiques:
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L'analyse avec le logiciel ADMIXTURE montre que USR1 ne se regroupe avec aucune population Amérindienne:
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Ces résultats indiquent que USR1 appartient à une population Amérindienne jusqu'ici inconnue. Les auteurs supposent que USR1 fait partie de l'ancienne population Béringienne. Pour confirmer cette hypothèse les auteurs ont utilisé la statistique D. Les résultats montrent que USR1 forme une branche avec tous les Amérindiens (branche séparée des populations Sibériennes et Est Asiatiques) sauf avec quelques populations Eskimo-Aléoutes, Athapascans et quelques populations Nord Américaines pour lesquelles un flux de gènes Asiatique a été préalablement identifié. De plus USR1 et toutes les populations Amérindiennes sont génétiquement équidistantes de l'ancienne population représentée par le garçon de Mal'ta daté d’environ 24.000 ans. Tous ces résultats suggèrent que USR1 et les Amérindiens actuels dérivent de la même population ancestrale qui a hérité d'une ascendance Est-Asiatique et Ancient North Eurasian (ANE). Les auteurs en déduisent que cette population ancestrale est à la base de la population qui s'est diffusée en Amérique. Ces résultats sont confirmés par les analyses avec le logiciel TreeMix.

La récente détection d'un signal génétique Australasien chez quelques groupes Amérindiens, a conduit les auteurs a recherché ce même signal chez USR1. Les résultats montrent que USR1 ne possède pas ce signal: il n'est pas plus proche des papous que d'autres populations Amérindiennes.

Les auteurs ont ensuite utilisé un modèle démographique pour exprimer les relations entre les différentes populations et avec USR1:
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Ainsi les populations Asiatiques les plus proches de la population à l'origine du flux de gènes chez les Athapascans et les Eskimos Inuits sont respectivement les Koryaks et la population reliée à l'ancien individu Saqqaq. Cependant Athapascans et Eskimos Inuits dérivent également de la branche à l'origine de tous les Amérindiens du Nord.

Pour estimer les dates de divergence des différentes branches les auteurs ont utilisé les logiciels: diCal2 et momi2. Ainsi l'ancienne population Béringienne dont est issue USR1 a commencé à se séparer des populations Sibériennes entre 36.000 et 24.500 ans. USR1 s'est ensuite séparé des populations Amérindiennes il y a environ 20.900 ans. Les populations Nord et Sud Amérindiennes se sont ensuite séparées il y a environ 15.700 ans:
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La date de séparation ancienne entre USR1 et les autres populations Amérindiennes est en accord avec l'hypothèse d'un blocage sur une longue durée des populations en Béringie.

Les auteurs ont ensuite envisagé plusieurs scénarios expliquant l'histoire de la population fondatrice des Amérindiens:
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Les scénarios 1 et 2 sont les plus probables au regard des données génétiques. Ces deux scénarios diffèrent sur le lieu de séparation de la population ancestrale aux populations Nord et Sud Amérindiennes avec l'ancienne population Béringienne: en Sibérie de l'Est pour le scénario 1 et en Alaska pour le scénario 2. Le scénario 1 s'accorde mieux avec les données archéologiques et paléo-écologiques, alors que le scénario 2 s'accorde mieux avec les données génétiques. Dans ces deux scénarios les populations Nord et Sud Amérindiennes se séparent au sud-est de la Béringie il y a environ 15.000 ans.