Le peuplement initial des Amériques est apparu quelques milliers d'années avant la diffusion de la culture Clovis datée d'environ 13.000 ans. Ces premiers sites archéologiques sont dispersés le long de la côte du Pacifique. Les premières études génétiques ont montré que quatre composantes différentes sont arrivées en trois vagues migratoires: le peuplement initial, les Paléo-eskimos il y a environ 4500 ans et les Néo-eskimos il y a 2000 ans. Le peuplement initial se sépare en deux branches: une branche nord ancestrale aux Algonquiens, Na-dené, Salish et Tsimshians du Canada, et la branche sud ancestrale aux individus de la culture Clovis et aux populations actuelles du Mexique, d'Amérique Centrale et du Sud.

C. Scheib et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Ancient human parallel lineages within North America contributed to a coastal expansion. Ils ont séquencé le génome de 91 anciens individus d'Amérique du Nord principalement de deux régions: les îles du détroit de Californie et l'Ontario du Sud-Ouest:
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Ces individus sont datés entre 4800 et 200 ans. Les auteurs ont réalisé une Analyse en Composantes Principales:
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Les anciens Californiens (triangles oranges) se regroupent avec les populations de la branche sud et avec l'ancien individu: Anzick 1, alors que les anciens individus de l'Ontario (triangles bleus) se regroupent avec les populations actuelles Algonquiennnes et l'homme de Kennewick (branche nord). Les anciens et modernes Athabaskans se regroupent entre les anciens individus de l'Ontario et les populations actuelles du nord-est de la Sibérie.

Les auteurs ont également réalisé une analyse avec le logiciel ADMIXTURE. Dans la figure ci-dessous, les anciens individus sont soulignés contrairement aux populations actuelles:
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La figure ci-dessus montre que les populations Nord Américaines actuelles et que les anciens individus de la côte nord-ouest du Pacifique (PNWC) ont plus d'ascendance Arctique (en violet) que les anciens individus de l'Ontario.

Parmi les anciens Californiens les populations les plus anciennes (ESN) ont moins de diversité génétiques que les populations plus récentes (LSN), suggérant ainsi une population moins nombreuse, qui augmente avec le temps. Les plus anciens Californiens montrent plus d'affinité génétique avec les populations actuelles d'Amérique du Sud ce qui suggère qu'ils sont reliés avec une population qui a migré en Amérique du Sud. A l'inverse les anciens Californiens les plus récents montrent plus d'affinité génétique avec les populations actuelles voisines géographiquement.

Une modélisation avec le logiciel qpGraph montre que les anciens individus de l'Ontario et les Pima actuels du Mexique se situent en dehors d'une clade formée par l'ancien individu Anzick 1, les Sud Américains (Surui) et les plus anciens individus de Californie, ce qui suggère l'existence de deux anciennes ascendances basales: ANC-A et ANC-B:
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Les anciennes populations de Californie: ESN et NCI/SB ainsi que les Surui montrent environ la même proportion d'ascendances ANC-A et ANC-B, alors que les Pima ont plus d'ascendance ANC-B. La proportion d'ascendance ANC-B parmi les populations actuelles d'Amérique Centrale et du Sud varie entre 42 et 71%. En Amérique du Sud, la plus faible proportion se retrouve parmi les populations d'Amazonie parlant une langue tucanoane et la plus forte proportion parmi les populations des Andes (Chilote et Huilliche):
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Cette séparation entre ANC-A et ANC-B suggère une ancienne sub-structure génétique et une séparation de plusieurs milliers d'années entre ces deux populations avant des épisodes de mélange génétique entre ces deux populations ancestrales. Il est probable que la divergence entre ANC-A et ANC-B a eu lieu en Amérique, au sud de la Béringie car ANC-A et ANC-B ont la même proportion d'ascendance non Amérindienne. Quatre modèles démographiques peuvent expliquer les données:

  • un mélange génétique en Amérique du Nord avant la dispersion en Amérique du Sud
  • une dispersion de ANC-B en Amérique du Sud, puis une dispersion de ANC-A en Amérique du Sud suivie de différents épisodes de mélanges génétiques
  • une dispersion de ANC-A en Amérique du Sud, puis une dispersion de ANC-B en Amérique du Sud suivie de différents épisodes de mélanges génétiques
  • différents épisodes de mélanges génétiques en Amérique du Nord, suivis de multiples dispersions en Amérique du Sud

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