Les Néandertaliens et les Dénisoviens ont habité l'Eurasie avant d'être remplacés par les hommes modernes il y a 40.000 ans. Les restes Néandertaliens ont été retrouvés dans l'ouest de l'Eurasie alors que les restes des Dénisoviens ont été retrouvés uniquement dans la grotte de Denisova dans l'Altaï où également des restes de Néandertaliens ont été retrouvés. On connaît très peu de choses du physique des Dénisoviens si ce n'est leurs dents de taille importante qui n'ont pas les traits dérivés des Néandertaliens.

L'ADN issus des deux groupes montrent qu'ils ont divergé il y a plus de 390.000 ans. La présence d'ADN de Néandertal dans le génome du premier Dénisovien (Denisova 3) analysé montre que ces deux groupes se sont mélangés génétiquement. De même les Néandertaliens se sont mélangés avec les hommes modernes non Africains et les Dénisoviens avec les hommes modernes Asiatiques et Océaniens.

Viviane Slon et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: The genome of the offspring of a Neanderthal mother and a Denisovan father. Ils ont analysé le génome d'un fragment d'os long humain (Denisova 11) de la grotte de Denisova. Son ADN mitochondrial appartient à la lignée Néandertalienne et son analyse radiocarbone indique que cet os est plus ancien que 50.000 ans. L'épaisseur corticale de l'os indique que l'individu était âgé de plus de 13 ans à sa mort. L'analyse du chromosome X indique qu'il s'agit d'une femme. Le génome a ensuite été comparé aux génomes préalablement obtenus des Néandertaliens et des Dénisoviens. Ainsi sur certains sites spécifiques, 38,6% du nouveau génome est Néandertalien et 42,3% est Dénisovien.

Les auteurs ont ensuite analysé l'hétérozygotie du nouveau génome. Elle est quatre fois supérieure à celle des Néandertaliens et des Dénisoviens et comparable à celle des hommes modernes Africains. Elle est en fait comparable à l'hétérozygotie que l'on peut attendre d'un génome d'un individu issu d'un parent Néandertalien et de l'autre Dénisovien:
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Ces résultats montrent que cet individu est issu d'un père Dénisovien et d'une mère Néandertalienne puisque son ADN mitochondrial est Néandertalien.

De plus les auteurs ont montré que le père Dénisovien avait également de l'ADN issu de Néandertal, mais à un niveau beaucoup plus faible. Cependant le nombre et la taille des régions Néandertaliennes dans le génome du père montre que son ascendance Néandertalienne pouvait remonter jusqu'à 300 à 600 générations.

La mère Néandertalienne partage 12,4% d'ADN avec le génome du Néandertal de l'Altaï et 19,6% d'ADN avec le génome du Néandertal de Vindja en Croatie. Les auteurs ont estimé que la population Néandertalienne ancestrale de la mère de l'individu étudié (Denisova 11), a divergé avec les ancêtres du Néandertal de l'Altaï 20.000 avant l'époque où vivait ce Néandertal de l'Altaï (120.000 ans) et avec les ancêtres du Néandertal de Croatie environ 40.000 ans avant l'époque où vivait ce Néandertal de Croatie (55.000 ans). De plus la divergence entre la population Dénisovienne ancestrale au père de l'individu étudié et celle ancestrale à l'individu Dénisovien dont le génome a été publié précédemment (Denisova 3) date d'environ 7000 ans avant l'époque où vivait le Dénisovien de l'Altaï:
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Le fait qu'un Néandertal de Sibérie qui vivait il y a 90.000 ans partage plus d'allèles avec un Néandertal qui vivait plus de 20.000 ans plus tard en Europe qu'avec un Néandertal de la même grotte suggère que les Néandertaliens de l'Est ont migré en Europe Occidentale entre 90.000 et 70.000 ans ou que les Néandertaliens de l'Ouest ont migré en Sibérie avant 90.000 ans.

Ces résultats suggèrent que le mélange génétique entre hommes archaïques devait être relativement fréquent, de même qu'entre hommes archaïques et hommes modernes. Cependant comme les Néandertaliens et les Dénisoviens habitaient dans des régions distinctes avec des zones communes relativement étroites, les deux espèces sont restées distinctes. A l'inverse, les hommes modernes se sont répandus sur toute la surface du globe et comme ils étaient beaucoup plus nombreux, ils ont probablement fini par absorber les espèces archaïques.