La diffusion du Néolithique en Eurasie a été suivie d'une expansion démographique et par des innovations technologiques comme la céramique, la traction animale ou la métallurgie qui ont favorisé l'apparition de réseaux d'échanges à travers le continent. La densité de la population a augmenté et les habitats ont grossi et ont donné naissance à des méga-habitats en Moldavie, Roumanie et Ukraine entre 4100 et 3400 av. JC. dans la culture Trypilla. Ces premières cités hébergeaient entre 10.000 et 20.000 habitants. Elles montrent également des quartiers spécialisés avec une forte densité humaine et animale propice à la propagation de certaines maladies. Ces grandes cités avaient une durée de vie relativement courte. Elles étaient souvent abandonnées et brûlées au bout de 150 ans environ et reconstruites un peu plus loin. Cependant, à partir de 3400 av. JC. ces cités n'ont plus été reconstruites pour une raison mal comprise des archéologues. En fait, partout à travers l'Europe cette période correspond à un déclin de la civilisation Néolithique. Plusieurs raisons ont été avancées pour expliquer la disparition de ces méga-habitats comme l'appauvrissement de l'environnement ou la confrontation avec les pasteurs des steppes. Cependant l'apparition d'épidémies est une troisième explication. Cela pourrait expliquer également le fait que ces méga-habitats étaient abandonnés et brûlés régulièrement avant d'être reconstruits un peu plus loin.

Le Néolithique en Scandinavie se développe à travers la culture des vases à entonnoir caractérisée par des petits habitats dispersés basés probablement sur la famille. Certains de ces individus sont enterrés dans des tombes mégalithiques comme celle de Frälsegården située sur la commune de Gökhem dans l'ouest de la Suède.. Cette dernière est datée entre 3100 et 2900 av. JC et abrite 78 individus. Il s'agit en fait d'une courte période pour autant d'individus. Une explication possible est un événement d'épidémie qui aurait ravagé la communauté Néolithique.

Nicolás Rascovan et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Emergence and Spread of Basal Lineages of Yersinia pestis during the Neolithic Decline. Ils ont analysé le génome issu des squelettes de la tombe mégalithique de Frälsegården pour rechercher d'éventuels virus. Ils ont ainsi mis en évidence le virus de la peste: Yersinia pestis dans deux individus datés de 2900 av. JC. Il s'agit des plus anciens virus de la peste identifiés aujourd'hui. Ces deux individus sont une jeune femme et un jeune homme d'environ 20 ans tous les deux. Ces résultats confirment le fait qu'une épidémie de peste peut expliquer le grand nombre de squelettes dans cette tombe sur une courte période.

Les auteurs ont ensuite comparé le virus détecté en Suède avec ceux détectés chez d'autres anciens individus en Eurasie:
2018_Rascovan_Figure1A.jpg

Ils ont ainsi construit un arbre phylogénétique de ces différents virus. Le virus de Suède se retrouve ainsi à la base de tous les autres:
2018_Rascovan_Figure1E.jpg

Un point important est que le virus de Suède fait bien partie de la famille de Yersinia pestis et non de la famille voisine de Yersinia pseudotuberculosis. De plus il ne fait pas partie du bloc des virus de l'âge du Bronze mais se trouve à la racine de ce bloc et de celui qui mène à la peste Justinienne et à celle du Moyen-Âge. En fait le lignage issu du virus Suèdois et celui issu du bloc de l'Âge du Bronze n'existe plus aujourd'hui.

De plus les auteurs ont montré que le virus Suèdois a divergé des autres virus de la peste vers 3700 av. JC., le bloc de l'âge du Bronze a divergé des virus contemporains vers 3300 av. JC et le lignage le plus basal des virus récents vers 3100 av. JC. Ainsi le virus Yersinia pestis s'est propagé en Europe durant le 4ème millénaire av. JC à une période correspondant au déclin des cultures Néolithiques d'Europe, un peu avant les migrations massives des pasteurs des steppes.

En fait les auteurs de cette étude montrent que l'hypothèse de l'émergence de la peste dans les méga-habitats de la culture Trypilla et sa diffusion le long des différents réseaux d'échanges qu'ils entretenaient est cohérente avec les différentes données disponibles:
2018_Rascovan_Figure5D.jpg

A partir du début du 4ème millénaire av. JC., la population de ces méga-habitats devait rencontrer des problèmes d'alimentation suite à la sur-exploitation de leurs environnements. Une population affaiblie en forte densité réunie justement les conditions nécessaires à l'émergence et à la diffusion de la peste. Cette époque liée à la diffusion de la métallurgie, est également une époque où les réseaux de communication et d'échanges se multiplient. Les conditions étaient donc réunies pour que la peste se propage dans une bonne part de l'Eurasie. La peste s'est ainsi propagée à la steppe. Les différentes migrations des pasteurs de la steppe ont donc ensuite propagé le virus créant ainsi le bloc de l'âge du Bronze qui apparait dans l'arbre phylogénétique. Ces migrations ont été d'autant facilitées que la peste avait précédemment largement affaiblie les différentes populations Néolithiques de l'Europe.