Généalogie génétique

Situé à 5029 m d'altitude dans les montagnes de l'Himalaya, le lac Roopkund est un petit lac de 40 m de diamètre, appelé le lac des squelettes à cause des nombreux ossements dispersés le long de ses berges. On ne sait rien sur l'origine de ces ossements perturbés par les pèlerins et les randonneurs qui visitent le site. Un folklore local explique la présence de ces squelettes par un pèlerinage dédié à la déesse Nanda Devi organisé par un roi et une reine, accompagnés par leur cour et qui auraient été frappé par la colère de la déesse Nanda Devi. Il est aussi suggéré qu'une opération militaire ou un groupe de marchands auraient péri dans une tempête, ou suite à une épidémie à proximité du lac.

Éadaoin Harney et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Ancient DNA from the skeletons of Roopkund Lake reveals Mediterranean migrants in India. Ils ont analysé ces squelettes par une série de tests bio-archéologiques: ADN ancien, isotopes du carbone et de l'azote, datations radiocarbone et analyse ostéologique.


Les auteurs ont obtenu le génome de 38 individus. Il y a 23 hommes et 15 femmes dont aucune paire représente des parents proches. Les auteurs n'ont pas retrouvé de trace de bactéries pathogènes.

Les auteurs ont réalisé une Analyse en Composantes Principales:


Les individus du lac Roopkund forment trois groupes distinct. Le premier cluster contient 23 individus et se situe le long du gradient des populations actuelles de l'Asie du Sud. Cependant, ils ne font pas partie d'un groupe étroit le long de ce gradient, ce qui suggère qu'ils ne forment pas un seul groupe endogame, mais proviennent plutôt d'une diversité de groupes. Le second cluster contient 14 individus et se situe proche des populations actuelles de l'ouest de l'Eurasie. Le dernier individu se situe entre les Onges des îles Andaman et les chinois Han. Il possède donc de l'ascendance Est Asiatique.

Pour mieux comprendre l'affinité génétique Ouest Eurasienne du second groupe les auteurs ont réalisé une seconde Analyse en Composantes Principales en utilisant uniquement des populations actuelles Ouest Eurasiennes:


Le second groupe se situe alors entres les populations actuelles de Grèce et de Crète.

Ces résultats sont confirmés par une analyse avec le logiciel ADMIXTURE:


Les auteurs ont ensuite réalisé des datations radiocarbone:


Les résultats montrent que les individus des groupes 2 et 3 (disques rouge et blanc respectivement) sont décédés 1000 ans plus tard (autour de l'an 1800) que ceux du groupe 1 (disques jaunes) (décédés entre les 8ème et 10ème siècles). Visiblement les individus du groupe 1 ne sont pas morts en même temps puisque leur date de décès s'étale sur plusieurs siècles. A l'inverse il semble que tous les individus des groupes 2 et 3 soient décédés à la même époque.

Les auteurs ont ensuite analysé les isotopes du carbone et de l'azote pour 45 individus. Ces valeurs sont liées à la diète des individus durant les 10 ou 20 dernières années de leur vie. Elles ne sont pas nécessairement corrélées avec leur ascendance génétique:



De manière intéressante tous les individus des groupes 2 et 3 ont des valeurs isotopiques du carbone entre -19,7 et -18,2 correspondant à l'ingestion de plantes de type C3 comme le blé, l'orge ou le riz. Au contraire les individus du groupe 1 ont des valeurs isotopiques du carbone beaucoup plus variées correspondant à l'ingestion de plantes de type C3 et C4 comme le millet.

Enfin l'analyse avec le logiciel qpWave confirme l'affinité génétique des individus du groupe 2 avec la population actuelle de Crète. De plus cette analyse confirme que les individus du groupe 1 ne sont pas issus d'une population unique d'Asie du Sud. Enfin l'unique individu du groupe 3 contient 82% d'ascendance Malaisienne et 18% d'ascendance Viet-Namienne.

En conclusion, la présence du groupe 1 au bord du lac Roopkund pourrait être effectivement liée aux pèlerinages dédiés à la déesse Nanda Devi qui aujourd'hui encore sont organisés tous les 12 ans. La présence du groupe 2 est plus mystérieuse.