Les preuves archéologiques montrent que les premiers habitants des Caraïbes sont arrivés il y a environ 8000 ans à Trinidad, puis il y a environ 5000 ans dans les autres îles. Ensuite, il y a environ 2800 ans, une seconde vague de colonisation se répand dans les Caraïbes apportant un nouveau style de poterie, des habitats permanents et l'agriculture. Ces nouveaux arrivants viennent d'Amérique du Sud.

Kathrin Nägele et ses collègues viennent de publier un nouveau papier intitulé: Genomic insights into the early peopling of the Caribbean. Ils ont séquencé le génome de 93 squelettes issus de 16 sites archéologiques des Caraïbes datés entre 3200 et 400 ans. Ces individus sont issus de deux contextes archéologiques différents baptisés archaïque (symboles carrés) et céramique (symboles ronds):

2020_Nagele_Figure1.jpg, juin 2020

Les individus archaïques viennent de sept sites archéologiques de Cuba datés entre 3200 et 700 ans, alors que les individus céramique viennent de neuf sites archéologiques de différentes îles des Caraïbes: Cuba, les Bahamas, Porto Rico, la Guadeloupe, et Santa Lucia datés entre 1500 et 400 ans.

L'analyse des haplogroupes mitochondriaux révèle des différences importantes entre les deux groupes. Les individus archaïques appartiennent principalement aux haplogroupes A2, D1 et C1d, alors que ceux du groupe céramique sont plus variés et incluent en plus les haplogroupes: B2, C1b et C1c:

2020_Nagele_FigureS1.jpg, juin 2020

Les auteurs ont ensuite réalisé une Analyse en Composantes Principales. Les échantillons de cette étude se regroupent dans deux clusters en fonction de leur origine archéologiques: archaïque ou céramique:

2020_Nagele_Figure2a.jpg, juin 2020

Les individus du groupe céramique se regroupent avec des individus anciens ou contemporains d'Amérique du sud, alors que ceux du groupe archaïque ne se regroupent avec aucune population contemporaine.

Les auteurs ont ensuite utilisé la statistique f4 pour voir si les anciens individus de cette étude se rapprochent davantage de l'ancien individu des Bahamas de la grotte du Pêcheur préalablement publié ou des anciens individus des îles Channel en Californie. Sans surprise les individus de cette étude de la grotte du Pêcheur ont le plus d'affinité génétique avec l'ancien individu du même site, suivis par les autres individus du groupe céramique. A l'inverse les individus du groupe archaïque ont moins d'affinité génétique avec l'ancien individu des Bahamas. De plus un individu de la grotte de Perico à Cuba est même plus proche génétiquement des anciens individus de Californie.

Le logiciel qpWave confirme que les individus des deux groupes de cette étude sont bien issus de deux lignées ancestrales différentes et ne peuvent pas être simplement expliqués par la seule dérive génétique. De plus bien que certains individus de ces deux groupes ont vécu à la même époque, il n'y a aucun signe de mélange génétique entre ces deux groupes.

Les auteurs de cette étude ont mis en évidence deux origines différentes pour les individus du groupe archaïque, suggérant plusieurs vagues migratoires avant l'arrivée du groupe céramique. Ainsi l'individu CIP009 de la grotte de Perico à Cuba semble issu d'une branche qui diverge de la branche principale Amérindienne en même temps de la branche qui amène aux individus des îles Channel en Californie, avant la dispersion des groupes d'Amérique du Sud. A l'inverse les autres individus du groupe archaïque comme GUY002 du site de Guayabo Blanco à Cuba ont besoin d'un flux de gènes supplémentaire (39%) en provenance d'Amérique du Sud comme le montre la figure ci-dessous:

2020_Nagele_Figure3.jpg, juin 2020

Ainsi ces résultats suggèrent au moins deux vagues migratoires dans les Caraïbes avant l'arrivée du groupe céramique, dont l'une est originaire d'Amérique du Nord et l'autre est originaire d'Amérique du Sud. Enfin l'arrivée du groupe céramique est lié à une seconde vague migratoire en provenance d'Amérique du Sud.