Généalogie génétique

Avant l'arrivée des Européens, les Caraïbes sont peuplées par une mosaïque de communautés archéologiques connectées entre elles, depuis l'arrivée des premiers migrants à Cuba, Haïti et Porto Rico il y a environ 6000 ans. Les premières occupations qui définissent l'âge archaïque, sont caractérisées par une industrie lithique spécifique. L'âge céramique commence il y a environ 2500 à 2300 ans, caractérisé par l'apport de l'agriculture et de la céramique.

Daniel Fernandes et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: A genetic history of the pre-contact Caribbean. Ils ont séquencé le génome de 195 anciens individus des Caraïbes datés entre 3100 et 400 ans:



Ces génomes ont été ajoutés à 89 anciens génomes préalablement publiés dans une étude précédente. L'ensemble de ces génomes sont séparés en deux groupes en fonction de leur datation et leur technologie: archaïque et céramique.

Les auteurs ont réalisé une Analyse en Composantes Principales. La figure ci-dessous montre que les individus archaïque (symboles carrés) et céramique (symboles circulaires) se séparent en deux groupes distincts:



Les individus céramique du Vénézuela (symboles circulaires rose) se situent à part de ces deux groupes et sont plus éparpillées en haut à droite de la figure ci-dessus. La forte homogénéité des individus céramique quelque soit leur localisation indique un fort taux de migration entre les îles à cette époque. Quelques individus montrent un mélange génétique entre ascendance archaïque et céramique.

Les anciens individus archaïque partagent le plus d'allèles avec les populations actuelles d'Amérique Centrale et du nord de l'Amérique du sud appartenant à plusieurs familles linguistiques: arawak, caribes, chibchanes, chocó, guahibanes, Mataco–Guaicuru et tupi. Il n'y a pas d'affinité génétique avec des populations d'Amérique du nord contrairement à ce qui était indiqué dans une étude précédente. Tous les résultats suggèrent que les anciens individus céramique sont issus d'une source unique.

L'arrivée des groupes céramique a remplacé une bonne partie des populations dans toutes les Caraïbes à l'exception de l'ouest de Cuba où une ascendance archaïque a persisté pendant au moins 2500 ans. Au moment de l'arrivée des premiers Européens, cette région était caractérisée par une culture et une langue différentes des autres régions des Caraïbes. L'analyse avec le logiciel ADMIXTURE montre que les anciens individus céramique ont une affinité génétique avec les populations actuelles de langue arawak. En effet, la figure ci-dessous montre que ces anciens individus céramique sont constitué principalement par une composante bleu-vert qui est majoritaire chez les Piapoco une population actuelle de langue arawak:



Cependant, la statistique f4 ne confirme pas ce résultat car elle ne montre pas plus d'affinité génétique entre les anciens céramique et les populations actuelles de langue arawak par rapport aux populations actuelles d'une autre famille linguistique. Les auteurs ont estimé qu'il y avait entre 0,5 et 2% d'ascendance archaïque dans les anciens individus céramique. Seuls deux individus céramique ont plus d'ascendance archaïque à hauteur de 11,8% et 18,5%. L'analyse avec le logiciel ADMIXTURE ci-dessus montre que les anciens individus céramique du Venezuela ont une forte proportion d'ascendance (bleu foncé) que l'on retrouve chez les Cabécar de langue chibchane. Les anciens individus céramique de Curaçao peuvent être modélisés comme issus d'un mélange génétique entre les anciens individus céramique des petites Antilles (74,5%) et les anciens individus céramique du Venezuela (25,5%). Enfin les auteurs n'ont pas mis en évidence d'arrivée d'un nouveau flux de gènes il y a environ 1150 ans comme suggérée par de précédentes études craniométriques.

L'analyse de la longueur des segments d'homozygotie montre qu'il y a eu de la consanguinité au second ou au troisième degré parmi ces anciennes populations, suggérant ainsi une faible taille de la population. La taille effective de la population est ainsi estimée entre 200 et 300 pour les individus archaïque et entre 500 et 3000 pour les individus céramique. La taille réelle de la population devait être entre 3 et 10 fois supérieure à la taille effective estimée de la population.