Généalogie génétique

L'analyse de génomes de chasseurs-cueilleurs Européens suggère une structure complexe de la population paléolithique de la région. Notamment les groupes d'El Miron et de Villabruna partagent le plus d'allèles avec les Européens actuels. Le groupe d'El Miron est associé à la diffusion de la culture Magdalénienne à partir du refuge Ibérique alors que le groupe de Villabruna était prédominant parmi les chasseurs-cueilleurs d'Europe occidentale et centrale et est associé aux cultures Azilienne, épipaléolithique, épigravettienne et Mésolithique.

Gabriele Scorrano et ses collègues viennnent de publier un papier en preprint intitulé: Genomic ancestry, diet and microbiomes of Upper Palaeolithic hunter-gatherers from San Teodoro cave (Sicily, Italy). Ils ont séquencé le génome de deux chasseurs-cueilleurs de la grotte San Teodoro située en Sicile, associés à la culture épigravettienne et datés entre 15.322 et 14.432 ans:



Un des individus est un homme (San Teodoro 3), l'autre est une femme (San Teodoro 5). Les deux individus appartiennent à l'haplogroupe mitochondrial: U5b2b comme le chasseur-cueilleur de Villabruna ou celui de Paglicci en Apulie. L'âge de la sous-clade U5b2b est estimé à environ 23.000 ans:



L'homme de San Teodoro appartient à l'haplogroupe du chromosome Y: I2a2 également commun parmi les anciens chasseurs-cueilleurs d'Europe.

Les auteurs ont ensuite comparé ces deux génomes à d'autres anciens génomes de chasseurs-cueilleurs Européens:



Ils ont effectué une analyse multi-échelles. Dans la figure ci-dessous les individus de San Teodoro (triangles marrons pleins) se regroupent sur la gauche, avec les autres chasseurs-cueilleurs Italiens: Oriente C de Sicile et Grotta Continenza (Italy_M.SG) représentés par des symboles marrons. Ces individus sont également proches des chasseurs-cueilleurs de l'ouest (symboles roses):



Ces résultats sont confirmés par la statistique f4. De manière intéressante, le seul ancien individu qui a plus d'affinité génétique avec les chasseurs-cueilleurs de San Teodoro qu'avec les anciens individus de Grotta Continenza, est le chasseur-cueilleur pré-glaciaire de Paglicci vieux de 33.000 ans et associé à la culture Gravettienne. Ce résultat suggère un possible flux de gènes issus d'individus pré-glaciaires de la péninsule Italienne vers les individus post-glaciaires de la même région, comme ce qui est observé dans la péninsule Ibérique, et donc l'existence d'un refuge glaciaire dans la péninsule Italienne. Les chasseurs-cueilleurs de l'ouest possèdent plus d'affinité génétique avec les anciens individus de San Teodoro alors que les chasseurs-cueilleurs de l'est possèdent plus d'affinité avec l'ancien chasseur-cueilleur de Villabruna. Cela se voit également dans la figure ci-dessus, où l'on remarque que l'individu de Villabruna (symbole carré marron) est décalé vers les chasseurs-cueilleurs du sud-est (en vert en haut de la figure).

Ainsi la figure ci-dessus montre quatre ascendances chasseurs-cueilleurs en Europe: les chasseurs-cueilleurs de la péninsule Italienne en marron à gauche, les chasseurs-cueilleurs Magdaléniens représentés par l'individu de la grotte Goyet en Belgique en bas (triangle rose), les chasseurs-cueilleurs des Balkans en haut en vert et les chasseurs-cueilleurs de l'est de Russie à droite en bleu. Les autres individus sont localisés sur différents gradients. Ainsi les chasseurs-cueilleurs Scandinaves sont positionnés sur un gradient rejoignant les chasseurs-cueilleurs de l'ouest à ceux de l'est, les chasseurs-cueilleurs Ibériques sont sur un gradient qui relie les chasseurs-cueilleurs de la péninsule Italienne à l'ancien individu de la grotte Goyet. On peut rajouter un gradient Adriatique qui relie les chasseurs-cueilleurs de la péninsule Italienne à ceux des Balkans.

Les auteurs ont ensuite utilisé le logiciel qpAdm pour modéliser chacun des anciens individus d'Europe en fonction des quatre ascendances définies ci-dessus:



La figure ci-dessus montre que l'ascendance Italienne prédomine en Europe occidentale. Il y a un pic d'ascendance Goyet dans la péninsule Ibérique. Un flux de gènes venus des Balkans est présent chez deux individus du nord de la péninsule Ibérique. Dans l'est de l'Europe, l'ascendance des Balkans prédomine. L'ascendance des chasseurs-cueilleurs de l'est est présente de la Scandinavie à l'Ukraine.

Les auteurs ont ensuite étudié les protéines présentes dans le tartre dentaire pour identifier la diète des deux chasseurs-cueilleurs de San Teodoro. Les auteurs ont ainsi mis en évidence l'auroch, le sanglier, l'âne sauvage, le mouflon, des poissons comme la carpe ou la petite roussette, mais aussi des légumes comme le pois chiche.

Mise à jour:

Ce papier a été définitivement publié en novembre 2022: Genomic ancestry, diet and microbiomes of Upper Palaeolithic hunter-gatherers from San Teodoro cave