Les données génétiques et archéologiques montrent que l'homme moderne est entré en Asie du sud-est entre 65 et 50.000 ans. Ces premiers hommes sont les ancêtres des chasseurs-cueilleurs Hoabinhiens qui occupèrent la région jusqu'à il y a seulement 4000 ans. La grotte de Malu Dong située dans le Yunnan au sud-ouest de la Chine, abrite différents restes humains dont une calotte crânienne d'un ancien chasseur-cueilleur daté de 14.000 ans et nommé Mengzi Ren (MZR). Les études paléo-anthropologiques ont montré que cet individu avait des caractéristiques morphologiques en mosaïque peut-être issus d'un mélange biologique entre hommes modernes et archaïques.

Xiaoming Zhang et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: A Late Pleistocene human genome from Southwest China. Ils ont séquencé le génome de l'ancien chasseur-cueilleur Mengzi Ren:

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Les résultats ont montré que Mengzi Ren est une femme dont l'haplogroupe mitochondrial est M9. Cet haplogroupe possède une branche M9a'b répandue en Asie du sud-est et une branche E répandue dans les îles du sud-est Asiatique et les îles Salomon en Mélanésie:

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Le génome de Mengzi Ren est celui d'un homme moderne. Les auteurs ont réalisé une Analyse en Composantes Principales pour le comparer à d'autres génomes anciens et contemporains. La figure ci-dessous montre que Mengzi Ren se situe à proximité des individus d'Asie du sud-est:

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L'utilisation du logiciel TreeMix montre que MZR forme une branche avec les anciens individus du début du Néolithique du sud-est de la Chine:

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Ces résultats suggèrent une structure génétique dans l'est de l'Asie dès le Pléistocène supérieur. Ces résultats sont confirmés par la statistique D. Les auteurs ont ensuite recherché les proportions d'ascendance archaïque dans le génome de MZR. Ils ont ainsi trouvé 1,29% d’ascendance Dénisovienne et 1,27% d'ascendance Néandertalienne. Ces résultats réfutent les hypothèses d'hybridation chez cet individu.

Les auteurs ont ensuite effectué une analyse avec le logiciel ADMIXTURE. La composante principale de MZR est celle en vert clair correspondant à une ascendance du sud-est Asiatique comme l'ancien individu Qihe3 de la région Fujian:

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A l'inverse les anciens individus du bassin de l'Amour et de Bianbian possède une composante principale vert foncé correspondant à l'Asie du nord-est.

Les auteurs ont ensuite étudié l'évolution de deux gènes OCA2 et EDAR responsables respectivement de la couleur de la peau et d'une forme spécifique des dents et des cheveux. La forme dérivée du gène OCA2 (à gauche ci-dessous) responsable d'une peau claire se répand uniquement à la fin de l'Holocène alors que la forme dérivée du gène EDAR (à droite ci-dessous) est présente dès la fin du Pléistocène et est bien répandue dès le début de l'Holocène:

2022_Zhang_Figure5.jpg, juil. 2022

Les statistiques f3 et D montrent que MZR possède une forte affinité génétique avec l'ancien individu Paléo-Sibérien UKY et les premiers américains, suggérant que la contribution est Asiatique présente chez les Amérindiens est issue du sud de l'est de l'Asie.