Généalogie génétique

La grotte de Hagios Charalambos est situé sur le plateau de Lasithi en Crète orientale. Elle a été utilisée comme site funéraire entre la fin du Néolithique et le 18ème siècle av. JC. au Minoéen Moyen.

Gunnar Neumann et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Ancient Yersinia pestis and Salmonella enterica genomes from Bronze Age Crete. Ils ont analysé le génome de 68 dents appartenant à un minimum de 32 anciens individus de la grotte Hagios Charalambos datés entre 2290 et 1909 av. JC.:



Les auteurs ont mis en évidence la présence de la bactérie Yersinia Pestis responsable de la peste, dans deux échantillons: HGC009 et HGC068 et de la bactérie Salmonella enterica responsable de la fièvre typhoïde dans deux autres échantillons: HGC004 et HGC040.

Les deux anciens génomes de Salmonella enterica sont localisés à la base du lignage Para C avec un ancien génome de Sardaigne daté entre 2350 et 2060 av. JC. et un autre de Suisse du Néolithique Final daté entre 3367 et 3118 av. JC.:



Le génome de Yersinia Pestis de l'échantillon HGC068 étant de mauvaise qualité, les auteurs l'ont exclu des analyses. Celui de HGC009 se situe avec les anciens génomes de Yersinia Pestis daté entre le Néolithique Final et l'Âge du Bronze:



Les auteurs ont ensuite réalisé une Analyse en Composantes Principales et une analyse avec le logiciel qpAdm pour étudier les ascendances des anciens individus de la grotte Hagios Charalambos:



Les individus HGC009 et HGC040 se regroupent avec les autres anciens individus de la grotte Hagios Charalambos, mais également avec ceux du site de Moni Odigitria de Crète et datés également de l'Âge du Bronze. Ils sont décalés en direction des anciens individus du Chalcolithique d'Anatolie, par rapport aux anciens individus du Néolithique grec. Ils n'ont pas d'ascendance des steppes.

La virulence et le mode de transmission de ces deux pathogènes à l'Âge du Bronze restent incertains, ainsi que leur potentiel pour causer des épidémies sévères dans la population de l'époque. Néanmoins leur présence en Crète durant l'Âge du Bronze est significative et a pu être responsable avec les changements climatiques et démographiques des transformations sociales de l'époque.