Généalogie génétique

Les hommes vivent en Californie depuis au moins 13.000 ans d'après les vestiges archéologiques situés dans les îles du détroit de Californie et sur le continent. Ces populations parlaient des langues chumash au moment de l'arrivée des Européens. Cette région abrite une des plus grandes diversités linguistiques de toutes les Amériques. Dans le nord, les familles linguistiques sont les langues algiques dont le Yurok, les langues athapascanes dont le Hupa et les langues yukianes. Dans le centre, on trouve les langues miwok parlées notamment par les tribus Ohlones. Les langues chumash sont parlées dans le nord des îles du détroit de Californie et sur la côte continentale adjacente de la région de Santa Barbara. Dans le sud de la Californie, les populations parlent des langues uto-aztèques dont le gabrielino-fernandeño ou tongva et le luiseño. Enfin il y a quelques langues isolées comme les langues yumanes ou le washo. La manière dont ces familles linguistiques divergentes sont apparues dans cette région avec une telle proximité doit être comprise dans un contexte plus large. En effet, la migration dans une direction ou une autre a dû être à l'origine de certaines familles, telles que les langues algiques et les langues uto-aztèques, qui se sont largement dispersées, s'étendant dans ces cas bien au-delà de la Californie. La famille des langues uto-aztèques en particulier est l'une des familles les plus répandues géographiquement dans les Amériques, s'étendant des Shoshones dans l'Idaho aux Pipils du Costa Rica et couvrant la côte centrale et ouest du Mexique et le sud-ouest américain. Il existe de nombreuses régions d'origines proposées, notamment le Grand Bassin, la vallée centrale de la Californie, le désert de Sonora, le centre du Mexique (d'où il a été suggéré qu'il s'est propagé avec la culture du maïs) et le sud de l'Arizona jusqu'au nord du Mexique, avec différents types de contextes linguistiques et archéologiques.

Nathan Nakatsuka et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Genetic continuity and change among the Indigenous peoples of California. Ils ont analysé le génome de 119 anciens individus dont 79 datés entre 7400 et 200 ans de la Californie du centre et du sud, et 40 anciens individus datés entre 2900 et 500 ans du nord ouest du Mexique:



Les auteurs ont utilisé la statistique f3 pour regrouper les génomes en fonction de leur affinité. Les résultats obtenus montrent que la génétique est corrélée avec la géographique et le temps. La corrélation temporelle suggère une continuité génétique dans les régions investiguées. Dans certains cas la corrélation temporelle est plus forte que la corrélation géographique, ce qui suggère des migrations de populations entre les régions:



La fréquence des haplogroupes mitochondriaux montre des variabilités au cours du temps. Ainsi il y a 3500 ans, 30 des 36 individus des îles du détroit et de la région de Santa Barbara sont de haplogroupe A2. Et les six individus qui ne sont pas A2, sont de la région du sud de la Californie. Après 3500 ans, il y a seulement 35 individus sur 91 qui sont de haplogroupe A2. Les autres appartiennent aux haplogroupes B2, C1b, C1c, C5b, D1 et D4h3a. Ces résultats suggèrent des migrations vers la Californie après cette date de 3500 ans. Tous les individus du Mexique sont plus récents que 3500 ans, et parmi eux, seulement cinq individus sur 44 sont de l’haplogroupe A2. Tous les hommes de cette étude sont de l’haplogroupe du chromosome Y Q1b1a, à l'exception d'un individu du nord du Mexique qui est Q1a2a. Ce dernier résultat diffère des temps plus anciens en Amérique du Sud où environ un tiers des individus étaient Q1a2a.

Pour mettre en évidence des mouvements de population en Californie, les auteurs ont comparé le génome le plus ancien de cette étude daté de 7400 ans et situé sur l'île de Santa Rosa dans le détroit avec les génomes les plus récents situés sur cette même île, en utilisant la statistique f4. Les auteurs ont ainsi montré que les génomes les plus récents présentent une affinité génétique avec des individus situés plus au sud, au bout de la péninsule de Baja en Californie ou dans le nord du Mexique. Les auteurs ont ensuite utilisé le logiciel qpAdm pour modéliser d'éventuels mélanges génétiques. Ainsi la composante Mexicaine passe de 20% chez un individu de Santa Rosa de 4900 ans à 37% chez un individu de Santa Rosa de 300 ans. Ces résultats suggèrent donc des mouvements de population du sud vers le nord jusque dans les îles du détroit de Californie. Ces populations venues du sud, parlaient des langues uto-aztèques. Les auteurs ont fait la même étude pour différentes régions de la Californie. On retrouve cet accroissement de l'ascendance Mexicaine dans les îles du sud du détroit de Californie, et dans le sud de la Californie. Par contre, en Californie centrale, la composante Mexicaine est déjà présente avec une forte proportion dès 5200 ans et se maintient plus ou moins par la suite:



Il semble ainsi que les mouvements de population du sud vers le nord précèdent la diffusion de la culture du maïs dans la région, et coïncident plutôt avec la diffusion des langues uto-aztèques en Californie avant 5200 ans. Le centre d'origine de cette famille linguistique semble donc être situé dans une société de chasseurs-cueilleurs qui vivaient entre le sud de l'Arizona et le nord du Mexique.

Les auteurs ont ensuite comparé le génome du plus ancien individu de Californie centrale (PacificGrove_5200), avec les plus anciens individus de l'île de Santa Rosa (SantaRosa_7400) avec la statistique f4. Les résultats montrent que le plus ancien individu de Californie Centrale est plus proche génétiquement des individus de l’extrémité sud de la point de Baja située au sud de la Californie et datés seulement de 500 ans. Il est également plus proche de ces individus de Baja qu'un autre individu (CalaverasCounty_1500) du centre la Californie, mais situé à 290 km à l'est, et daté de seulement 1500 ans, comme le montre la figure ci-dessous:



Il semble donc que l’ascendance de la pointe de Baja contenu dans l'individu PacificGrove_5200 décroisse au cours du temps dans le centre de la Californie. Ce résultat semble lié à une hypothèse qui indique qu'un substrat linguistique étendu entre le centre et le sud de la Californie a été remplacé par la suite par l'arrivée des langues miwok il y a environ 4000 ans. Ce changement linguistique a probablement été accompagné par l'arrivée d'une nouvelle population dans la région. Une source possible pour cette migration est le site archéologique de Calaveras County dont on a parlé ci-dessus. Cependant cette arrivée de population n'a pas totalement remplacée la population précédente car une bonne partie du profil génétique de PacificGrove_5200 (entre 55 et 76%) se retrouve dans les individus de la région plus récents, suggérant ainsi une certaine forme de continuité génétique au cours du temps en Californie centrale.

Les anciens individus du début de l'Holocène (entre 9600 et 12.000 Ans) du Brésil, du Chili et du Nevada sont plus proches génétiquement de l'ancien individu Anzick de la culture Clovis et daté de 12.800 ans, que des anciens individus plus récents de ces mêmes régions, notamment ceux du Pérou datés entre 8600 et 9000 ans. Cependant l'ascendance Clovis a persisté plus longtemps (de plusieurs milliers d'années) en Californie par rapport aux autres régions d'Amérique, comme on peut le voir chez les individus SantaRosa_7400 et Carpinteria_7000 de cette étude et datés de 7500 et 7000 ans seulement. Ces résultats suggèrent que ces anciens individus de Californie descendent d'une population proche de l'ancienne population Clovis. De plus les anciens individus de Californie ne possèdent pas de composante ancestrale issue des anciennes populations nord Américaines.

Les auteurs ont ensuite analysé les anciens individus du nord-ouest du Mexique. Ils ont ainsi montré qu'ils avaient plus d'affinité génétique avec les anciens individu du Pérou datés entre 8600 et 9000 ans et contenant moins d'ascendance Clovis, que ceux plus anciens du Brésil, du Chili et du Nevada.

Les auteurs ont ensuite recherché une éventuelle ascendance polynésienne chez les anciens Californiens pour voir si le développement des canoés tomol de Californie pouvait avoir eu une influence polynésienne. Ils n'en ont pas trouvé suggérant ainsi un développement local de ces bateaux.

Enfin l'analyse des segments d'homozygotie montre que l'ancienne population des îles du détroit de Californie était moins nombreuse que l'ancienne population du continent en Californie.