Généalogie génétique

Sur la côte Méditerranéenne de l'Europe, la transition néolithique se caractérise par la migration de populations venues d'Anatolie qui ont atteint la péninsule Ibérique il y a 7500 ans. Ces populations ont absorbé jusqu'à 30% d'ascendance des chasseurs-cueilleurs de l'ouest. La culture est alors identifiée par la poterie cardiale que l'on retrouve dans la péninsule Ibérique, le sud de la France mais aussi l'ouest du Maghreb au Maroc, et également par la domestication de certaines espèces de plantes et d'animaux. Les premiers génomes du néolithique nord africain sont datés d'environ 7000 ans et sont localisés sur le site marocain d'Ifri n’Amr o’Moussa (IAM). Leur ascendance est purement locale et est issu des chasseurs-cueilleurs Ibéromaurisiens de Taforalt datés de 15.000 à 14.000 ans. Cependant sur le site voisin de Kaf Taht el-Ghar (KTG), daté de 7200 ans, certains individus ont jusqu'à 80% d'ascendance des fermiers de la péninsule Ibérique suggérant que certaines populations ont franchi la Méditerranée. Un peu plus tard il y a environ 6400 ans, sur le site de Skhirat-Rouazi (SKH), certains individus ont jusqu'à 50% d'ascendance du Levant. Enfin sur le site de Kehf el Baroud (KEB) il y a environ 5700 ans, tous les individus sont composés à diverses proportions des trois ascendances locale, fermiers d'Europe et Levantine.

Mark Lipson et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: High continuity of forager ancestry in the Neolithic period of the eastern Maghreb. Ils ont séquencé le génome de huit anciens individus issus d'un site d'Algérie: Afalou Bou Rhummel (ABR) daté entre 15.000 et 11.000 ans et de trois sites de Tunisie: Djebba (8000 ans), Hergla (5900 ans) et Doukanet el Khoutifa (DEK) (7000 à 6350 ans):



Les auteurs ont réalisé une Analyse en Composantes Principales afin de comparer ces anciens génomes à ceux d'autres anciens individus préalablement publiés et d'individus contemporains de la région méditerranéenne. Dans la figure ci-dessous les anciens chasseurs-cueilleurs de Taforalt et d'Ifri Ouberrid (OUB) se regroupent avec les anciens individus d'Afalou Bou Rhummel en Algérie et de Djebba en Tunisie sur la gauche de la figure ci-dessous. De manière intéressante les autres anciens individus plus récents se trouvent sur un gradient reliant ce premier groupe aux populations du Levant et aux anciens individus de Skhirat-Rouazi et de Kehf el Baroud:



Les auteurs ont ensuite utilisé le logiciel qpAdm pour modéliser les mélanges génétiques chez ces anciens individus. Pour cela ils ont pris les anciens chasseurs-cueilleurs de Taforalt comme ascendance locale, les anciens fermiers du néolithique de la péninsule Ibérique comme ascendance des fermiers d'Europe et les anciens individus du Chalcolithique d'Israël comme ascendance Levantine:



Les résultats montrent que les individus du site d'Ifri n’Amr o’Moussa les plus récents ont respectivement 9,6% et 4,7% d'ascendance des fermiers d'Europe. L'ancien individu d'Afalou Bou Rhummel possède 100% ascendance locale. Pour les deux individus de Djebba, le premier a 100% d’ascendance locale alors que le second possède un peu d'ascendance des chasseurs-cueilleurs d'Europe de l'ouest (5,7%). Les différents individus de Doukanet el Khoutifa ont des proportions variables d'ascendance locale. Les plus anciens ont seulement deux composantes locale et fermiers d'Europe, alors que les plus récents ont la troisième composante Levantine. Enfin l'individu le plus récent issu du site de Hergla est celui qui a la plus forte proportion des ascendances fermiers d'Europe et Levantine.

L'analyse des marqueurs uniparentaux montre que quatre hommes de cette étude appartiennent à l'haplogroupe du chromosome Y: E1B-M78 caractéristique d'Afrique du nord. Une exception est l'homme de Hergla qui appartient à l'haplogroupe T1a1a, associé aux fermiers du Levant. Six individus appartiennent à l'haplogroupe mitochondrial U6 typique d'Afrique du nord. Un individu de Doukanet el Khoutifa appartient à l'haplogroupe L3f1b originaire d’Afrique de l'est. L’individu de Hergla appartient à l'haplogroupe R0a2 et un individu de Doukanet el Khoutifa appartient à l'haplogroupe U5b2b1, caractéristique des chasseurs-cueilleurs d'Europe.



L'analyse des segments d'homozygotie montre que deux individus de Doukanet el Khoutifa sont cousins au second degré et que la population des fermiers de Djebba était de relative petite taille: