Généalogie génétique

Après le dernier maximum glaciaire, une transformation climatique au Sahara a conduit à une période Africaine humide qui a été maximale entre 11.000 et 5000 ans. A cette époque le Sahara était une savane dans laquelle le paysage alternait entre couverture arborée variable, lacs permanents et système de rivières. Les recherches archéologiques ont montré la présence humaine au Sahara, à cette époque. Les précédentes études de paléo-génomique ont montré que la population d'Afrique du nord-ouest était stable et isolée entre 15.000 et 7500 ans. Cette stabilité a été bouleversée par l'arrivée de fermiers du néolithique venus de l'Europe du sud-ouest entre 7500 et 5700 ans. Les premiers pasteurs sont entrés en Afrique probablement le long des routes du Sinaï et de la mer rouge et ont atteint le Sahara autour de 8300 ans. Il y a 6400 ans, un nouveau flux de gènes arrive dans la région avec les fermiers du Levant.

Nada Salem et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Ancient DNA from the Green Sahara reveals ancestral North African lineage. Ils ont analysé le génome de deux anciens individus issus du site de l'abri sous roche de Takarkori localisé dans le sud ouest de la Libye, et datés d'environ 7000 ans:



Les datations radiocarbone de ces deux individus sont situées respectivement entre 7158 et 6796 ans et entre 6555 et 6281 ans. De pus il s'agit de deux femmes. Les auteurs ont ensuite effectué une Analyse en Composantes Principales pour comparer ces deux génomes avec d'autres anciens génomes Africains préalablement publiés et avec des génomes de populations africaines contemporaines. Dans la figure ci-dessous, les deux individus de Takarkori (symboles noirs ci-dessous) se situent entre les populations ouest Africaines (symboles gris en bas à gauche) et les populations est Africaines (symboles rouges à droite):



L'analyse avec la statistique f3 montre que les deux individus de Takarkori partagent le plus de dérive génétique avec les anciens individus du Maroc du Paléolithique et du Néolithique. Parmi les populations actuelles, ce sont les Peuls qui possèdent le plus d'affinité génétique avec les deux individus de Takarkori. Ces résultats sont cohérents avec les preuves archéologiques de l’expansion vers le sud des groupes néolithiques pastoraux du Sahara central. L'art rupestre, la production céramique et les pratiques funéraires fournissent des indications détaillées sur la propagation de ces éleveurs à la fin de l'Holocène moyen, probablement sous l'effet de l'aridification progressive des régions du Sahara central.

La statistique f4 montre que les anciennes populations de Taforalt au Maroc partagent plus d'allèles avec les populations Eurasiennes que les anciens individus de Takarkori. De plus les populations sub-Sahariennes sont à égales distances entres les anciennes populations de Taforalt et de Takarkori. Enfin les anciens individus de Takarkori partagent plus d'allèles avec les anciennes populations de Taforalt qu'avec toute autre population.

L’haplogroupe mitochondrial de ces deux femmes est basal à l'haplogroupe N qui a divergé anciennement des autres lignages sub-Sahariens entre 69.000 et 54.000 ans.

Une étude précédente a modélisé le profil génétique de la population de Taforalt comme issu d'un mélange génétique entre une population Natoufienne du Levant (63,5%) et une population sub-Saharienne (36,5%). Les auteurs ont remodélisé les génomes des anciens individus de Taforalt en prenant comme source Africaine les génomes des anciens individus de Takarkori. Ces résultats indiquent que cette population de Takarkori produit un résultat de meilleure qualité que tout autre groupe sub-Saharien. Ils ont obtenu un mélange génétique entre 60,8% d'ascendance Natoufienne et 39,2% d'ascendance de Takarkori.

Les auteurs ont ensuite recherché l'ADN de Néandertal dans les anciens génomes de Takarkori. Ils ont trouvé moins du quart de l'ADN de Néandertal (0,15%) trouvé dans les anciennes populations Paléolithiques et Néolithiques du Maroc (entre 0,6 et 0,9%) et dix fois moins que dans la plupart des groupes non Africains (entre 1,4 et 2,36%), mais cependant plus que dans la plupart des groupes sub-Sahariens qui ne possèdent pas d'ADN de Néandertal. Ces résultats suggèrent que les anciens individus de Takarkori ont reçu un flux de gènes d'une population non Africaine. Une modélisation avec les outils ADMIXTOOLS indique ce que flux de gènes est de l'ordre de 7%:



En conclusion, cette étude a mis en évidence un ancien lignage nord Africain dont descend à 93% la population de Takarkori en Libye.