Généalogie génétique

Les études précédentes de paléo-génétique ont montré que les populations Amérindiennes en dehors de la zone arctique, dérivent d'un mélange génétique entre une population est asiatique et une population sibérienne qui a eu lieu quelque part dans le nord est de l'Asie il y a plus de 20.000 ans. Il y a environ 16.000 ans, cette population, après être arrivée en Amérique, s'est scindée en deux groupes: les amérindiens du nord et les amérindiens du sud. Alors que le groupe nord amérindien est resté confiné au nord de l'Amérique, le groupe sud amérindien s'est répandu vers le sud et représente l'ascendance de toutes les populations sud amérindiennes. Ce groupe s'est diversifié en Amérique du nord pour donner naissance à trois groupes principaux: la population Clovis, la population des îles du canal californien et l'ensemble des populations amérindiennes d'Amérique du sud. Chacun de ces trois groupes représente une vague d'ascendance contenue dans le profil génétique des anciens sud amérindiens. La zone de l'isthme colombien est importante pour comprendre le peuplement des Amériques. Elle est notamment au centre des trois régions culturelles majeures que sont la Mésoamérique, l'Amazonie et les Andes. Les langues chibchanes sont les plus répandues dans cette zone. Le lieu d'origine de ces langues reste largement débattu aujourd'hui. On suppose qu'elles datent de plusieurs milliers d'années. La plupart des chercheurs pensent que cette proto-langue a commencé à se diversifier en Amérique centrale inférieure, où le plus grand nombre de ces langues sont parlées aujourd'hui. Cependant, certaines preuves suggèrent que le proto-chibchane pourrait être originaire d'Amérique du Sud et s'être diversifié en Amérique centrale à une date beaucoup plus tardive.

La région la plus méridionale de l'isthme colombien est l'Altiplano Cundiboyacense (ci-après Altiplano). Ce plateau, d'une altitude moyenne de 2 600 m, situé dans la cordillère orientale des Andes colombiennes, était habité par d'anciens groupes de chasseurs-cueilleurs dès la fin du Pléistocène. Au cours des phases de l'Holocène ancien et moyen de la période précéramique (entre 9.500 et 2 000 ans av. JC.), les populations de l'Altiplano ont subi de multiples transformations culturelles, notamment une sédentarité accrue et une transition d'une subsistance de chasseurs-cueilleurs à l'introduction de pratiques horticoles et de gestion forestière. Cependant, ce n'est qu'au début de l'Holocène tardif, vers 1800 ans av. JC., que les premières preuves claires de la culture du maïs sont apparues. Au cours de la période formative qui a suivi, un type particulier de poterie est apparu sur l’Altiplano : le complexe céramique de Herrera, également connu dans la littérature sous le nom de période Herrera (800 av. JC. à 800 ans ap. JC.). La question de savoir si les groupes associés à Herrera sur l'Altiplano sont issus d'un développement in situ des chasseurs-cueilleurs locaux ou d'une dispersion des populations dans la région fait encore l'objet de nombreux débats. Il y a environ 1200 ans., une phase culturelle, connue sous le nom de période Muisca, a commencé sur l'Altiplano et a duré jusqu'à l'arrivée des européens au milieu du XVIe siècle. La plupart des preuves disponibles suggèrent une continuité de la population avec la période Herrera précédente. La période muisca se caractérise par un processus relativement continu de croissance démographique, de développement de l'agriculture et du commerce, ainsi que de complexification sociale et politique. Ces facteurs ont joué un rôle considérable dans le façonnement de la culture muisca et ont donné naissance à la population de langue chibchane qui a dominé l'Altiplano jusqu'à la colonisation européenne.

Kim-Louise Krettek et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: A 6000-year-long genomic transect from the Bogotá Altiplano reveals multiple genetic shifts in the demographic history of Colombia. Ils ont analysé le génome de 21 anciens individus issus de deux aires de l'Altiplano: le plateau Bogotá et Los Curos, datés entre 6000 et 500 ans: il y a sept chasseurs-cueilleurs de la période pré-céramique (site de Checua), neuf individus de la période Herrera (site de la Laguna de la Herrera), trois individus de la culture Muisca (sites de Las Delicias et Soacha) et deux individus situés plus au nord dans la zone de Los Curos (site de Purnia):



Les résultats d'analyse génétique montrent que parmi ces 21 anciens individus il y a dix femmes et onze hommes. Tous les hommes appartiennent à l'haplogroupe du chromosome Y: Q1b1a. Les haplogroupes mitochondriaux sont: B2d, A2, C1 et D1 (voir les codes couleur sur la figure ci-dessus). Parmi les chasseurs-cueilleurs du site de Checua, il y a quatre relations au second ou au troisième degré. Sur le site de la Laguna de la Herrera, il y a une relation parent/enfant et une relation au second degré. L'analyse des segments IBD suggère qu'il y avait très peu de relations de consanguinité dans ces populations anciennes de Colombie. L'analyse des segments homozygotes indiquent que la taille de la population des chasseurs-cueilleurs du site de Checua était trois à huit fois plus petite que la taille des populations suivantes de Colombie. Cela est conforme avec les analyses archéologiques qui montrent que la taille de la population des chasseurs-cueilleurs était faible sur l'Altiplano colombien et que les populations suivantes des périodes Herrera et Muisca ont vu un accroissement démographique important.

L'utilisation de la statistique f3 montre que les chasseurs-cueilleurs de Checua ont très peu d'ascendance Clovis et très peu d'ascendance issue de la population des îles du canal californien. Ils dérivent d'une population issue de la première migration humaine en Amérique du sud. Cependant ils ne partagent pas plus d'allèles avec certaines populations d'Amérique centrale ou du sud suggérant que leur lignage a divergé il y a très longtemps des autres lignages sud amérindiens. Ces résultats sont confirmés par l'utilisation de la statistique f4. De plus cette dernière indique que la population de chasseurs-cueilleurs de Checua n'est pas plus proche génétiquement des populations suivantes de l'Altiplano colombien que de toute autre population sud amérindienne suggérant un total remplacement de population entre 6000 et 2000 ans sur l'Altiplano colombien.

Les auteurs ont ensuite utilisé le logiciel ADMIXTURE pour comparer le profil génétique des anciens colombiens avec d'autres individus amérindiens. Les résultats confirment que le profil génétique des anciens chasseurs-cueilleurs de Colombie est différent de celui des populations suivantes. Le profil de ces populations colombiennes suivantes sont très similaires. Ils possèdent notamment une composante jaune qui est présente au Panama il y a 1400 à 600 ans ainsi qu'au Venezuela il y a 2400 ans:



Les statistiques f3 et f4 montrent une forte continuité génétique en Colombie entre les périodes Herrera et Muisca il y a 2000 à 500 ans.

Les auteurs ont ensuite réalisé une analyse multi-dimensionnelle pour comparer tous les génomes amérindiens du sud et du centre. Pour cela ils ont moyenné tous les chasseurs-cueilleurs du site de Checua d'une part et ensuite tous les colombiens des périodes Herrera et Muisca d'autre part. Le résultat ci-dessous montre l'existence de trois clusters différents: les populations des Andes en bas à gauche, les populations du cône sud américain en haut à gauche et les populations des Caraïbes à droite. Les chasseurs-cueilleurs de Colombie se trouve au centre de la figure alors que les colombiens des périodes Herrera et Muisca de l'Altiplano se positionnent à proximité des anciennes populations du Panama et du Venezuela confirmant les résultats de l'analyse avec le logiciel ADMIXTURE:



De plus la réalisation d'une Analyse en Composantes Principales indique que les anciennes populations Vénézuélienne et Colombienne se trouvent en position intermédiaire entre les anciennes populations du Panama et les autres populations sud amérindiennes.

Une étude précédente a montré une forte similarité génétique entre les anciennes populations du Panama et les locuteurs actuels des langues chibchanes, particulièrement ceux du Panama et du Costa-Rica. La statistique f4 montre que les anciens individus du Panama sont plus proches des actuels locuteurs des langues chibchanes que les anciens colombiens des périodes Herrera et Muisca. Cependant parmi les populations amérindiennes actuelles, les anciens colombiens sont le plus proche génétiquement des locuteurs des langues chibchanes, notamment des populations de l'isthme comme les Cabécar du Costa Rica. En Colombie, les populations amérindiennes actuelles du nord et de l'ouest sont le plus proche des anciens colombiens de l'Altiplano.