Généalogie génétique

La civilisation égyptienne a développé une architecture monumentale et un système de croyances stable pendant des millénaires entre 3150 et 30 av. JC. A la suite de la réunification politique de l’Égypte à la fin du quatrième millénaire av. JC., l'Ancien Empire a connu des progrès considérables dont la construction des premières pyramides. Cette population est considérée d'origine locale avec une contribution limitée des régions voisines. Pourtant, des preuves archéologiques plus récentes montrent que des liens commerciaux existaient à travers le Croissant fertile depuis au moins le sixième millénaire avant notre ère, voire plus tôt, avec l'avènement du paquet néolithique. Les échanges culturels ont continué à se développer jusqu'à la fin du quatrième millénaire avant JC. avec l'émergence de la civilisation sumérienne de Mésopotamie. Cette période coïncide avec l'apparition d'innovations supplémentaires en Égypte comme le tour de potier et les premières traces d'écriture hiéroglyphique sous forme d'étiquettes en ivoire dans la tombe U-j à Abydos, datées entre 3320 et 3150 av. JC.

Adeline Morez Jacobs et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Whole-genome ancestry of an Old Kingdom Egyptian. Ils ont séquencé le génome d'un ancien individu égyptien issu du cimetière de Nuwayrat localisé à côté du village de Beni Hasan situé 265 km au sud du Caire et daté à la limite entre la période archaïque et l'Ancien Empire:



La datation radiocarbone sur les restes osseux de cet individu a fourni une date située entre 2855 et 2570 av. JC. en accord avec les données archéologiques qui indiquent une période située entre les troisième et quatrième dynasties de l'Ancien Empire Égyptien. Le squelette était placé dans une grande jarre située à l'intérieur d'une tombe taillée dans la roche. Ce traitement était normalement réservé aux individus d’une classe sociale supérieure par rapport aux autres personnes présentes sur le site.

Les premiers résultats génétiques suggèrent que l'individu de Nuwayrat avait les yeux bruns, les cheveux bruns et une pigmentation de la peau allant de la peau foncée à la peau noire. Il s'agissait d'un homme dont la taille était située entre 1,57 m et 1,61 m. Il avait de plus entre 44 et 64 ans à sa mort. Des signes et divers indicateurs de stress musculo-squelettiques induits par l'activité ont révélé qu'il avait subi une période prolongée de travail physique, apparemment en contraste avec son enterrement dans une tombe de haut rang.

Le résultat des analyses isotopiques montrent que cet individu a grandi dans le climat chaud et sec de la vallée du Nil. Son alimentation était omnivore basée sur des protéines d'animaux terrestres et des plantes comme le blé ou l'orge.

Les auteurs ont ensuite réalisé une Analyse en Composantes Principales pour comparer le génome de cet individu avec d'autres génomes anciens ou modernes. Les résultats indiquent que l'individu de Nuwayrat est similaire génétiquement aux individus actuels d'Afrique du nord ou d'Asie du sud-ouest:



Ces résultats sont confirmés par l'analyse avec le logiciel ADMIXTURE:



Son haplogroupe du chromosome Y est E1b1b1b2b et son haplogroupe mitochondrial est N1a1b2, tous les deux communs aujourd’hui en Afrique du nord et en Asie du sud-ouest. Enfin le génome de cet individu ne présente pas de consanguinité récente dans son ascendance.

Les auteurs ont ensuite utilisé le logiciel qpAdm pour modéliser des mélanges génétiques entre anciennes populations dans l'individu de Nuwayrat. Ils ont ainsi pu montré que cet individu pouvait être modélisé comme issu d'un mélange génétique entre une population du néolithique moyen du Maroc à Skhirat-Rouazi (77,6%) et une population du néolithique de Mésopotamie (22,4%). Deux modèles à trois sources conviennent également un incorporant en plus des deux sources précédentes, une population du néolithique ou du chalcolithique du Levant (4,7%). La source du néolithique Marocain suggère que cette ascendance devait être répandue dans toute l'Afrique du nord. On pourrait ainsi supposer que l'individu de Nuwayrat était issu d'un mélange génétique entre une population locale du néolithique égyptien et une ou deux sources issues d'Asie du sud-ouest. Or la source du néolithique moyen marocain avait déjà été modélisée comme issue d'un mélange génétique entre une population ibéro-maurusienne locale et une source Levantine. Par conséquent on peu supposer que plusieurs vagues de migration venues d'Asie du sud-ouest sont arrivées en Afrique du nord à des dates successives.

Les auteurs ont ensuite comparer le génome de l'individu de Nuwayrat avec celui d'individus de la troisième période intermédiaire égyptienne préalablement publiés par Verena Schuenemann en 2017. Les résultats montrent que ces individus peuvent être modélisés comme issu d'un mélange génétique entre l'individu de Nuwayrat et une population Levantine de l'Âge du Bronze. Cette dernière source confirme l'influence de l'expansion cananéenne de l'âge du bronze jusqu'en Égypte.

Enfin les auteurs ont comparé le génome de la population actuelle d’Égypte avec le génome de l'individu de Nuwayrat. Ils ont ainsi montré que la population actuelle est issue de cinq sources distinctes: Nuwayrat (32,1 à 74,7%), la population du néolithique moyen du Maroc (28,9 à 72,7%), une population de l'Âge du Bronze du Levant (11,6 à 57,1%), l'individu d’Éthiopie du site de Mota daté de 4500 ans (7,4 à 56,0%) et deux individus du Congo vieux d'environ 230 ans (4,8 à 52%). 52.0%)