La Colombie est directement reliée à la région sud de l'Amérique Centrale. Ainsi, depuis les temps préhistoriques, la Colombie a été sujet à de nombreux flux de gènes apportés par les différentes migrations Amérindiennes. Cela se traduit par une forte diversité génétique de sa population qui a également subi des mélanges génétiques issus de populations Européennes et Africaines à partir de la fin du 15ème siècle.

La région des Andes a vu prospérer la civilisation Chibcha, le troisième groupe Amérindien après les Aztèques et les Incas. La région des Caraïbes se différencie des autres régions par sa population ethnique très diverse. Ces deux régions sont les plus peuplées de la Colombie. Les trois autres régions sont la région Pacifique, la région Orinoquía et la région Amazonienne dont la superficie est la plus importante, mais également la moins peuplée.

L'arrivée des Européens a provoqué différents taux de mélanges entre les populations Amérindiennes, Européennes et Africaines.

Humberto Ossa et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Outlining the Ancestry Landscape of Colombian Admixed Populations. Ils ont analysé 46 marqueurs autosomaux sur 761 échantillons répartis sur le territoire Colombien. Le plus grand nombre d'échantillons est issu de la région des Andes car cette région est la plus densément peuplée. Elle a été ensuite divisée en six sous-régions:
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Les auteurs ont également introduit dans cette étude les résultats précédemment publiés obtenus sur 121 échantillons appartenant à cinq populations Amérindiennes de Colombie: la première est de la région Cauca, la deuxième est le groupe des Emberá-Chami qui vivent dans le département Antioquia, la troisième est de la région Guainía, la quatrième est le groupe des Motilón-Barí qui vivent dans le Norte de Santander et la cinquième est le groupe des Pijao qui vivent dans le département Tolima. Ces populations appartiennent à différents groupes ethniques et linguistiques.

Les auteurs ont utilisé le logiciel ADMIXTURE avec un coefficient K=3 pour séparer les ascendances Amérindienne, Européenne et Africaine. Les proportions de ses ascendances varient d'une région à l'autre de la Colombie:
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L'ascendance Européenne est majoritaire dans les régions des Andes, des Caraïbes et Orinoquía. L'ascendance Africaine est majoritaire dans la région Pacifique et l'ascendance Amérindienne est majoritaire dans la région Amazonienne. La forte proportion d'ascendance Européenne dans la région des Andes est en accord avec les données historiques car durant la colonisation Européenne la rivière Magdalena située dans les Andes, a servi d'accès principal vers l'intérieur des terres. La forte proportion Amérindienne dans la région Amazonienne est liée à l'isolation de cette région. Les proportions d'ascendance dans la région Amazonienne est équivalente à ceux issus du groupe Amérindien des Pijao.

Toutes les sous-régions de la régions des Andes sont caractérisées par une prédominance de l'Ascendance Européenne:
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L'Ascendance Amérindienne arrive en seconde position devant l'ascendance Africaine. La région Centrale Ouest montre la plus forte proportion d'ascendance Européenne et la plus faible proportion d'ascendance Amérindienne. La plus forte proportion d'ascendance Africaine se trouve dans la région Ouest qui est aussi la plus proche de la région Pacifique. Les plus fortes proportions d'ascendance Amérindienne se trouvent dans les deux régions situées le plus au sud.

Les auteurs ont également effectué une analyse Multi-Echelles basée sur la distance génétique:
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Les populations Amérindiennes se situent à gauche, la population Africaine en haut à droite et la population Européenne en bas. La région Pacifique est plus proche de la population Africaine, la région Amazonienne est plus proche de la population Amérindienne et les régions des Andes, des Caraïbes et Orinoquía sont plus proche de la population Européenne.