Généalogie génétique

La construction des tombes mégalithiques a cessé dans le nord-ouest de l'Europe à la fin du quatrième millénaire av. JC. pour des raisons inconnues. Ces tombes étaient nombreuses durant le Néolithique notamment dans le bassin parisien. C'était des tombes collectives avec différentes architectures selon la région de l’Europe. Dans le bassin parisien elles sont en forme de coffre allongé fait de dalles de pierre et elles sont appelées: allées sépulcrales. Le déclin à grande échelle de la construction de ces tombes à la fin du quatrième millénaire av. JC. pourrait être lié soit à un changement culturel soit à un déclin de la démographie. Les dernières recherches ont tendance à privilégier la seconde hypothèse. Les différentes raisons invoquées pour expliquer ce déclin démographique est soit une sur-exploitation de l'environnement aboutissant à une forte déforestation et à un appauvrissement des sols, soit des épidémies résultant de la proximité des hommes avec les animaux.

La tombe mégalithique de Bury est située à 50 km au nord de Paris. Il s'agit d'un exemple classique d'allée sépulcrale. Elle abrite les restes de 316 individus divisés en deux phases chronologiques successives. La première phase s'étend principalement entre 3200 et 3100 av. JC. Les corps y sont allongés sur le dos, la tête placée au sud et le corps aligné dans la direction de la tombe. La seconde phase est plus longue. Elle s'étend du début du troisième millénaire av. JC. jusqu'à 2470 av. JC. et se caractérise par des positions corporelles fléchies sur le côté sans orientation privilégiée:



Frederik Seersholm et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Population discontinuity in the Paris Basin linked to evidence of the Neolithic decline. Ils ont analysé le génome de 182 individus de l'allée sépulcrale de Bury appartenant aux deux phases d'occupation de cette tombe.

L'étude des sexes de ces individus montre qu'il y a beaucoup plus d'hommes que de femmes. Ainsi dans la phase 1, il y a 71% d'hommes et dans la phase 2, il y en a 73%. Ce déséquilibre concerne aussi bien les adultes que les enfants suggérant des traitements différentiés des sépultures selon le sexe. L'analyse des marqueurs uniparentaux montre une forte diversité mitochondriale durant les deux phases et une faible diversité des chromosomes Y. Alors que la phase 1 est caractérisée par les haplogroupes du chromosome Y: H2a1 et I2a1a2, la seconde est limitée à l'haplogroupe I2a2a2.

Les auteurs ont effectué une Analyse en Composantes Principales pour comparer ces différents génomes à d'autres anciens génomes de la région. Les résultats montrent que tous les individus de Bury se situent dans la diversité des fermiers d'Europe. Cependant ceux de la phase 1 (symboles marrons) sont très diversifiés alors que ceux de la phase 2 (symboles verts) sont plus regroupés entre eux:



Les auteurs ont ensuite analysé les segments Identiques par descente (IBD) pour étudier d'éventuels liens entre individus. Les résultats montrent que les individus se regroupent entre eux en fonction de leur phase suggérant deux populations indépendantes. La population de la phase 1 était de plus petite taille que celle de la phase 2. De plus les individus de la phase 1 montre des ascendances avec diverses populations du néolithique ancien d'Europe de l'ouest expliquant l'hétérogénéité de cette phase, alors que les individus de la phase 2 présentent une ascendance importante venue de la péninsule ibérique suggérant une migration vers le nord des fermiers du sud à partir de 2900 av. JC.

Les auteurs ont ensuite étudier les relations familiales entre individus. Les résultats montrent que les trois quarts des individus de la phase 1 sont reliés au premier ou au second degré alors qu'une part importante des individus de la phase 2 n'ont pas de relation familiale. De plus il n'y a aucun lien de parenté entre les individus de la phase 1 et ceux de la phase 2:



Les auteurs ont reconstruits 14 arbres généalogiques en tout, dont sept dans chacune des phases. Ces arbres varient en taille avec un grand qui s'étend sur 5 générations dans la phase 1 et des petits qui comprennent seulement deux individus. Dans la phase 1, aucun homme ne vient de l'extérieur: ils descendent tous d'autres individus de Bury. A l'opposé toutes les femmes sauf une de la phase 1 ont des liens familiaux qu'avec leurs enfants. Elles viennent toutes de l'extérieur suggérant une forte exogamie féminine dans cette société. L'arbre 1.A est le plus grand. Il est composé de 29 individus. Tous les hommes de cet arbre sont de l'haplogroupe du chromosome Y: H2a1. Trois frères forment la seconde génération. L'un deux a quatre fils dont deux ont leur génome séquencé. Les résultats de ces deux génomes montrent de longs segments homozygotes suggérant que leurs deux parents étaient reliés au troisième degré:



Dans la seconde phase il n'y a que deux femmes reliées au premier degré avec un autre individu: une mère et son fils et une femme avec son frère. Dans cette phase, une proportion plus élevée d'individus totalement sans lien de parenté suggère un type d'organisation différent avec un nombre beaucoup plus élevé de parents non biologiques inclus dans la tombe:



Tous ces résultats montrent que cette tombe a été utilisée par des société structurées différemment d'une phase à l'autre: de grandes familles dans la première phase et des plus petites dans la seconde avec un plus grand nombre d'individus sans aucune relation biologique. De plus il n'y a pas de corrélation entre les liens de parentés et la position des corps dans la tombe.

Les auteurs ont ensuite recherché d'éventuels pathogènes dans les génomes de ces individus. Ils ont ainsi mis en évidence quatre microbes: Yersinia enterolitica (n = 8), Yersinia pestis (n = 4), Borrelia recurrentis (n = 2) et Human alphaherpesvirus 1 (n = 1). Yersinia pestis est l'agent de la peste qui est présent chez trois individus de la phase 1 et un seul individu de la phase 2. Le pathogène Yersinia enterocolitica est responsable d'une entérite aiguë s'accompagnant de fièvre, diarrhées et douleurs abdominales. Le pathogène Borrelia recurrentis est responsable de fièvres récurrentes. Enfin Human alphaherpesvirus 1 est responsable de l'Herpès, une maladie contagieuse par simple contact buccal et responsable d'affection de la peau, des muqueuses et parfois du système nerveux, caractérisée par des crises d'éruption vésiculeuse de boutons groupés.