lundi 21 octobre 2024

Génome d'un ancien énéolithique issu du cimetière de Nalchik situé au nord du Caucase

A la fin du septième et au début du sixième millénaire av. JC., le processus de néolithisation en cours en Asie de l'ouest a atteint les plaines situées au sud du Caucase. Ainsi, les anciens sites de Shulaveri, Shomutepe et Aratashen sont situés dans les vallées Kura et Araxes. Il n'y a pas de preuve archéologique qui indique que le Néolithique est passé au nord du Caucase à cette période. Jusqu'à la fin du sixième millénaire av. JC. la densité de population au nord du Caucase est restée très faible. Dans ce contexte, l'apparition de nombreux sites Néolithiques comme ceux de Darkveti et Meshoko, au nord du Caucase au début du cinquième millénaire av. JC. ressemble à une explosion démographique. La question de l'origine de cette population est importante à résoudre pour comprendre le processus de néolithisation du nord du Caucase et de la région des steppes d'Europe de l'est. Cette région comprends environ trois douzaines de sites dont trois seulement ont livré une sépulture. Parmi ces derniers la grotte Unakozovo a livré des ossements dont le génome a été préalablement publié.

K.V. Zhur et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Human DNA from the oldest Eneolithic cemetery in Nalchik points the spread of farming from the Caucasus to the Eastern European steppes. Ils ont analysé le génome d'un individu énéolithique issu de la tombe 42 du cimetière de Nalchik et daté entre 5000 et 4800 av. JC. Il s'agit de l'individu énéolithique le plus ancien situé au nord du Caucase dont on a analysé le génome. Ce cimetière a été fouillé en 1929. Il appartient à la culture Darkveti-Meshokov et semble avoir des connections avec les sites de type Khvalynsk situés au bord de la Volga. Ces événements pré-datent de mille ans la culture de Maikop qui existera plus tard entre 3700 et 2900 av. JC. et de 1500 ans la culture Yamnaya des steppes. Les auteurs de cette étude pensent que la population de la culture Darkveti-Meshokov est à l'origine de la néolithisation du nord Caucase mais aussi de la région de la Volga et du Don des steppes Pontiques.

2024_Zhur_Figure1.png, oct. 2024

Les résultats montrent que cet individu était un homme d'haplogroupe mitochondrial T2c1a1 et d'haplogroupe du chromosome Y: R1b-L1068. Les auteurs ont ensuite réalisé une Analyse en Composantes Principales pour comparer le génome de Nalchik à d'autres anciens génomes de la région. Dans la figure ci-dessous la première composante sépare les génomes occidentaux des génomes orientaux et la seconde composante sépare les génomes septentrionaux des génomes méridonaux. De manière intéressante le génome de Nalchik se trouve en position intermédiaire entre les anciens génomes des steppes et les anciens génomes du Caucase. Les anciens individus énéolithiques de Progress 2 daté entre 4984 et 4802 av. JC. (PG2002: triangle rose pointe vers le haut), de Vonyuchka 1 daté entre 4337 et 4177 av. JC. (VJ1001: triangle marron pointe vers le haut) ainsi qu'un ancien individu de Khvalynsk II daté entre 5198 et 4853 av. JC. (ID434: triangle vert pointe vers le bas) sont positionnés à proximité de l'individu de Nalchik sur la PCA. Les génomes du site d'Unakozovskaya (triangle jaune pointe vers le haut) bien qu'appartenant à la même culture Darkveti-Meshoko se trouvent avec les autres génomes du Caucase:

2024_Zhur_Figure2.png, oct. 2024

Les auteurs ont également effectué une analyse avec le logiciel ADMIXTURE. La figure ci-dessous a été obtenue pour un ensemble de six composantes ancestrales. Ci-dessous le génome de Nalchik et ceux du site d'Unakozovskaya sont composés de trois composantes: néolithique d'Anatolie en violet, néolithique d'Iran et CHG en vert foncé et chasseurs-cueilleurs d'Europe (WHG+EHG) en orange. De manière intéressante les anciens génomes de la grotte Areni 1 possèdent le même profil génétique:

2024_Zhur_Figure3.png, oct. 2024

Par rapport aux génomes d'Unakozovskaya, celui de Nalchik possède davantage de composante des chasseurs-cueilleurs d'Europe (en orange) présente dans la steppe et moins de composante des fermiers d'Anatolie (en violet). Ces résultats sont confirmés par la statistique f4. La statistique f3 confirme également que les anciens génomes de Nalchik, mais aussi de Khvalynsk et Lebyazhinka possèdent de l’ascendance issu d'anciens individus des sites du néolithique précéramique (PPN) d'Anatolie. Ce flux de gènes venu du sud est donc arrivé dans les steppes dès le début du cinquième millénaire av. JC.

L'utilisation du logiciel qpAdm montre que le génome de Nalchik possède 25,2% d'ascendance issue des steppes. Les génomes des anciens individus du site de Khvalynsk II sont très hétérogènes. L'échantillon I0434 est plus proche des génomes du Caucase, alors que I0433 est plus proches des populations des steppes, et I0122 se trouve dans une position intermédiaire. Ils se trouvent sur un gradient dans lequel les composantes EHG décroissent et PPN s'accroissent, et inversement.

L'analyse des segments IBD montre que l' individu de Nalchik et l'individu I0434 de Khvalynsk II partagent deux longs segments récents et donc qu'ils sont relativement proches parents (au moins 5 arêtes d'écart sur un arbre généalogique):

2024_Zhur_Figure6a.png, oct. 2024

Le génome de l'ancien individu de Nalchik apporte des éléments sur la première vague de néolithisation des steppes durant la première moitié du cinquième millénaire av. JC. Bien que le modèle conventionnel est de proposer que ces anciens génomes soient composés des trois composantes: EHG, CHG et fermiers d'Anatolie, les auteurs ont mis en évidence que la composante des fermiers est mieux représentée par une composante néolithique précéramique. Ainsi les auteurs pensent que cette composante fermier vient davantage du nord de la Mésopotamie ou des monts Zagros plutôt que des versants sud du Caucase (sites de Shulavery, Shomutepe et Aratashen). Du point de vue archéologique, des céramiques connues des sites Chalcolithiques de la vallée de l'Araxes ou du haut bassin de l'Euphrate apparaissent dans les sites énéolithiques du nord du Caucase (Meshoko, Myskhako). De plus des sites du nord et du sud Caucase sont liés entre eux par la présence d'une céramique de type Sioni. Le site arménien de la grotte Areni, plus récent, est aussi inscrit dans cette tradition du Chalcolithique, de même que les génomes de ce site présentent des affinités avec le génome de Nalchik. Notamment la présence d'une composante EHG dans les génomes de la grotte d'Areni est une indication d'un reflux de gènes du nord vers le sud:

2024_Zhur_Figure7.png, oct. 2024

samedi 12 octobre 2024

Neuf mille ans de continuité génétique en Afrique du sud

2024_Gretzinger_Figure1a.png, oct. 2024

Les populations d'Afrique du sud hébergent aujourd'hui une diversité génétique dont certaines composantes remontent loin dans le passé comme le suggèrent les fossiles d'hommes archaïques qui remontent à environ 260.000 ans et les fossiles d'hommes modernes qui remontent à 120.000 ans. Durant  […]

Lire la suite

jeudi 3 octobre 2024

L'histoire génétique du Portugal

2024_Roca-Rada_Figure1.png, sept. 2024

La péninsule Ibérique située à l'extrémité sud-ouest de l'Europe, est une région isolée géographiquement. Les preuves archéologiques indiquent que cette région est occupée par l'homme depuis au moins 400.000 ans. Elle a par la suite joué un rôle crucial de refuge durant le dernier maximum glaciaire.  […]

Lire la suite

vendredi 27 septembre 2024

Analyse bio-archéologique d'un enfant du Paléolithique d'Italie

2024_Higgins_Figure1.png, sept. 2024

La fin du dernier maximum glaciaire est une période cruciale de grande transformation caractérisée par le début d'une amélioration du climat avec de nouvelles expansions humaines dans le sud de l'Europe et notamment en Italie. Ces changements apparaissent dans la culture matérielle, la technologie  […]

Lire la suite

dimanche 1 septembre 2024

Génomes anciens dans une sépulture collective du Néolithique du sud de la France

2024_Arzelier_Figure1.png, août 2024

L'utilisation de sépultures collectives est une caractéristique emblématique des sociétés de la seconde moitié du Néolithique en Europe occidentale. Dans le sud de la France, elle est courante à partir de 3500 av. JC. entre le chasséen et les multiples cultures qui émergent à la fin du Néolithique.  […]

Lire la suite

mardi 13 août 2024

Génomes anciens issus d'un site rituel de Chichén Itzá au Mexique

2024_Barquera_Figure1.png, août 2024

L'ancienne cité maya de Chichén Itzá est située dans le nord de la péninsule du Yucatán. Il s'agit d'un des plus grands et des plus iconiques sites archéologiques de Mésoamérique. Son expansion a eu lieu durant la fin de la période classique entre 600 et 800. Elle devient le centre politique  […]

Lire la suite

dimanche 11 août 2024

Infection par la peste sur six générations dans une communauté Néolithique de Scandinavie

2024_Valeur-Figure1.png, août 2024

L'émergence de l'agriculture durant le Néolithique a été accompagnée par un changement de mode de vie important. La densité de la population a augmenté drastiquement avec l'établissement d'habitats permanents de grande taille. Cependant cette croissance démographique s'est arrêtée subitement dans  […]

Lire la suite

samedi 27 juillet 2024

ADN ancien au Néolithique dans la région Égéenne

2024 Koptekin Figure 1.png, juil. 2024

La transition Néolithique en Eurasie occidentale est apparue en Asie de l'ouest entre 11.000 et 7000 av. JC. Les précédentes études de paléo-génétique ont montré que ce processus a émergé simultanément à travers des expérimentations culturelles des communautés de chasseurs-cueilleurs du croissant  […]

Lire la suite

samedi 22 juin 2024

Arrivée de l'ascendance des steppes à la fin du Néolithique en Europe

2024_Parasayan_Figure1A.png, juin 2024

En Europe à l'Holocène, deux transformations démographiques majeures ont eu lieu. La première est associée à l'arrivée de l'agriculture au début du Néolithique. La seconde est associée aux migrations issues des steppes Pontiques à la fin du Néolithique via la diffusion des cultures Cordée et  […]

Lire la suite

jeudi 6 juin 2024

Anciens génomes des premières élites celtes d'Europe Centrale

2024_Gretzinger_Figure1.png, juin 2024

L'Âge du Fer en Europe au nord des Alpes est caractérisé par deux cultures celtiques qui se sont succédées: la culture de Hallstatt entre 800 et 450 av. JC. et la culture de la Tène entre 450 et 50 av. JC. Un des cœurs géographiques de la culture de Hallstatt se situe à cheval entre l'est de la  […]

Lire la suite

jeudi 16 mai 2024

Origine paléo-génétique des premiers habitants de l'île de Chypre

2024_Heraclides_Figure1.png, mai 2024

Le croissant fertile qui s'étend du sud du Levant à l'est de l'Anatolie et plus loin vers la Haute Mésopotamie et les monts Zagros, a été le lieu d'émergence en Eurasie de l'ouest, de l'agriculture et de la domestication des animaux à la transition entre le Pléistocène et l'Holocène, il y a environ  […]

Lire la suite

lundi 13 mai 2024

Un ensemble d'arbres généalogiques révèle les pratiques sociales des anciennes communautés des Avars

2024_Gnecchi_Figure1.png, mai 2024

Entre le sixième et le début du neuvième siècle de notre ère, les Avars dominaient dans l'est de l'Europe Centrale. Originaires d'Asie du centre est, probablement issus du khanat des Ruanruan détruit par les Turcs, ils étaient un groupe de guerriers des steppes qui sont arrivés au nord du Caucase  […]

Lire la suite

mardi 23 avril 2024

Histoire génomique de la région nord Pontique entre le Néolithique et l'Âge du Bronze

2024_Nikitin_Figure1.png, avr. 2024

La région de la steppe et de la steppe boisée située au nord de la mer Noire, appelée région nord Pontique (NPR), a été proposée pour être le berceau de populations qui ont formé le noyau des langues Indo-européennes et qui se sont diffusées à travers l'Eurasie au début du troisième millénaire av.  […]

Lire la suite

samedi 20 avril 2024

Origine génétique des Indo-européens

2024_Lazaridis1_Figure 1a.png, avr. 2024

Entre 3300 et 1500 av. JC., la population du complexe archéologique Yamnaya et ses descendants se sont diffusés en Eurasie en différentes vagues de migration, contribuant à l'ascendance génétique des populations Européennes, d'Asie Centrale et du Sud, de Sibérie et du Caucase. La diffusion de la  […]

Lire la suite

mardi 9 avril 2024

Analyse génomique d'anciens Pieds-Noirs d'Amérique du Nord

2024_Rider_Figure1.png, avr. 2024

Les études sur le génome humain ont aidé la recherche historique en fournissant de riches informations sur les événements démographiques et l'histoire des populations Amérindiennes, notamment sur le peuplement initial des Amériques. Ainsi, les études de paléo-génétique sur d'anciens individus ont  […]

Lire la suite

vendredi 29 mars 2024

Portrait génétique de la culture Picène de l'Âge du Fer en Italie

2024_Ravasini_Figure1.png, mar. 2024

Avant l'unification de la péninsule Italienne sous le pouvoir Romain, les habitants de cette région se regroupaient en une variété de populations caractérisées par leur distribution géographique, leur identité culturelle et leur langue. L'Âge du Fer Italien entre le 10ème et le 3ème siècle av. JC.  […]

Lire la suite

samedi 16 mars 2024

Ascendance des steppes dans l'ouest de l'Eurasie et diffusion des langues germaniques

2024_McColl_Figure1.png, mar. 2024

La diffusion de l'ascendance des steppes il y a environ 5000 ans est supposée être à l'origine de la diffusion des langues Indo-européennes. Dans le nord de l'Europe, les langues germaniques constituent une composante importante du paysage linguistique avec les langues balto-slaves et  […]

Lire la suite

samedi 2 mars 2024

Génomes anciens des derniers chasseurs-cueilleurs de France

2024_Simoes_Figure1.png, mar. 2024

Le début de l'holocène daté de 11.700 ans coïncide avec de meilleures conditions climatiques qui ont impacté la vie des chasseurs-cueilleurs d'Europe. Cette période est caractérisée par des changements significatifs des pratiques socio-culturelles comme le montrent les vestiges d'habitats, les  […]

Lire la suite

jeudi 22 février 2024

Relations familiales dans un site du début de l'Âge du Bronze en Allemagne

2024_Penske_Figure1.png, fév. 2024

La culture d'Únětice du début de l'Âge du Bronze est datée en Allemagne centrale entre 2200 et 1550 av. JC. Elle est caractérisée par des changements significatifs dans l'économie et la stratification sociale qui ont conduit à l'émergence de chefferies. La distribution géographique de la culture  […]

Lire la suite

vendredi 16 février 2024

L'homme de Vittrup

2024_Fischer_Figure1.png, fév. 2024

Les restes fragmentaires du squelette d'un individu ont été retrouvés dans une tourbière située à Vittrup, dans le nord du Danemark, en 1915, avec un bâton en bois, une céramique et des os de bovins. Anders Fischer et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Vittrup Man–The life-history  […]

Lire la suite

- page 1 de 32