vendredi 20 mai 2022

Anciens génomes de la fin du Néolithique à Malte

L'importance du voyage sur la mer dans la préhistoire est claire au vu de la diffusion rapide de l'agriculture depuis le Proche-Orient le long des côtes Méditerranéennes jusqu'à la péninsule Ibérique, incluant la colonisation de Chypre dès 8600 av. JC. Cependant les considérations au sujet de la mer à cette époque ont changé entre une barrière ou un couloir d'échanges. Les premières études de paléo-génomique ont montré l'importance de la migration dans la diffusion du Néolithique en Europe, mais ont également illustré le retard aux échanges génétiques à cause de la mer dans certaines populations comme la Sardaigne de l'Âge du Bronze sans influx venu des steppes.

Les premiers habitats sur les îles de Malte remontent au Néolithique et sont datés du 6ème millénaire av. JC. Cette population a développé différentes phases culturelles montrant des échanges matériels avec l'extérieur, avant de décliner à partir de 3600 av. JC. lorsque la céramique et l'architecture ont commencé à montrer des traits distinctifs. Un exemple est le développement de sépultures creusées dans la roche comportant plusieurs chambres funéraires comme le cercle de pierres de Xagħra sur l'île de Gozo.

2022_Ariano_Figure1.jpg, mai 2022

Cette sépulture contenait les restes osseux de plusieurs centaines d'individus. Elle a subi plusieurs agrandissements avant d'être abandonnée vers 2500 av. JC.

Bruno Ariano et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Ancient Maltese genomes and the genetic geography of Neolithic Europe. Ils ont séquencé le génome de neuf anciens individus issus de la sépulture du cercle de pierres de Xagħra. Parmi ces échantillons trois ont donné des résultats de bonne qualité. Le plus ancien est une femme datée entre 2900 et 2750 av. JC, et les deux autres sont deux hommes datés entre 2550 et 2350 av. JC.:

2022_Ariano_Table1.jpg, mai 2022

Les anciens fermiers de Malte possèdent le plus d'affinité génétique avec les anciens individus du Néolithique ancien de Grèce et d'Italie. Les études précédentes ont montré que la proportion d’ascendance chasseur-cueilleur varie beaucoup dans la population du Néolithique d'Europe, notamment en fonction du temps. De manière intéressante les trois fermiers de Malte sont ceux qui possèdent le moins d'ascendance chasseur-cueilleur parmi la population de la fin du Néolithique en Europe: 6.8% ± 2.5%. Ce résultat suggère une isolation de ces populations insulaires en accord avec les résultats obtenus en Sardaigne qui montrent que la proportion d'ascendance chasseur-cueilleur est constante durant tout le Néolithique. De plus les résultats montrent également que ces génomes de Malte ne montrent pas de flux de gènes en provenance des populations Nord Africaines, des chasseurs-cueilleurs du Caucase ou des pasteurs des steppes.

L'analyse des segments d'homozygotie (ROH) montre que les trois génomes de Xagħra possèdent de nombreux longs segments. Notamment l'homme Xaghra9 est le second individu qui possède le plus de ces segments dans la population Néolithique d'Europe après un individu d'un dolmen de Newgrange en Irlande (NG10) qui était le fils d'un couple formé par un frère et une sœur:

2022_Ariano_Figure2A.jpg, mai 2022

Cependant Xaghra9 a un spectre de segments d'homozygotie qui est moins porté vers les très longs segments par rapport à l'individu de Newgrange. Pour essayer de comprendre ce spectre les auteurs ont simulé un grand nombre de génomes produit par des parents avec différents types de relations: frère/sœur, oncle/nièce, cousins, grand-parent/nièce, grand oncle/nièce, ...

2022_Ariano_Figure2B.jpg, mai 2022

Le résultat ci-dessus montre que l'individu Xaghra9 se situe en dessous de la plupart de ces points de simulation suggérant que cet individu de Malte est le résultat complexe de multiples unions consanguines. Il est possible que cet individu soit le fruit à la fois d'une union récente consanguine et d'une taille de la population ancestrale Maltaise historiquement petite. Cette dernière interprétation est supportée par le nombre de segments d'homozygotie également élevé chez les deux autres individus Maltais: Xaghra5 et Xaghra6. Les auteurs ont ainsi estimé la taille effective de la population de Xaghra a environ 515 individus. Ces résultats suggèrent pour les îles de Malte, un isolement, avec des réseaux d'accouplement largement confinés sur les côtes de l'île.

Les auteurs ont ensuite réalisé une Analyse en Composantes Principales limitée à la population Néolithique d'Europe. Le résultat met en évidence l'existence de trois clusters: l'ouest de la Méditerranée en bas à gauche (BQ=Basques, IB=péninsule Ibérique, MF=France méditerranéenne, SR=Sardaigne, NF=France du nord), l'est de la Méditerannée et l'Europe Centrale en bas à droite (AN=Anatolie, GR=Grèce, CE=Europe Centrale, BK=Balkans, ...) et les îles Britanniques en haut (GB=Grande Bretagne, IE=Irlande, OR=Orcades):

2022_Ariano_Figure4A.jpg, mai 2022

De manière intéressante comme pour les populations contemporaines, la répartition des populations Néolithiques d'Europe forme un reflet de la position géographique des peuples avec notamment le Nord de la France en position intermédiaire entre l'ouest de la Méditerranée et les îles Britanniques et l'Italie, Malte et la Sicile en position intermédiaire entre l'ouest et l'est de la Méditerranée. De manière intéressante l'Europe Centrale se positionne avec les populations Néolithiques de l'est de la Méditerranée suggérant que ces populations préhistoriques sont restées connectées durant tout le Néolithique. A l'inverse la seconde route de diffusion du Néolithique le long des côtes Méditerranéenne montre une nette différence entre les populations de l'est et de l'ouest de la Méditerranée, suggérant une perte de contact entre les populations d'un bout à l'autre de la Méditerranée, probablement liée à une taille de population migrante plus petite que celle qui s'est diffusée le long du Danube.

vendredi 13 mai 2022

L'origine génomique des premiers fermiers du Néolithique

2022_Marchi_Figure1.jpg, mai 2022

Le processus de Néolithisation commence en Asie du sud-ouest il y a environ 11.700 ans au moment où les plantes et les animaux sont pour la première fois domestiqués. L'agriculture et l'élevage se sont sont ensuite diffusés en Europe le long de deux routes principales: les côtes Méditerranéennes et  […]

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mardi 10 mai 2022

L'histoire génomique de l'Eurasie à l'Âge de Pierre

2022_Allentoft.Figure1A.jpg, mai 2022

La transition de la chasse et la cueillette vers l'agriculture et l'élevage représente un des plus dramatiques changements de mode de vie dans l’évolution de l'humanité. En effet, pendant des millions d'années nos ancêtres ont survécu grâce à la chasse et la cueillette. Il y a environ 12.000 ans  […]

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samedi 23 avril 2022

ADN ancien dans la nécropole Néolithique Normande de Fleury Sur Orne

2022_Rivollat_Figure1.jpg, avr. 2022

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vendredi 15 avril 2022

Évolution, diversité et écologie de la peste

2022_Valtuena_Figure1A.jpg, avr. 2022

Les plus anciens cas connus de peste datent d'environ 5000 ans. L'analyse des génomes de la bactérie Yersinia pestis suggère que la période entre 6000 et 4000 ans a été critique pour l'évolution et l'écologie de cette maladie. Quatre anciens lignages de Yersinia pestis ont été identifiés jusqu'à  […]

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jeudi 14 avril 2022

Origine des Avars du bassin des Carpates

2022_Ruscone_Figure1.jpg, avr. 2022

Les Avars sont arrivés dans le bassin des Carpates en 567 et 568 de notre ère. Leur empire gouverné par un Khagan a dominé l'est de l'Europe Centrale pendant 200 ans jusqu'à l'arrivée des Francs vers l'an 800. Les textes Byzantins indiquent que leur migration vers l'ouest a été déclenchée par  […]

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mercredi 6 avril 2022

Des mouvements de population à l'Âge du Bronze et à l'Âge du Fer sont à la base de l'histoire des populations du Xinjiang

2022_Kumar_Figure1.jpg, avr. 2022

Le Xinjiang est une région du nord ouest de la Chine qui a joué un rôle central dans l'échange de biens culturels, d'agriculture et de technologie entre les populations de l'ouest et de l'est de l'Eurasie. Cette région est entourée au nord par les montagnes de l'Altaï et au sud par les montagnes du  […]

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dimanche 3 avril 2022

Le cimetière Énéolithique de Khvalynsk sur les bords de la Volga

2022_Anthony_Figure2.jpg, avr. 2022

David Anthony et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: The Eneolithic cemetery at Khvalynsk on the Volga River. Ils résument les dernières découvertes archéologique effectuées sur le site de Khvalynsk et documentées dans des revues scientifiques russes, présentent et commentent de  […]

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jeudi 24 mars 2022

Génomes anciens dans la région Maya

2022_Kennett_Figure1.jpg, mar. 2022

Peu de choses sont connues au sujet de l'histoire des populations de la région sud-est du Mexique et du nord de l'Amérique centrale. Les premières études de paléo-génétique ont montré que les populations Amérindiennes de cette région descendent principalement de la plus méridionale des deux lignées  […]

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mercredi 23 mars 2022

Génomes anciens et modernes du peuple indigène Olhone de Californie

2022_Severson_Figure1.jpg, mar. 2022

Parmi les régions d'Amérique du Nord, la Californie est celle qui a le plus de diversité culturelle et linguistique, et la plus grande densité de peuples pré-colombiens avant l'arrivée des Européens. C'est notamment le cas dans la baie de San Francisco dont la région hébergeait plus de 15.000  […]

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samedi 19 mars 2022

Origine génétique des gaulois

2022_Fischer_Figure1A.jpg, mar. 2022

L'Âge du Fer tient une place importante dans l'histoire de France, car les gaulois sont présentés comme les ancêtres des français. Cet intérêt a conduit à de nombreuses recherches archéologiques décrivant les communautés de l'Âge du Fer à travers leur culture matérielle et leurs pratiques  […]

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jeudi 17 mars 2022

Histoire génétique du centre de la Méditerranée à l'Âge du Fer

2022_Moots_Figure2.jpg, mar. 2022

L'Âge du Fer est caractérisé par une augmentation de la mobilité en Méditerranée. Les progrès de la navigation ont permis des voyages plus fréquents sur la mer facilitant les réseaux d'interactions et les conflits entre les peuples. Au début de l'Âge du Fer, les cités-états phéniciennes et grecques  […]

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dimanche 13 mars 2022

Génomes anciens dans l'Himalaya

2022_Liu_Figure1.jpg, mar. 2022

Le plateau Tibétain est caractérisé par une faible pression atmosphérique, un terrain difficile, des températures froides et une faible productivité biologique. Malgré ces contraintes, les Tibétains se sont adaptés à cet environnement et vivent sur le plateau depuis des millénaires. Les données  […]

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vendredi 25 février 2022

ADN ancien et structure profonde de la population chez les chasseurs-cueilleurs d'Afrique subsaharienne

2022_Lipson_Figure1a.jpg, fév. 2022

Les modèles d'expression de la complexité du comportement humain au cours du Pléistocène supérieur (entre 125.000 et 12.000 ans) invoquent souvent le changement démographique. Vers 50.000 ans environ, les innovations technologiques et les comportements symboliques (tels que les ornements, les outils  […]

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mercredi 9 février 2022

Génomes anciens dans les Orcades au nord de l’Écosse

2022_Dulias_FigureS1.jpg, fév. 2022

A la faveur du réchauffement climatique, le Néolithique s'est diffusé dans les îles Britanniques à partir du sud en 300 ou 400 ans dès 4050 av. JC. Les nouveaux migrants en provenance du nord de la France ou de Belgique ont apporté le blé, l'orge, les moutons et les bœufs, ainsi que la céramique et  […]

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mardi 8 février 2022

Génomes anciens de Hongrie à l'Âge du Bronze

2022_Gerber_FigureS1.2.1.jpg, fév. 2022

Dániel Gerber et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Interdisciplinary analyses of Bronze Age communities from Western Hungary reveal complex population histories. Ils ont séquencé le génome de 19 individus issus du site archéologique de Balatonkeresztúr-Réti-dűlő situé à l'ouest  […]

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dimanche 6 février 2022

Structure génétique des populations de l'ouest de la France

2022_Alves_Figure1B.jpg, fév. 2022

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mardi 1 février 2022

Anciens génomes dans le Néolithique précéramique B de Haute Mésopotamie

2022_Altinisik_Figure1B.jpg, fév. 2022

Localisées entre le Tigre et l'Euphrate, les collines de Haute Mésopotamie abritaient les premiers chasseurs-cueilleurs sédentaires qui ont construit la première structure monumentale de Göbekli Tepe entre 9600 et 8000 av. JC., et domestiqué de nombreuses plantes et animaux comme le petit épeautre,  […]

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samedi 29 janvier 2022

Les échantillons français de l'étude de Patterson de 2021

2021_Patterson_Lieux.jpg, janv. 2022

L'étude de Patterson de 2021 intitulée: Large-scale migration into Britain during the Middle to Late Bronze Age avait mis en évidence une migration importante en Grande-Bretagne entre le milieu et la fin de l'Âge du Bronze. Cette étude avait séquencé le génome de 416 individus anciens de  […]

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jeudi 27 janvier 2022

La peste était présente en Grande-Bretagne il y a 4000 ans

2022_Swali_Figure1A.jpg, janv. 2022

La bactérie Yersinia pestis est l'agent pathogène cause de la peste qui peut être transmis par la piqûre d'une puce, ou d'un individu à l'autre par l'intermédiaire de gouttes respiratoires. Les études précédentes de paléo-génétique ont montré que cette bactérie s'est diffusée en Eurasie à la fin du  […]

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