Généalogie génétique

L'histoire des populations Sibériennes est importante pour éclairer l'origine des populations Eurasiennes et Amérindiennes. La Sibérie est peuplée depuis des centaines de milliers d'années. En effet l'homme de Neandertal est identifié dans la région entre 260.000 et 40.000 ans. De plus, une nouvelle espèce: l'homme de Denisova a été détecté récemment en Sibérie. Les traces de l'homme moderne remontent à 45.000 ans dont notamment l'os découvert récemment à Ust’-Ishim, et qui a été séquencé. Il présente des traces d'ADN de Neandertal. D'autres anciens restes humains ont produit de l'ADN ancien comme le garçon de Mal’ta vieux de 24.000 ans et le Sibérien de Afontova Gora vieux de 17.000 ans. Les analyses ont montré que 42% de l'ascendance des Amérindiens était issu de cette ancienne population Nord Eurasienne.

Les populations actuelles de Sibérie montrent une forte diversité génétique et culturelle. Dans la région de l'Oural, elles parlent des langues Ouraliennes divisées en langues Ougriennes et Samoyèdes. Dans la région Centrale et Orientale, elles parlent des langues Altaïques divisées en langues Mongoles, Toungouses et Turques:


Emily HM. Wong et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Reconstructing Genetic History of Siberian and Northeastern European Population. Ils ont séquencé le génome de 28 individus appartenant à 14 groupes ethniques de Sibérie et d'Europe de l'Est, ainsi que de 45 individus Mansi et 37 individus Khanty:


Les auteurs ont comparé ces échantillons à 892 individus d'Asie, d'Europe, de Sibérie et Amérindiens en effectuant une analyse en composantes principales:


La première composante permet de séparer les populations Européennes des populations Est Asiatiques. La seconde composante sépare les populations du Nord des populations du Sud.

Les auteurs ont ensuite utilisé le logiciel TreeMix:


Les populations de l'Ouest de la Sibérie: Khantys, Mansis et Nénètses apparaissent comme un groupe relié aux Européens, bien qu'ayant divergé précocement. De plus 43% de l'ascendance de ces populations est attribué aux Evenkis de Sibérie Orientale, et 38% de l'ascendance des Nénètses est issu des Evènes également de Sibérie Orientale. Ces résultats sont confirmés par la statistique D. Enfin 6% des populations de Sibérie Occidentale vient des Amérindiens. Ce résultat s'explique par un lignage Ancien Nord Eurasien (ANE) commun entre les Sibériens Occidentaux et les Amérindiens.

Ensuite les auteurs ont utilisé une méthode MSMC pour estimer les temps de divergence entre les différentes populations. Ainsi les résultats suggèrent que les populations de Sibérie Occidentale se sont séparées récemment il y a environ 4800 ans, donc après le mélange génétique avec les Evenkis estimés autour de 6800 ans. La séparation entre Français et les populations de l'Europe de l'Est remonte entre 7000 et 2300 ans.

Les Sibériens, les Amérindiens, les Est Asiatiques et les Kalmouks du bassin de la Volga en Russie, forment un groupe séparé. Ainsi les Bouriates, Iakoutes, Évènes, Evenkis et Altaïens forment une clade spécifique après leur divergence des Est Asiatiques il y a environ 8800 ans.

Les auteurs ont ensuite étudié les haplogroupes du chromosome Y et mitochondriaux à partir de 54 individus actuels et 8 anciens individus:


La divergence la plus ancienne correspond à la séparation de l'haplogroupe A il y a environ 131.000 ans. Ensuite l'haplogroupe Africain E diverge il y a environ 69.000 ans, fournissant une limite supérieure à la date de l'Out Of Africa.

L'arbre mitochondrial montre que la plus ancienne divergence correspond à celle de l'haplogroupe L0 à une date voisine de 124.000 ans:


Les trois premières divergences séparent des groupes Africains. Le plus récent est L2 daté d'environ 85.000 ans qui fournit là aussi une limite supérieure à l'Out Of Africa.

La divergence des haplogroupes Amérindiens est consistante avec la première colonisation des Amériques autour de 15.000 ans.

Les haplogroupes principaux Européens du chromosome Y sont I, J, R et N. Parmi ceux-ci, I est le plus ancien. Il diverge de sa clade sœur: J il y a environ 44.000 ans et se diffuse en Europe il y a au moins 29.000 ans. Ensuite K2 qui diverge de IJ, est ancestral à NO et à QR. L'ancien individu Ust’-Ishim est ancestral à la clade NO. L'haplogroupe Européen R se sépare en deux clades: R1a et R1b il y a environ 23.000 ans. R1b se retrouve principalement en Europe Occidentale, alors que R1a se retrouve en Europe de l'Est, mais aussi dans la région de l'Altaï et dans le Nord de l'Inde et au Pakistan. Ces derniers ont un ancêtre commun vieux de 5100 ans. L'haplogroupe du chromosome Y N s'étend de la Sibérie à l'Europe de l'Est, mais est le plus fréquent parmi les Iakoutes, les Nénètses et les Nganassanes. La divergence entre les haplogroupes N et O est estimée autour de 38.000 ans.

Les auteurs ont ensuite comparer les génomes Sibériens avec quinze ancien génomes. Notamment le logiciel TreeMix place l'individu de Ust’-Ishim avant la divergence entre Européen et Est Asiatiques. L'ancêtre commun aux Sibériens et aux Est Asiatiques reçoit 38% d'ADN de l'individu de Ust’-Ishim. Ces résultats sont confirmés par la statistique D. Les Amérindiens reçoivent 41% de leur ADN d'un lignage ANE représenté par les deux individus de Mal’ta et de Afontova Gora. De plus les groupes Sibériens Mansi et Nénètses se regroupent avec ces deux anciens individus. Ces résultats sont encore supportés par la statistique D. Les Mansis reçoivent 43% de leur ADN des Evenkis et des Evènes et 57% d'un lignage ANE. L'ancien individu du Groenland: Saqqaq vieux de 4000 ans est relié aussi bien aux Est Asiatiques et aux Sibériens Orientaux, notamment les Evènes. La statistique D montre également que les Mansis ont de l'ascendance issue des chasseurs-cueilleurs d'Europe de l'Est.

Les résultats de cette étude peuvent être résumé par la figure ci-dessous qui présente un modèle des dispersions des différentes populations Nord Eurasiennes:


Ce modèle indique que les hommes modernes ont quitté l'Afrique il y a environ 70.000 ans avant de diverger il y a environ 45.000 ans entre l'Europe et l'Asie Orientale. Notamment les Sibériens Orientaux ont divergé des Est Asiatiques il y a environ 10.000 ans. D'autre part, il y a un lien génétique entre les anciens Sibériens de Mal'ta et les Amérindiens, mais aussi avec les Sibériens Occidentaux comme les Mansis et les chasseurs-cueilleurs d'Europe de l'Est. Il faut noter également que les anciens Yamnayas ont une plus grande affinité ANE que les Mansis, mais également une plus grande affinité génétique avec les Mansis qu'avec les Européens Occidentaux, ou les Sibériens Orientaux. Cependant le flux de gènes de Sibérie Occidentale en Europe de l'Est prédate la culture Yamnaya puisque les chasseurs-cueilleurs d'Europe de l'Est ont déjà cette affinité génétique de Sibérie Occidentale.