Pueblo Bonito est situé dans le canyon Chaco au Nouveau-Mexique (USA). Ce site correspond à un centre politique et rituel d'une des plus anciennes sociétés complexes d'Amérique du Nord de la culture Anasazi. Pueblo Bonito est le plus grand site (650 pièces) parmi plus d'une douzaine situés dans le canyon Chaco:
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Une expansion de la population est survenue dans cette région entre l'an 800 et l'an 1130 de notre ère. A la fin du 9ème siècle, trois centres existent dans le canyon dont Pueblo Bonito. Ils sont plus d'une douzaine à la fin du 11ème siècle. Après l'an 1130 un rapide déclin de la population survient.

Les archéologues ont reconnu la complexité de la société du canyon Chaco et mis en évidence les inégalités et le grand pouvoir de certains individus. Cependant un débat s'est vite installé sur l'héritage ou non des privilèges de la classe dirigeante, débat notamment alimenté par le type de société matrilinéaire des héritiers de la culture des Pueblos: les Hopis.

En général, les individus étaient enterrés en dehors de la cité. Cependant, une crypte élaborée située dans la pièce 33 a marqué l'attention. Il ne fait aucun doute que les squelettes situés dans cette pièce appartenaient à une élite dirigeante. Ainsi le squelette 14 était un homme dans la quarantaine qui mourut après avoir reçut un coup fatal à la tête. Son corps était situé au centre de la crypte accompagné de milliers de perles de turquoise et de coquillage qui devaient former un collier et des bracelets situés aux poignets et aux chevilles. Il s'agit de la plus riche tombe Amérindienne découverte dans le Sud-Ouest de l'Amérique du Nord. Le corps était recouvert d'une épaisse couche de sable dans laquelle on a retrouvé deux céramiques. En haut de cette couche de sable on a retrouvé le squelette 13 d'un autre homme associé également à des milliers de perles de turquoise. Ces deux individus étaient recouverts d'un plancher en bois. Douze autre individus sont enterrés dans la crypte, par dessus le plancher. Leurs os étaient désarticulés et mélangés, et associés à des céramiques et à quelques perles de turquoise et de coquillage. De plus, dans les pièces adjacentes on a retrouvé des centaines de bâtons de cérémonie en bois, des dizaines de récipients cylindriques en céramique, des os d'aras rouges et des bijoux.

Douglas J. Kennett et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Archaeogenomic evidence reveals prehistoric matrilineal dynasty. Ils ont séquencé le génome des individus enterrés dans la pièce 33 de Pueblo Bonito, et les ont datés avec des méthodes de radiocarbone.

Ainsi le squelette 14, qui est le plus ancien, puisque situé dans la couche la plus basse, a été daté entre 800 et 850 de notre ère. Les résultats obtenus pour les autres individus montrent que les enterrements ont eu lieu régulièrement dans la crypte jusqu'à l'an 1130. Voir la figure a ci-dessous:
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Les résultats d'ADN mitochondrial ont montré que les neuf individus pour lesquels on a obtenu des résultats sur l'ensemble de la séquence ont le même haplotype qui correspond à l'haplogroupe B2y1. L'haplogroupe B2 a été observé à basse fréquence parmi les population Amérindiennes du Sud-Ouest de l'Amérique du Nord. Ces résultats indiquent que les membres de cette crypte appartenaient à une élite matrilinéaire qui a dirigé Pueblo Benito durant 330 années.

Les auteurs ont obtenus des résultats d'ADN nucléaire pour six individus. Ils ont ainsi identifié des relations généalogiques pour deux paires d'individus. Les squelettes 1 et 7 sont reliés au premier degré, les squelettes 8 et 10 sont reliés au premier ou au second degré (voir la figure b ci-dessus).

Enfin les auteurs ont déterminé le sexe pour huit individus: il y a cinq hommes et trois femmes (voir la figure c ci-dessus). Ces résultats sont totalement concordants avec les déterminations anthropologiques.

En conclusion, les auteurs ont montré que les individus 8 et 10 sont probablement une grand-mère et son petit-fils, alors que les individus 1 et 7 sont probablement une mère et sa fille. Ces deux relations mettent en valeur l'importance de l'héritage matrilinéaire dans la société Chaco tout le long de son existence. Cette société matrilinéaire est présente encore aujourd'hui dans les Pueblos de l'Ouest et les Pueblos du Rio Grande.