L'Indonésie est le quatrième pays le plus peuplé du monde. Elle est formée par un archipel qui comprend plus de 900 îles habitées et abrite une très forte diversité humaine. La plupart des plus de 700 langues parlées dans ce pays, appartiennent à la famille Austronésienne. L'archipel d'Indonésie, avec les Philippines et Taïwan forment les Îles du Sud-Est Asiatique (ISEA), une région maritime unique pour son rôle clef dans la dispersion et l'évolution de l'homme. Elle est au départ de la diffusion Néolithique qui a propagé la culture Austronésienne, puis a permis également la colonisation de Madagascar et de l'Océanie lointaine. Cette diffusion Néolithique Austronésienne prend sa source sur l'île de Taïwan entre 2500 et 2000 av. JC, atteint les Philippines entre 2000 et 1500 av. JC, Bornéo et les Célèbes (Sulawesi) entre 1500 et 1000 av. JC., puis la Mélanésie Occidentale entre 1350 et 750 av. JC.
Cette histoire est cependant plus complexe qu'un simple mouvement de gènes, de langues et de technologies à partir de Taïwan. Le substrat pré-Austronésien en Indonésie montre des influences continentales à partir du Sud-Est Asiatique. La Nouvelle-Guinée représente également un centre de domestication indépendant focalisé sur les fruits et les tubercules qui se sont propagés d'est en ouest. Le débat reste ouvert pour savoir si cette révolution Néolithique s'est effectuée par un mouvement de population et/ou par un transfert de langues, culture et technologie.
Georgi Hudjashov et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Complex Patterns of Admixture across the Indonesian Archipelago. Ils ont séquencé le génome de 498 individus appartenant à 25 populations de cette région. Ces données ont été fusionnées avec les génomes préalablement disponibles de cette région. Dans la figure ci-dessous, les échantillons du continent Asiatique sont en jaune, de Taïwan et des Philippines en bleu, d'Indonésie Occidentale en rouge, d'Indonésie Orientale en vert, de Mélanésie en violet et de Polynésie en turquoise:
Les auteurs ont réalisé une Analyse en Composantes Principales:
La première composante sépare les populations suivant un axe corrélé plus ou moins avec la géographie de l'ouest (à gauche) vers l'est (à droite).
Les auteurs ont ensuite réalisé une analyse avec le logiciel ADMIXTURE:
Dans la région il y a deux composantes principales: une composante continentale en jaune et une composante Papoue en violet. Une troisième composante souvent qualifiée d'Austronésienne apparait en bleu clair à partir de K=5. Il y a une claire différence entre l'Indonésie Occidentale qui comprend une forte proportion d'ascendance Austronésienne et quasiment pas d'ascendance Papoue, et l'Indonésie Orientale qui a peu d'ascendance Austronésienne et une forte proportion d'ascendance Papoue.
Les auteurs ont utilisé le logiciel fineStructure basé sur la similarité des haplotypes. Les échantillons de la région ISEA se regroupent alors suivant un dendogramme:
On peut ainsi mettre en évidence cinq groupes:
- Taïwan, les Philippines, Bornéo et Sulawesi
- l'Indonésie Occidentale (sans Bornéo et Sulawesi)
- l'Indonésie Orientale
- la Mélanésie
- la Polynésie
Les auteurs ont utilisé le logiciel GLOBETROTTER. Ils ont ainsi mis en évidence un flux de gènes Sud Asiatique dans la région ISEA daté de l'an 1200 à Sumatra, l'an 760 à Bali et de l'an 1060 dans les Philippines. Un flux de gènes Européen apparait dans la population des Philippines non Kankanaey daté de l'an 1710, à Tahiti daté de 1705 et au Tonga et à Samoa en 1820. Toutes les populations d'Indonésie Orientale montrent un signal identique de contact génétique entre une ascendance Papoue et une ascendance des Philippines ou d'Indonésie Occidentale, daté entre 185 av. JC et 360 ap. JC. Ce signal détecté reflète probablement l'interaction entre une population locale Papoue et une population étrangère Austronésienne en provenance des Philippines. Il est notable que cet événement soit daté bien après les preuves archéologiques associées à l'expansion Austronésienne dans la région, comme si les deux populations de chasseurs-cueilleurs et Néolithique étaient restées séparées pendant un certain temps, avant de se mélanger. D'autre part, les populations de Java et Bali montrent un contact supplémentaire avec une population continentale par rapport aux autres populations d'Indonésie Occidentale. Enfin les populations de Nias et Mentawai en Indonésie Occidentale montrent peu d'ascendance continentale ou Austronésienne, mais des preuves d'une forte isolation et d'une faible taille effective.
Les auteurs ont ensuite utilisé le logiciel MALDER pour savoir si la composante continentale a été introduite en Indonésie avec l'expansion Austronésienne ou avec une autre migration. Les résultats montrent qu'en Indonésie Orientale, la composante continentale est arrivée avec l'expansion Austronésienne. Les résultats sont moins nets pour les populations d'Indonésie Occidentale. Cependant la statistique f3 semble montrer que la composante continentale et la composante Austronésienne sont arrivées en même temps partout en Indonésie. D'autre part, la statistique f3 indique également que les populations de Java et Bali montrent des contacts génétiques supplémentaires avec le continent.
Les auteurs ont analysé les segments homozygotes et la diversité génétique des populations d'Indonésie. Le nombre de segments homozygotes est environ 5 fois supérieur aux valeurs trouvées sur le continent Asiatique, alors que la diversité génétique est comparable. Cependant deux populations d'Indonésie Occidentale: les Nias et les Mentawai montrent une faible diversité génétique ainsi qu'un excès de segments homozygotes signes d'une forte dérive génétique.
Enfin les auteurs ont montré que la distance génétique est fortement corrélée avec la distance linguistique en Indonésie.
