Généalogie génétique

Entre 1526 et 1875 environ 7 millions d'Africains ont été transportés en Amérique du Sud. D'après les archives, ils ont embarqué dans différentes régions côtières d'Afrique. Ainsi les populations d'origine Africaine de Guyane Française et du Suriname venaient principalement de la Côte de l'Or, du Golfe du Bénin et d'Afrique du Centre Ouest.

Les précédentes études génétiques des populations d'Amérique d'origine Africaine ont révélé des différences dans leurs proportions d'ascendance Africaine, Européenne et Amérindienne, leurs dates de mélanges génétiques et leur flux génétique biaisé en fonction du sexe.

Les communautés Noir Marron sont des descendants d'esclaves Africains qui se sont échappés et ont formé des villages d'hommes libres. Ainsi la communauté Noir Marron du Suriname et de Guyane Française est l'une des plus importantes en Amérique du Sud. Ils sont les descendants des esclaves Africains qui se sont échappés des plantations Hollandaises du Suriname durant les 16ème et 17ème siècles.

Cesar Fortes-Lima et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Genome-wide Ancestry and Demographic History of African-Descendant Maroon Communities from French Guiana and Suriname. Ils ont analysé le génome de 107 Sud Américains d'origine Africaine dont 71 Noir Marrons de Guyane Française et du Suriname (23 Aluku, 23 Ndjuka, 19 Saramaka et six Paramaka), 16 Afro-Brésiliens et 20 Afro-Colombiens:


Ils ont également analysé le génome de 124 Ouest Africains dont 19 Fon, 24 Bariba et 24 Yoruba du Bénin, 20 Ahizi et 17 Yacouba de Côte d'Ivoire et 20 Bwa du Mali. Ces résultats ont été fusionnés avec deux ensembles de génomes préalablement obtenus dont 157 individus des Caraïbes (ACB) et d'Amérique du Nord (ASW).

Les auteurs ont réalisé une analyse avec le logiciel ADMIXTURE. La figure ci-dessous donne le résultat obtenu pour une valeur de K=4:


Les Noir Marrons représentent la population Afro-Américaine qui contient le plus d'ascendance Africaine (98%). Elle est équivalente dans les quatre communautés à l'exception d'un individu Saramaka (90%) et un individu Ndjuka (79%). De plus cette population a un haut coefficient de consanguinité et un grand nombre de segments homozygotes, signes d'une forte isolation.

A l'inverse les Afro-Brésiliens ont 23% d'ascendance Européenne et 5% d'ascendance Amérindienne et les Afro-Colombiens ont 12% d'ascendance Amérindienne et 11% d'ascendance Européenne. Ils se sont donc mélangés beaucoup plus que les Noir Marrons.

Ces résultats se retrouvent également dans l'Analyse en Composantes Principales. Dans la figure ci-dessous les populations Africaines sont en rouge à gauche, les populations Européennes en bleu foncé en bas à droite et les populations Est Asiatiques en violet en haut à droite:


PEL sont les Péruviens de Lima, MXL les Mexicains de Los Angeles, CLM les Colombiens de Medellin et PUR les Portoricains. Les Noir Marrons représentés par des cercles gris sont bien la population la plus proche des populations Africaines.

D'autre part l'analyse avec le logiciel ADMIXTURE pour K=12 permet de mettre en évidence 12 ascendances distinctes. La figure ci-dessous donne le résultat pour les différentes populations d'ascendance Africaines:


La population Noir Marron (NM) est similaire à la population Africaine du Golfe du Bénin (population 5 Africaine ci-dessus).

Les auteurs ont ensuite masqué les ascendances Européenne et Amérindienne dans les populations Afro-Américaines et construit une nouvelle Analyse en Composantes Principales:


Les résultats montrent que les populations Noir Marron et Afro-Colombienne se superposent avec les populations du Golfe du Bénin et du Ghana. A l'inverse la population Afro-Brésilienne se superpose avec les populations Bantoues du Cameroun, du Gabon et d'Angola en Afrique du Centre Ouest. Ces résultats sont confirmés par une analyse des segments IBD.

Les auteurs ont ensuite utilisé le logiciel GLOBETROTTER pour estimer les dates de mélanges génétiques. Ainsi plusieurs vagues de mélanges ont été identifiées au 18ème siècle dans les différentes populations. Les Noir marrons ont reçu un flux de gènes Amérindien vers 1750 suivi d'un flux de gènes Européen vers 1775. Les Afro-Brésiliens ont reçu un flux de gènes Amérindien vers 1756 suivi d'un flux de gènes Européen vers 1796. Enfin les Afro-Colombiens ont reçu un flux de gènes Amérindien vers 1731 suivi d'un flux de gènes Européen vers 1749.

Ces flux de gènes sont biaisés sexuellement. Ainsi dans la population Afro-Brésilienne l'ascendance Européenne est plus masculine alors que les ascendances Africaine et Amérindienne sont plus féminine. Dans la population Afro-Colombienne les ascendances Européenne et Amérindienne sont plus masculine alors que l'ascendance Africaine est plus féminine.