Le Sahul a été colonisé il y a 65.000 ans. Cependant, il a fallu attendre 60.000 ans aux hommes pour aller au-delà des îles Solomon. Ainsi une population Néolithique Austronésienne a quitté Taïwan il y a environ 5500 ans, avant de se répandre en Proche Océanie formant la culture Lapita il y a 3300 ans. Elle s'est ensuite diffusée en Océanie Lointaine atteignant la Polynésie Occidentale il y a 2850 ans. Alors que la plupart des populations actuelles de Proche Océanie parle une langue Papoue, les populations d'Océanie Lointaine continuent de parler une langue Austronésienne.

Les études génétiques sur les populations actuelles du Pacifique Sud, montrent qu'elles sont constituées de 79 à 87% d'ascendance Austronésienne et de 13 à 21% d'ascendance Papoue. Cependant les haplogroupes mitochondriaux sont essentiellement Austronésiens alors que les haplogroupes du chromosome Y sont majoritairement Papous indiquant ainsi une migration Papoue composée essentiellement d'hommes.

Cosimo Posth et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Language continuity despite population replacement in Remote Oceania. Ils ont séquencé le génome de 19 anciens individus des îles Vanuatu (12), Tonga (3), de Polynésie Française (3) et des îles Solomon (1) datés entre 2600 at 200 ans:
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Ces données ont été comparées avec le génome de nombreux individus contemporains d'Océanie et d'Asie de l'Est. Les auteurs ont réalisé une Analyse en Composantes Principales. Dans la figure ci-dessous, les populations Est Asiatiques sont à gauche et les populations Papoue en bas à droite. Les anciens Lapita sont en haut à gauche alors que les Vanuatu contemporains (HO) sont situés à droite:
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Le schéma ci-dessus indique un remplacement complet de la population des Vanuatu avec le temps. Les auteurs ont également réalisé une analyse avec le logiciel ADMIXTURE:
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La figure b ci-dessus montre que dès 2500 ans, un individu d’ascendance uniquement Papoue est présent aux Vanuatu. Les anciens individus de Malakula s'étirent entre les anciens Lapita et les populations actuelles des Vanuatu (HO). Ainsi les Vanuatu montrent une augmentation progressive de l'ascendance Papoue au cours du temps.

La statistique D montre que la population d'ascendance Papoue la plus proche des anciens individus des Vanuatu vient de l'archipel de Bismarck, notamment en Nouvelle Bretagne.

Une analyse de graphe démographique montre que l'ancien individu TAN002 est probablement un ancien individu Papou non mélangé. La population représentée par TAN002 s'est ensuite mélangée à la population Lapita locale, ce qui explique la position des autres anciens individus des Vanuatu. Cependant des mélanges génétiques supplémentaires entre Papous et population locale sont nécessaire pour expliquer la position des anciens individus de Futuna et le plus récent ancien individu TAN001.

Le génome de deux anciens Lapita des îles Tonga est similaire à celui des anciens Lapita des îles Vanuatu et correspond à la dispersion Austronésienne initiale. Cependant, après cette première colonisations les populations des Vanuatu et de Tonga montrent des trajectoires différentes. En effet les habitants actuels des Tonga se situent entre les anciens Lapita et les populations des îles Solomon (voir la PCA ci-dessus). De plus le génome de trois anciens individus de l'île Ra’iātea en Polynésie Française du 18ème siècle, montre que ces individus ont plus d'ascendance Austronésienne (en bleu ci-dessus) que Papoue (en vert ci-dessus). Sur la PCA, ils sont proches de l'ancien individu des îles Tonga: LHA001. Ce dernier point suggère que le peuplement de la Polynésie de l'Est s'est fait à partir de la Polynésie de l'Ouest. De plus les individus des Tonga semblent avoir reçu leurs gènes d'une population issue des îles Solomon et non pas de Nouvelle Bretagne comme les habitants des Vanuatu.

L'analyse fine de nombreux génomes contemporains des Vanuatu montre une grande diversité de la population des îles Santo et Maewo situées au nord de l'archipel. Ces individus s'échelonnent entre les populations de Nouvelle Bretagne et des Tonga. A l'inverse les habitants des îles Malakula et Efate restent proche de la population de Nouvelle Bretagne. Dans ces îles, il y a donc un remplacement quasiment total de la population Austronésienne par une population Papoue, malgré le fait que ces gens ont gardé une langue Austronésienne. De plus la proximité génétique des populations des îles du Nord avec les populations Tonga pourrait refléter une expansion récente des populations Tonga vers l'Ouest.

Les auteurs ont ensuite utilisé le logiciel ADLER pour estimer les dates d'arrivée de l'ascendance Papoue dans les Vanuatu. Les résultats donnent une date voisine de 1700 ans pour les génomes contemporains, alors que l'estimation pour six anciens individus des Futuna et de Malakula donne une date de 2500 ans environ. Ces différences suggèrent un processus continu d'interactions à longue distance entre la Nouvelle Bretagne et les Vanuatu, plutôt qu'un seul événement démographique majeur.