La civilisation de la vallée de l'Indus (entre 2600 et 1900 av. JC.), ou civilisation harappéenne s'est développée au nord-ouest de l'Asie du Sud et était l'une des premières sociétés urbaines. Les cités principales étaient Harappa, Mohenjodaro, Rakhigarhi, Dholavira et Ganweriwala. Vasant Shinde et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: An Ancient Harappan Genome Lacks Ancestry from Steppe Pastoralists or Iranian Farmers. Ils ont séquencé le génome d'une femme du site de Rakhigarhi:
2019_Shinde_Figure1.JPG, sept. 2019

L'haplogroupe mitochondrial de cette femme est U2b2 qui n'a encore jamais été découvert dans un ancien individu. Parmi les populations contemporaines, cet haplogroupe est spécifique à l'Asie du sud.

Les auteurs ont ensuite réalisé une Analyse en Composantes Principales pour comparer le génome de cet individu avec les autres génomes d'individus anciens ou contemporains:
2019_Shinde_Figure2A.JPG, sept. 2019

La femme de Rakhigarhi (I6113) se situe sur un gradient défini par 11 anciens individus de deux sites d'Asie Centrale: Gonur au Turkmenistan et Shahr-i-Sokhta d'Iran de l'est. Ces individus ont été identifiés dans une étude précédentes comme des échantillons aberrants par rapport aux génomes des autres individus de ces deux sites archéologiques. Ces individus sont représentés sur la figure ci-dessus par des disques oranges cerclés de noir. L'individu I11042 est un ancien individu de Gonur non aberrant. Il se situe en dehors du gradient défini ci-dessus appelé gradient de la périphérie de l'Indus dans l'étude précédente.

Les auteurs ont ensuite réalisé une analyse avec le logiciel ADMIXTURE:
2019_Shinde_Figure2C.JPG, sept. 2019

La figure ci-dessus montre que la femme de Rakhigarhi est proche génétiquement des 11 individus du gradient de la périphérie de l'Indus. Elle inclut deux composantes principales reliées aux anciens Iraniens (en orange) et aux chasseurs-cueilleurs d'Asie du Sud (en rouge). Aucun de ces individus ne possède la composante des fermiers d'Anatolie (en bleu clair). L'ascendance des fermiers d'Anatolie est également absente des anciens individus Iraniens chasseurs-cueilleurs ou pasteurs entre le 12ème et le 8ème millénaire av. JC.

Le logiciel qpAdm montre que les populations identifiées les plus proches des populations ancestrales de la femme de Rakhigarhi sont les pasteurs des monts Zagros en Iran (73%) et les chasseurs-cueilleurs des îles Andaman. Ces résultats sont équivalents à ceux obtenus pour les 11 individus du gradient précédemment identifié. Les individus outliers de Gonur et Shahr-i-Sokhta sont probablement des migrants de la vallée de l'Indus vers l'Asie Centrale. Il est probable que la composition génétique de la femme de Rakhigarhi était largement répandue dans les individus de la civilisation de la vallée de l'Indus. Les auteurs ont donc décidé de renommer le gradient génétique des onze individus de Gonur et Shahr-i-Sokhta et de la femme de Rakhigarhi, le gradient de la civilisation de la vallée de l'Indus. Ces individus ne possèdent pas d'ascendance des steppes. De plus, la proportion d'ascendance des chasseurs-cueilleurs de l'Asie du Sud dans les individus de la civilisation de la vallée de l'Indus est plus faible que dans les populations contemporaines.

Les auteurs ont ensuite comparé le génome des individus de la civilisation de la vallée de l'Indus avec des anciens individus du plateau Iranien, dont le chasseur-cueilleur de la grotte Belt dans les montagnes Alborsz vieux de 12.000 ans, les bergers de Ganj Dareh dans les monts Zagros vieux de 10.000 ans, les fermiers de Hajji Firuz dans les monts Zagros vieux de 8000 ans et les fermiers de Tepe Hissar en Iran du centre vieux de 6000 ans. Les résultats du logiciel qpGraph montrent que l'ascendance Iranienne incluse dans les individus de la civilisation de la vallée de l'Indus s'est séparée des anciens individus d'Iran avant leur divergence:
2019_Shinde_Figure3.JPG, sept. 2019

Ainsi la diffusion de la composante Iranienne dans la vallée de l'Indus est antérieure à la diffusion du Néolithique. La civilisation de l'Indus n'est donc pas issue d'une migration de fermiers d'Iran dans le nord-ouest de l'Asie du sud. La composante Iranienne de la vallée de l'Indus est donc issue de groupes de chasseurs-cueilleurs d'Iran. Une autre preuve de ces résultats réside dans l'absence de composante Anatolienne chez les individus de la vallée de l'Indus, alors qu'elle est présente chez les fermiers d'Iran à partir de 6000 av. JC. La faible proportion de composante Anatolienne chez les populations actuelles d'Asie du sud est donc issue de la diffusion de la composante des steppes qui s'est diffusée dans la région entre 2000 et 1500 av. JC.