L'amas coquillier de Rinnukalns est situé en Lettonie proche de la rivière Salaca qui se jette dans la mer Baltique. Cet amas est constitué de couches consécutives composées de coquilles de moules non brûlées, de coquilles de moules brûlées et d'os de poissons, qui ont été déposées par les hommes sur une période de 100 à 200 ans au quatrième millénaire av. JC. Au 19ème siècle, deux sépultures ont été découvertes dans cet amas qui contenaient les restes d'une jeune fille de 12 à 18 ans (RV 1852) et d'un homme de 20 à 30 ans (RV 2039):

2021_Susat_Figure1.jpg, juin 2021

Ces restes humains ont été redécouvert en 2011. Dans les années qui ont suivi de nouvelles fouilles ont permis la détection de deux autres sépultures dans ce même amas coquillier: un homme adulte (2017/1) et un nouveau né (2018/1). Tous ces restes ont été ensuite datés au radiocarbone entre 3300 et 3050 av. JC. Cet amas coquillier appartenait à un groupe de chasseurs-cueilleurs pêcheurs qui devait vivre de façon semi-permanente sur les rives de la rivière Salaca.

Julian Susat et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: A 5,000-year-old hunter-gatherer already plagued by Yersinia pestis. Ils ont testé l'ADN de ces quatre individus en recherchant notamment d'éventuels pathogènes. Ils ont ainsi identifié le génome de la bactérie Yersinia Pestis chez l'homme RV 2039:

2021_Susat_Table1.jpg, juin 2021

L'analyse phylogénétique du génome de Yersinia Pestis identifié chez l'homme de Rinnukalns montre qu'il est situé à la base de l'arbre:

2021_Susat_Figure3.jpg, juin 2021

La souche de Rinnukalns correspond à la plus ancienne divergence du génome de Yersinia Pestis après qu'il ait divergé du génome de Yersinia pseudotuberculosis. L'analyse avec le logiciel BEAST2 montre que cette dernière divergence date d'environ 7400 ans, soit au début du Néolithique. A cette époque cette bactérie ne se transmettait pas encore par la puce. Ce n'est que vers 1800 av. JC. que les mutations relatives à ce type de transmission sont apparues. Au quatrième millénaire av. JC., on ne sait pas quelles étaient les conséquences sur la population d'une telle infection.

Les tests génomiques ont montré que ces quatre individus ne sont pas de proches parents et que leur ascendance correspond à celle des chasseurs-cueilleurs Est Européens qui habitaient la région située entre la mer Baltique et les steppes Ponto-Caspiennes.