Généalogie génétique

Le virus de l'hépatite B a affecté en 2015, 257 millions de personnes dans le monde d'après l'OMS dont environ un million sont décédés. Il se transmet au contact des fluides du corps principalement lors de relations sexuelles ou dans des contextes périnataux. Il n'y a pas de réservoir environnemental ou chez des animaux. Par conséquent, ce virus se diffuse avec la dispersion des êtres humains. Les dernières études de paléogénétique ont permis de retrouver le virus de l'hépatite B dans des squelettes appartenant à différentes époques, notamment dans le Néolithique d'Europe.

Arthur Kocher et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Ils ont retrouvé le génome du virus de l'hépatite B dans 137 squelettes d'Eurasie et des Amériques datés entre 10.500 et 400 ans. La figure ci-dessous montre en A et B la position des différents échantillons anciens et en C la répartition actuelle des différents génotypes du virus:



Les auteurs ont construit la phylogénie des différents virus de l'hépatite B retrouvés. La figure ci-dessous montre que tous les anciens génomes Amérindiens (en bas) dont le plus ancien est daté de 9000 ans, sont localisés dans une branche sœur des génomes Eurasiens. La date de divergence entre les branches Eurasienne et Amérindienne est estimée entre 20 et 17.000 ans, en accord avec ce que l'on sait du peuplement des Amériques:



La découverte de virus de l'hépatite B en Europe et en Anatolie dès 10.000 ans montre que ce virus était largement répandu à cette époque en Eurasie occidentale. En effet, les plus anciens virus forment deux branches Européennes différentes dénommées Mesolithic 1 (Russie et Belgique) et Mésolithic 2 (Carélie, Suède, Luxembourg et Sicile) et une branche Anatolienne située entre les deux précédentes. Ainsi ce virus était présent dans les différents groupes de chasseurs-cueilleurs de la région.

Les données de cette étude montrent également que ce virus était largement répandu durant le Néolithique. Tous les échantillons de cette époque appartiennent à la même branche (en vert ci-dessus), séparées des branches contenant les échantillons issus d'individus du Mésolithique. Cette branche est appelée WENBA pour Western-Eurasian Neolithic–to–Bronze Age. Elle inclut les génomes du virus de l'hépatite B issus des individus du Néolithique et de l'Âge du Bronze d'Eurasie de l'ouest. Cela suggère que cette souche s'est diffusée avec l'arrivée des fermiers en Europe. De plus les données montrent qu'après une phase de développement initiale, la transmission du virus a atteint un équilibre entre 7500 et 3500 ans. D'autre part l'arrivée des pasteurs des steppes en Europe au 3ème millénaire av. JC. ne montre pas de changement significatif dans la diffusion du virus.



La dernière occurrence du lignage WENBA date de 3300 ans. Après cela il disparaît complètement pour être remplacé par le génotype A (disques rouge ci-dessus) qui apparaît dans l'est de l'Europe entre 5000 et 3500 ans. Vers 2500 ans le génotype D (disques bleu) apparaît dans les Alpes et dans les steppes. Ces changements suggèrent un remplacement important dans la dynamique épidémiologique de l'ouest de l'Eurasie à cette époque.

Cependant la branche WENBA n'a pas complètement disparue aujourd'hui puisque on la retrouve actuellement, bien que rarement, sous le terme génotype G (voir figure ci-dessus).