Le squelette de l'homme de Kennewick a été découvert fortuitement en juillet 1996 le long de la rivière Columbia dans l'état de Washington au nord-ouest des Etats-Unis. Les premières études ont affirmé que ce squelette était distinct des Amérindiens, notamment des tribus vivant dans la région, et datait du début de l'holocène. Cela a lancé une polémique car les tribus locales voulaient récupérer ce squelette afin de lui redonner une sépulture. La datation a été ensuite affinée et donne une valeur comprise entre 8690 et 8400 ans. Certains ont affirmé que ce squelette était plus proche morphologiquement des populations Ainu du Japon ou de Polynésie.

Morten Rasmussen vient de publier un papier intitulé: The ancestry and affiliations of Kennewick Man qui donne pour la première fois le génome du squelette de l'homme de Kennewick. Les résultats de l'ADN mitochondrial place l'individu à la racine de l'haplogroupe X2a:
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L'haplogroupe du chromosome Y est Q-M3:
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Ces deux marqueurs uni-parentaux se retrouvent pratiquement exclusivement chez les Amérindiens.

L'analyse de l'ADN autosomal montre que le squelette de Kennewick a une forte affinité avec les populations actuelles Amérindiennes:
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On peut ainsi rejeter l'hypothèse que l'homme de Kennewick est plus proche des Ainu ou des Polynésiens que des Amérindiens. L'Analyse en Composantes Principales le situe bien avec les populations Amérindiennes, et notamment plus proche des Amérindiens du Nord, alors que le squelette de Anzick était plus proche des Amérindiens du Sud et du Centre. L'analyse avec le logiciel ADMIXTURE situe l'homme de Kennewick très proche de la tribu Colville de l'état de Washington, et des Algonquins. Il faut cependant préciser que l'homme de Kennewick comme la population actuelle de la tribu Colville présente plus d'affinité génétique avec les populations Amérindiennes du Sud et du Centre qu'avec certaines populations Amérindiennes du Nord comme les Tchipewyans. Ce dernier point révèle une certaine complexité dans la structure génétique des Amérindiens du Nord.