vendredi 9 avril 2021

Le génome d'une femme moderne vieille d’environ 45.000 ans de Tchéquie

Aujourd'hui, seuls trois génomes d'homme moderne d'Eurasie vieux de plus de 40.000 ans sont disponibles: l'individu d'Ust’-Ishim en Sibérie, celui de Tianyuan en Chine et celui d'Oase en Roumanie. Kay Prüfer et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: A genome sequence from a modern human skull over 45,000 years old from Zlatý kůň in Czechia. Ils ont séquencé le génome d'un individu dont le squelette a été découvert entre 1950 et 1953 en Tchéquie dans les grottes de Koněprusy. Cet individu a été nommé Zlatý kůň du nom de la colline située au-dessus de ces grottes. L'analyse anthropologique du squelette permet de dire qu'il s'agit d'une femme:

2021_Prüfer_Figure1.jpg, avr. 2021

Le mobilier archéologique retrouvé dans ces grottes date du début du Paléolithique Supérieur, bien qu'aucun objet ne soit directement associé au squelette. Plusieurs tentatives de datation directes ou indirectes ont été effectuées menant à des valeurs comprises entre 15.000 et 34.000 ans. Ces résultats différents suggèrent une forte contamination des mesures radiocarbone probablement due à la présence de colle à base animale utilisée pour la préservation des ossements. La datation réelle pourrait donc être plus ancienne.

Les auteurs ont déterminé l'haplogroupe mitochondrial de cet individu: N:

2021_Prüfer_Figure2a.jpg, avr. 2021

Le nombre de mutations qui séparent cet individu d'autres anciens individus comme ceux de Bacho Kiro permet d'estimer l'âge de cet individu: environ 43.000 ans.

L'analyse du génome nucléaire confirme que cet individu est une femme. La découverte de la présence d'ADN de bovin indique que cet individu a été restauré avec de la colle animale à l'origine de la contamination des datations radiocarbone.

L'utilisation des statistiques f3, f4 et D montre que la femme de Zlatý kůň possède plus d'affinité génétique avec les populations Asiatiques et moins avec les populations Européennes contemporaines. Ce résultat n'est pas nouveau pour des anciens hommes modernes d'Eurasie et pourrait être dû notamment à la présence d'ascendance Basal Eurasian chez les populations Européennes. Cette dernière ascendance n'est pas présente chez les chasseurs-cueilleurs Européens, mais chez les anciens individus du Caucase du Proche-Orient et du Levant. Par contre l'individu de Zlatý kůň ne possède pas plus d'affinité génétique avec les chasseurs-cueilleurs Asiatiques qu'avec les chasseurs-cueilleurs Européens. Ainsi il se trouve à la base de la divergence entre les populations Européennes et Asiatiques, comme les anciens individus d'Ust’-Ishim et d'Oase. De plus l'individu d'Ust’-Ishim possède plus d'affinité génétique avec les anciens individus d'Eurasie plus récents, que la femme de Zlatý kůň suggérant ainsi que cette dernière fait partie d'une population qui a divergé plus tôt que la population représentée par l'individu d'Ust’-Ishim:

2021_Prüfer_Figure2c.jpg, avr. 2021

D'autre part la femme de Zlatý kůň possède 3,2% d'ADN de Néandertal. Cette valeur est nettement inférieure à l'ADN de Néandertal trouvé chez l'individu d'Oase mais légèrement supérieure aux autres anciens chasseurs-cueilleurs d'Eurasie:

2021_Prüfer_Figure3a.jpg, avr. 2021

Les auteurs ont également localisé les différents segments d'ADN de Néandertal à l'intérieur du génome de la femme de Zlatý kůň:

2021_Prüfer_Figure3b.jpg, avr. 2021

L'analyse de la répartition de la longueur des différents segments d'ADN de Néandertal permet d'estimer la date de mélange génétique entre les hommes modernes et l'homme de Néandertal parmi les ancêtres de la femme de Zlatý kůň. Ce mélange a eu lieu entre 70 et 80 générations avant le moment ou vivait cette femme. Cette valeur est inférieure à l'estimation qui avait été faite pour l'individu d'Ust’-Ishim pour qui le mélange génétique avait eu lieu entre 94 et 99 générations avant qu'il vivait. Si on considère que le mélange génétique qui a eu lieu chez les ancêtres de l'individu de Zlatý kůň est le même événement de mélange génétique qui a eu lieu chez les ancêtres de l'individu d'Ust’-Ishim, on en déduit que l'individu de Zlatý kůň doit être plus ancien que celui d'Ust’-Ishim vieux d’environ 45.000 ans.

Enfin l'analyse de différents marqueurs phénotypiques montre que la femme de Zlatý kůň ne pouvait pas digérer le lait, qu'elle avait la peau sombre et les yeux marrons.

jeudi 8 avril 2021

Génomes anciens des premiers hommes modernes d'Europe

2021_Hajdinjak_Figure1.jpg, avr. 2021

La transition en Europe du Paléolithique Moyen au Paléolithique Supérieur débute il y a environ 47.000 ans avec l'arrivée des premiers hommes modernes qui vont cohabiter avec Néandertal jusqu'à sa disparition il y a environ 40.000 ans. En Eurasie, on connaît le génome de seulement trois individus  […]

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vendredi 2 avril 2021

Mitogénomes anciens au Xinjiang

2021_Wang_Figure1.jpg, avr. 2021

Le Xinjiang situé dans le nord ouest de la Chine a longtemps été un carrefour important pour les migrations venues de l'ouest ou de l'est. Dès l'Âge du Bronze, cette région a hébergé différentes cultures venues des steppes, de Sibérie, d'Asie centrale ou du nord est de l'Asie. Wenjun Wang et ses  […]

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dimanche 28 mars 2021

Des génomes anciens des steppes d'Asie Centrale éclaircissent l'histoire des Scythes

2021_Gnecchi_Figure1.jpg, mar. 2021

La transition entre l'Âge du Bronze et l'Âge du Fer est un des événements les plus importants d'Eurasie. A l'aube du premier millénaire av. JC., des preuves archéologiques attestent de l'émergence de plusieurs cultures nomades dans les steppes entre la région Ponto-Caspienne et l'Altaï. Ces cultures  […]

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jeudi 11 mars 2021

Massacre dans une communauté Énéolithique de Croatie

2021_Novak_Figure1.jpg, mar. 2021

La violence est présente dans les sociétés humaines depuis au moins 13.000 ans comme le montrent les différents sites archéologiques dont les squelettes présentent de nombreuses traces de blessures. Le cimetière de Jebel Sahaba au Soudan en est le plus ancien exemple connu aujourd'hui. Un autre  […]

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lundi 22 février 2021

L'enrichissement de la capture du chromosome Y appliqué à l'haplogroupe H2

2021_Rohrlach_Figure1.jpg, fév. 2021

Les méthodes classiques de séquençage de nouvelle génération ne permettent pas d'obtenir de bons résultats sur le chromosome Y soit à cause de la faible couverture du chromosome Y dans les méthodes de séquençage soit pour le faible nombre de variants du chromosome Y inclus dans les matrices de  […]

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vendredi 19 février 2021

ADN ancien en Nubie durant la période chrétienne pré-islamique

2021_Sirak_Figure1.jpg, fév. 2021

Localisée le long du Nil entre Assouan en Égypte située près de la première cataracte et Khartoum, capitale du Soudan située près de la confluence des Nils bleu et blanc, la Nubie a longtemps été un corridor reliant l'Afrique Sub-Saharienne à l’Égypte et à l'Eurasie de l'ouest. Les preuves  […]

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mardi 9 février 2021

Génome d'un ancien individu d'Afrique du sud vieux de 200 ans

2021_Coutinho_Figure2.jpg, fév. 2021

Aujourd'hui les groupes Khoe-San vivent de façon éparse en Afrique du Sud et se divisent en San chasseurs-cueilleurs et Khoekhoe pastoralistes. Ils sont les descendants des populations Later Stone Age qui se sont mélangées avec les groupes de pasteurs issus d'Afrique de l'Est il y a entre 2000 et  […]

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mardi 26 janvier 2021

Génomes anciens dans un mégalithe de la culture de Wartberg en Allemagne

2021_Immel_Figure1.jpg, janv. 2021

En Europe Centrale, les communautés de fermiers et de chasseurs-cueilleurs ont probablement coexisté pendant des millénaires. Même si ces deux populations vivaient à proximité l'une de l'autre elles se sont très peu mélangées au début du Néolithique. Cette situation a changé dans la dernière partie  […]

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lundi 25 janvier 2021

Anciens génomes issus de la culture de Tiwanaku sur la rive sud du lac Titicaca

2021_Popovic_Figure1.jpg, janv. 2021

La culture de Tiwanaku est localisée à 3850 mètres d'altitude sur les rives sud du lac Titicaca. Elle a représenté un des sites les plus influents du sud des Andes entre 500 et 1000 après JC. Comme les autres cultures de la région, les pratiques rituelles ont forgé une certaine unité politique. Le  […]

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samedi 16 janvier 2021

ADN ancien dans la culture des sépultures individuelles du Danemark

2021_Egfjord_Figure1.jpg, janv. 2021

Les précédentes études d'ADN ancien en Europe ont montré que la culture Cordée a émergé en connexion avec la culture Yamnaya qui s'est diffusée vers l'ouest à partir des steppes Ponto-Caspiennes au début du troisième millénaire av. JC. Ce processus migratoire a changé pour toujours le paysage  […]

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mardi 12 janvier 2021

Génomes anciens à la fin du Néolithique et au Campaniforme en France

2021_Orlando_Figure1.jpg, janv. 2021

La transition entre le Néolithique Final et l'Âge du Bronze est le témoin d'un important changement de population et de société en Europe occidentale. Elle inclut notamment une contribution génétique massive des pasteurs des steppes dans la population locale. Cette transition a été beaucoup  […]

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vendredi 8 janvier 2021

ADN ancien en Asie du nord-est

2021_Kilinc_Figure1.jpg, janv. 2021

La Sibérie s'étend au nord-est de l'Asie entre les montagnes de l'Oural et l'océan Pacifique et des monts Saïan à l'océan Arctique. Les hommes modernes ont commencé a peuplé la région il y a 38.000 ans avant le dernier maximum glaciaire, en suivant la méga faune: mammouths, rhinocéros laineux et  […]

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lundi 28 décembre 2020

Histoire génomique des Caraïbes

2020_Fernandes_Figure1.jpg, déc. 2020

Avant l'arrivée des Européens, les Caraïbes sont peuplées par une mosaïque de communautés archéologiques connectées entre elles, depuis l'arrivée des premiers migrants à Cuba, Haïti et Porto Rico il y a environ 6000 ans. Les premières occupations qui définissent l'âge archaïque, sont caractérisées  […]

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mercredi 23 décembre 2020

Histoire génomique du Vanuatu

2020_Lipson2_Figure1.jpg, déc. 2020

L'Océanie proche composée de l'archipel de Bismarck incluant les îles de Nouvelle Bretagne et de Nouvelle Irlande, et les îles Salomon, est habitée par l'homme moderne depuis environ 50.000 ans. Par contre l'Océanie lointaine qui inclut le Vanuatu, la Nouvelle Calédonie, les Fidji, la Micronésie et  […]

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mercredi 16 décembre 2020

ADN ancien d'un squelette de la culture Andronovo à l'est des montagnes du Tian Shan

2020_Zhu_Figure1.jpg, déc. 2020

Durant le second millénaire avant notre ère, les steppes d'Asie Centrale ont été marquées par des mouvements de population fréquents. La culture Andronovo est la culture la plus représentative de cette période. Les habitants vivaient dans des maisons carrées ou circulaires. Ils construisaient des  […]

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vendredi 4 décembre 2020

Mobilité humaine à Tell Atchana en Turquie au second millénaire avant JC.

2020_Ingman_Figure1.jpg, déc. 2020

Le second millénaire av. JC. au Proche Orient est caractérisé par des échanges internationaux tant au niveau commercial qu'aux niveaux diplomatique et artistique, documentés par les vestiges archéologiques et les textes anciens. On a longtemps supposé que ces nombreux échanges étaient accompagnés de  […]

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jeudi 26 novembre 2020

Origine génétique des premiers fermiers Européens

2020_Marchi_Figure1.jpg, nov. 2020

L'origine de la diffusion de l'agriculture en Asie du sud-ouest est étudiée depuis plus d'un siècle. La sédentarisation, la culture et l'élevage ont émergé dans le croissant fertile après la phase climatique du refroidissement du Dryas récent entre 12.900 et 11.700 ans. Ce mode de production  […]

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samedi 7 novembre 2020

L'ADN ancien révèle une sépulture double de deux jumeaux monozygotes de la période Gravettienne

2020_Nicola_Figure1.jpg, nov. 2020

Entre 40.000 et 30.000 ans, la rive gauche du Danube à l'emplacement actuel de la ville de Krems en Autriche a été occupée sporadiquement par des groupes de chasseurs-cueilleurs. Ainsi, sur le site archéologique de Krems-Wachtberg, un sol paléolithique a été découvert sous 5m de sédiments, incluant  […]

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dimanche 1 novembre 2020

ADN de Dénisoviens découvert dans les sédiments d'une grotte du plateau Tibétain

2020_Zhang_Figure1.jpg, nov. 2020

Les Dénisoviens sont une population humaine identifiée par le génome d'un os de phalange de doigt trouvé dans la grotte Denisova dans les montagnes de l'Altaï au sud de la Sibérie. Les Dénisoviens ont divergé des Néandertaliens il y a environ 400.000 ans et au moins deux populations Dénisoviennes  […]

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