lundi 2 décembre 2019

Génomes anciens d'une population de la fin du Néolithique en Allemagne

Le Néolithique Final est caractérisé archéologiquement par une forte diversification régionale. Une des unités occidentales qui émerge au début du Néolithique Final est la culture de Wartberg qui s'étend de 3500 à 2800 av. JC. dans l'ouest de l'Allemagne Centrale. Elle est issue de la culture de Michelsberg qui la précède entre 3800 et 3500 av. JC.:

2019_Immel2_Figure1.jpg, déc. 2019

Elle est connue pour son architecture mégalithique qui ressemble aux monuments de Bretagne et du Bassin Parisien.

Alexander Immel et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Neolithic genomes reveal a distinct ancient HLA allele pool and population transformation in Europe. Ils ont séquencé le génome de 42 squelettes issus d'un monument mégalithique de la culture de Wartberg situé à Niedertiefenbach en Allemagne. Tous les squelettes sont datés entre 3300 et 3200 av. JC. Les auteurs ont également analysé les régions des antigènes des leucocytes humains (HLA).

Les auteurs ont testé la présence des pathogènes suivants: Yersinia pestis, Mycobacterium tuberculosis et Mycobacterium leprae. La recherche a été négative. D'autre part, parmi les 42 individus testés, il y a 25 hommes et 10 femmes.

Les auteurs ont réalisé une Analyse en Composantes Principales. Dans la figure ci-dessous les chasseurs-cueilleurs sont situés en haut à gauche, les fermiers du Néolithique à droite et les pasteurs des steppes en bas. Les échantillons de Niedertiefenbach sont représentés par des disques rouges:

2019_Immel2_Figure2.jpg, déc. 2019

Ils s'étendent entre les fermiers du Néolithique et les chasseurs-cueilleurs le long de la première composante. Certains individus se rapprochent des échantillons de la grotte de Blätterhöhle (carrés bleus).

Les auteurs ont également réalisé une analyse avec le logiciel ADMIXTURE. Dans la figure ci-dessous les échantillons de Niedertiefenbach sont caractérisés par deux composantes principales issues des chasseurs-cueilleurs et des fermiers du Néolithique:

2019_Immel2_Figure3.jpg, déc. 2019

Le logiciel qpAdm montre qu'en moyenne les individus de Niedertiefenbach possède 40% d'ascendance chasseur-cueilleur et 60% d'ascendance fermier. Individuellement la proportion d'ascendance chasseur-cueilleur varie de 34 à 58%. La date de mélange génétique est estimé à environ 15 générations avant leur décès, soit entre 3850 et 3520 av. JC. Cette date correspond archéologiquement à une phase d'expansion et de changements sociaux à la fin de la culture de Michelsberg. Cependant plusieurs événements de mélange génétique ont pu arriver dans le passé à des dates différentes.

Les auteurs ont ensuite étudié certains phénotypes comme la couleur de la peau, des cheveux et des yeux, la digestion de l'amidon et la tolérance au lactose. 14 individus ont la peau et les cheveux sombres, trois seulement ont les yeux clairs. Un seul individu a les deux allèles ancestrales incompatible avec la digestion de l'amidon, six ont les deux allèles, et aucun possède les deux allèles dérivés pour la digestion de l'amidon. Enfin tous les individus testés sont intolérants au lactose.

Les auteurs ont analysé certains antigènes des leucocytes humains: HLA A, B, C, DPB1, DQB1 et DRB1 chez 23 squelettes du mégalithe de Niedertiefenbach. Comparés aux résultats obtenus sur les populations actuelles, la population de Niedertiefenbach montre des allèles des HLA correspondant à une forte résistance à certains pathogènes viraux et une plus grande sensibilité aux infections bactériennes ou à leurs complications.

Les auteurs ont identifié 28 haplotypes mitochondriaux différents et 9 haplotypes du chromosome Y différents. De manière intéressante, 9 des 25 hommes ont le même haplotype du chromosome Y, ce qui suggère une forme de patrilocalité.

Enfin les auteurs ont identifiés trois enfants (une fille et deux garçons) reliés au premier degré. La similarité de leur haplotype mitochondrial et du chromosome Y et de leur profil HLA confirme qu'ils sont frères et sœur.

mercredi 27 novembre 2019

Les haplogroupes du chromosome Y des nomades du Bassin des Carpates des périodes Hun, Avar et Hongroise

2019_Neparaczki_Figure1.jpg, nov. 2019

L'histoire des populations du bassin des Carpates a été profondément déterminée par les invasions de divers groupes nomades venus des steppes Eurasiennes durant le Moyen-Âge. Entre 400 et 453 les Huns ont dominé la région. Des études génétiques récentes relient les Huns aux Xiongnus d'Asie  […]

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samedi 23 novembre 2019

Flux de gènes des steppes vers la culture Cucuteni-Trypillia

2019_Immel_Figure1.JPG, nov. 2019

Les premières apparitions du Néolithique en Europe de l'Est au 6ème millénaire av. JC. sont liées à la diffusion des cultures rubanées et Starčevo du bassin du Danube vers la région des Carpates. A la suite de ces cultures, la culture Cucuteni-Trypillia émerge dans une vaste région qui s'étend de  […]

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vendredi 22 novembre 2019

Influences hétérogènes du Paléolithique et du Néolithique en Afrique du Nord

2019_SerraVidal_FigureS1.jpg, nov. 2019

Gerard Serra-Vidal et ses collègues viennent de publier un papier intitulé: Heterogeneity in Palaeolithic Population Continuity and Neolithic Expansion in North Africa. Ils ont séquencé 17 génomes d'Afrique du Nord appartenant à différentes populations Berbères ou Arabes entre le Sahara Occidental  […]

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vendredi 8 novembre 2019

Étude génétique de l'ancienne Rome

2019_Antonio_Figure1.jpg, nov. 2019

Au 8ème siècle avant notre ère, Rome était une cité état parmi beaucoup d'autres de la péninsule Italienne. En moins de 1000 ans elle est devenue le plus grand centre urbain de l'ancien monde, contrôlant la Méditerranée, et des territoires appartenant à trois continents. Margaret Antonio et ses  […]

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samedi 12 octobre 2019

Inégalités sociales fondées sur la parenté dans l'Âge du Bronze Européen

2019_Mittnik_Figure1.JPG, oct. 2019

La recherche en archéo-génétique en Europe s'est jusqu'ici concentrée sur la démographie à l'échelle du continent en révélant des mouvements de populations majeurs durant la préhistoire. Elle n'a cependant pas pu mettre en évidence le rôle complexe des individus à l'intérieur de ces processus. Il  […]

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vendredi 11 octobre 2019

L'ascendance génomique de la population de la culture des haches de combat en Suède

2019_Malmsgtrom_Table1.jpg, oct. 2019

En Europe Centrale une migration importante originaire des steppes Ponto-Caspiennes intervient à partir de 3000 av. JC., apportant une nouvelle ascendance génétique dans la population, et contribuant à la formation de la culture cordée. En Suède, cette dernière a été baptisée la culture des haches  […]

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vendredi 20 septembre 2019

ADN ancien des communautés natives de Porto Rico

2019_NievesColon_Figure1.jpg, sept. 2019

Porto Rico est la plus petite des îles des Grandes Antilles. L'archéologie montre que les Antilles sont peuplées depuis 7000 av. JC. Cependant les hommes n'arrivent pas à Porto Rico avant 3000 av. JC. L'abondance des restes lithiques représente l'Âge de Pierre des Caraïbes également appelé l'Âge  […]

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dimanche 15 septembre 2019

Le génome d'une femme de la civilisation de la vallée de l'Indus

2019_Shinde_Figure1.JPG, sept. 2019

La civilisation de la vallée de l'Indus (entre 2600 et 1900 av. JC.), ou civilisation harappéenne s'est développée au nord-ouest de l'Asie du Sud et était l'une des premières sociétés urbaines. Les cités principales étaient Harappa, Mohenjodaro, Rakhigarhi, Dholavira et Ganweriwala. Vasant Shinde et  […]

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vendredi 23 août 2019

Déformation crânienne et diversité génétique de trois adolescents du site de Osijek en Croatie daté des invasions barbares

2019_Fernandes_Figure0.jpg, août 2019

La déformation volontaire du crâne est une pratique culturelle ancestrale dans certaines populations. Cela permet aux individus de se distinguer pour des raisons de statut, de classe sociale ou d'affiliation à un certain groupe. Ce processus se réalise durant la petite enfance lorsque le crâne est  […]

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jeudi 22 août 2019

Interactions entre les premiers fermiers de la céramique linéaire et les chasseurs-cueilleurs Européens aux débuts de la néolithisation

2019_Nikitin_Figure1.jpg, août 2019

La culture de la céramique linéaire ou rubanée (LBK) a joué un rôle majeur dans la néolithisation de l'Europe Centrale. Culturellement, économiquement et génétiquement, elle puise ses racines dans l'ouest de l'Anatolie, bien qu'elle montre également certains motifs des populations Mésolithiques  […]

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mercredi 21 août 2019

ADN ancien des squelettes du lac Roopkund dans l'Himalaya

2019_Harney_Figure1.jpg, août 2019

Situé à 5029 m d'altitude dans les montagnes de l'Himalaya, le lac Roopkund est un petit lac de 40 m de diamètre, appelé le lac des squelettes à cause des nombreux ossements dispersés le long de ses berges. On ne sait rien sur l'origine de ces ossements perturbés par les pèlerins et les randonneurs  […]

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vendredi 9 août 2019

Analyse génomique de la population Corse

2019_Tamm_Figure1.jpg

La Corse est localisée au sud de la Côte d'Azur et à l'ouest de la Toscane. Au sud, elle est séparée de la Sardaigne par le détroit de Bonifacio large de 11 km. Durant la dernière glaciation, la Corse et la Sardaigne formaient une île unique plus proche de l'Italie qu'actuellement. La plus ancienne  […]

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jeudi 8 août 2019

Le paysage génétique de la France

2019_Biagini2_Figure1.jpg

Située au centre de l'Europe occidentale, la France est un pont entre l'Europe du Nord et les espaces Méditerranéen et Ibérique. Cette position a fortement affecté l'histoire démographique de son territoire attestée par les nombreux peuples et cultures qui s'y installèrent: Grecs, Romains, Celtes,  […]

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mardi 6 août 2019

ADN ancien et origine des Indo-européens

2019_Anthony_Figure1.jpg

David Anthony vient de publier un papier intitulé: Archaeology, Genetics, and Language in the Steppes: A Comment on Bomhard. Il commente l'hypothèse de Allan Bomhard qui suggère que le Proto-indo-européen est issu d'une interférence entre un substrat du nord-ouest du Caucase et une langue dominante  […]

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jeudi 1 août 2019

Etude archéo-génétique de deux communautés Françaises de l'Âge du Fer

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Les études d'ADN ancien permettent d'adresser des questions archéologiques et anthropologiques à l'échelle continentale ou à l'échelle locale d'un site. La variabilité génétique d'une population implique que l'utilisation d'un faible nombre d'échantillons peut conduire à des erreurs  […]

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vendredi 26 juillet 2019

Anciens génomes d'une population de l'Âge du Fer du Tianshan

2019_Ning_Figure1.jpg

Le Xinjiang, situé géographiquement au nord-ouest de la Chine, a longtemps été un des carrefours entre l'Eurasie orientale et occidentale. Notamment la route de la soie, localisée au cœur du Xinjiang, documente des échanges commerciaux entre l'est et l'ouest depuis au moins la dynastie Han entre  […]

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mercredi 24 juillet 2019

L'histoire génétique de la France

2019_StPierre_Figure1.jpg

La France a subi des migrations de population successives: arrivée des chasseurs-cueilleurs, des fermiers du Néolithique et des pasteurs des steppes. Ensuite, pendant l'âge du Fer, il y a eu les expansions celtiques suivies par l'intégration dans l'empire Romain, puis par les migrations Germaniques.  […]

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jeudi 18 juillet 2019

Structure génétique de la population Viking

2019_Margaryan_Figure1.jpg

La population de Scandinavie a changé radicalement durant les trois siècles de l'ère Viking entre 750 et 1050. La transformation maritime de ce peuple a modifié la politique, la culture et la démographie de l'Europe pendant cette période. Les Vikings ont établi des systèmes commerciaux et de  […]

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mardi 16 juillet 2019

Le génome de deux Néandertals de Gibraltar

2019_Bokelmann_Figure1.jpg

Le séquençage du génome de plusieurs Néandertals a commencé à éclairer l'histoire de cette population. Mis à part l'ancien individu de Sima de los Huesos vieux d'environ 430.000 ans pour lequel seulement très peu d'ADN a été séquencé, le lignage le plus divergent actuellement connu est celui d'un  […]

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